9h8t

Cryo-EM structure of the atovaquone-inhibited Complex III from the Chlorocebus sabaeus respirasome

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 161.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9h8t
沉积日期 deposition_date	2024-10-29
结构标题 title	Cryo-EM structure of the atovaquone-inhibited Complex III from the Chlorocebus sabaeus respirasome
关键词 keywords	complex III, respirasome, mitochondria, green african monkey, atovaquone, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.24 Å
零角强度 I(0) i0	2956950000.00
分子量 molecular_weight	476370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	604040 Å³
包络体积 envelope_volume	893270 Å³
水化壳体积 shell_volume	130610 Å³
包络直径 envelope_diameter	178.5 Å
壳层 Rg shell_rg	60.85 Å
包络 Rg envelope_rg	54.18 Å
形状 Rg shape_rg	55.26 Å
总 Rg total_rg	55.31 Å
总原子数 total_atoms	67282
残基数 n_residues	4091
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	161.8 Å
Rg (实空间) rg_real	56.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9570e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2930e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2958000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8441
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	69.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.219
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.546
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	294200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.994; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.001

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (20)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome c1
分子量 formula_weight	35268.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,d
原子数 atom_count	67324

MAAAAASLRGVVLGPRGAGLPGARARGLLCSARPGQLPLRTPQAVALSSKSGLSRGRKVVLSALGMLAAGGAGLAVALHSAVSASDVALHPPSYPWSHSGFLSSLDHTSIRRGFQVYKQVCSSCHSMNFVAYRHLVGVCYTEDEAKALAAEVEVQDGPNENGEMFMRPGKLFDYFPKPYPNSEAARAANNGALPPDLSYIARARHGGEDYIFSLLTGYCEPPTGVSLREGLYFNPYFPGQAIAMAPPIYTDVLEFDDGTPATMSQIAKDVCTFLRWASEPEHDHRKRMALKMLTMMALLIPLTYIMKRHKWSVLKSRKLAYRPPK

Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
分子量 formula_weight	29817.2 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,T,a

MLSVAARSGPFAPVLSATSRGVAGALRPLVQATVPATPEPPVLDLKRPFLSRESLSGQAVRRPLVASVGLNVPASVCYSHTDVKVPDFYDYRRLEVLDSTKSSRESSEARKGFSYLVTAVTTVGVAYAAKNVVTQFISSMSASADVLAMAKIEINLSDIPEGKNMAFKWRGKPLFVRHRTQKEIEQEAAVELSQLRDPQHDLDRVKKPEWVILIGVCTHLGCVPIANAGDFGGYYCPCHGSHYDASGRIRLGPAPLNLEVPPYEFTRDDMVVVG

Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 7
分子量 formula_weight	13540.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,g

MAGKQAVSASGKWLDGIRKWYYNAAGFNKLGLLRDDTMYEDEDVKEAIRRLPDNLYNDRMFRIKRALDLNLKHQILPKEQWTKYEEENFYLEPYLKEVIRERKEREEWAKK

Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 8
分子量 formula_weight	9748.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,c

MGREFGNLTRIRHVISYSLSPLEQRALPHVLSKGVPNMLRRVRESFFRVVPQFVVFYLLYTWGTEEFEKSKRKNPAAYENDK

Entity 5 polymer

描述 description	Complex III subunit 9
分子量 formula_weight	7320.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,e

MAAVAFTSKLYSLLFRRTSTFALTIVVGVLFFERAFDQGADAIYDHINEGKLWKHIKHKYENK

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 6
分子量 formula_weight	10804.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,f

MGLEDERKMLTESGDPEEEEEEEEELVDPLTTVREQCEQLEKCVKARERLELCDERVSSRSHTEEDCMEELLDFLYARDHCVAHKLFNNLK

Entity 7 polymer

描述 description	Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 2
分子量 formula_weight	48593.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,k

MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGLVIASLENYAPLSRIGLFIKAGSRYEDSNNLGTTHLLRLASSLTTKGASSFKITRGIEAVGSKLSVTATRETMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQNPQTHVIENLHAAAYRNALANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMALIGLGVSHPVLKQVAEQFLNMRGGFGLSGVKAKYRGGEIREQNGDSLVHAALVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGPHIKRGSNTTSHLYQAVAKATQQPFDVSAFNANYSDSGLFGIYTISQATAAGDVIKAAYNQVKTIAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSERFLEEVGSQALVAGSYVPPSTVLQQIDSVANADVINAAKKFVSGQKSMVASGNLGHTPFVDEL

Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome b
分子量 formula_weight	43070.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,j

MTPMRKSNPIMKMINHSLIDLPTPSNISMWWNFGSLLAFCLILQIITGLFLAMHYSPDTSSAFSSIAHITRDVNHGWIIRYLHANGASMFFICLFLHVGRGLYYGSFLLLKTWNTGIMLLFLTMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSAIPYIGTDLVQWIWGGYSIGNPTLSRFFTLHFILPFIITALTMVHLLFLHETGSNNPCGISSDSDKIPFHPYYTIKDILGLVLLLFILTTLTLLSPNLLNDPDNYIPADPLNTPPHIKPEWYFLFAYAILRSVPNKLGGVLALFLSILILSIIPTLHNSKQQSMMFRPLSQFLFWFLITTLLTLTWIGSQPVSQPFIFIGQLASTMYFTTVLILMPLTSLIENNLLKWT

Entity 9 polymer

描述 description	Ubiquinol-cytochrome c reductase core protein 1
分子量 formula_weight	52885.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,l

MAASVVCRAATSGAQVLLRARRSPTLLRTPALRSTATFAQALQFVPETQVSLLDNGLRVASEQSSQPTCTVGVWIDVGSRFETEKNNGAGYFLEHLAFKGTKNRPGSALEKEVESMGAHLNAYSTREHTAYYIKALSKDLPKVVELLGDIVQNCSLEDSQIEKERDVILREMQENDASMRDVVFDYLHATAFQGTPLAQTVEGPSENVRKLSRADLTEYLSTHYKAPRMVLAAAGGVEHQQLLDLAQKHLGDIPWTYAEDTMPALTPCRFTGSEIRHRDDALPFAHVAIAVEGPGWASPDNVALQVANAIIGHYDCTYGGGVHLSSPLASGAVANKLCQSFQTFSICYADTGLLGAHFVCDRMKIDDMMFVLQGQWMRLCTSATESEVARGKNILRNALVSHLDGTTPVCEDIGRSLLTYGRRIPLAEWESRIAEVDASVVREICSKYIYDQCPAVAGYGPIEQLPDYNRIRSGMFWLRF

Entity 10 polymer

描述 description	UQCRB
分子量 formula_weight	6623.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,h

MMTRFLGPRYRQLVKNWIPTAYTWGAVGTLGLAWAADWRLILDWVPYVNGRFKKDD

来源 Source

来源生物 organism	Chlorocebus sabaeus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	60711
宿主生物 host_organism	Chlorocebus sabaeus

Entity 11 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 12 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 13 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 14 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 15 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	790.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 16 non-polymer

描述 description	2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione
分子量 formula_weight	366.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 17 non-polymer

描述 description	1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
分子量 formula_weight	744.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 18 non-polymer

描述 description	2-[4-(4-CHLOROPHENYL)CYCLOHEXYLIDENE]-3,4-DIHYDROXY-1(2H)-NAPHTHALENONE
分子量 formula_weight	366.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 19 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 20 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.67 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	637526

fit	/app/data/saxs_computation/h8/9h8t/9h8t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h8/9h8t/9h8t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h8/9h8t/9h8t.dat

Cryo-EM structure of the atovaquone-inhibited Complex III from the Chlorocebus sabaeus respirasome

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (20)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)