SAXSdb — 9h9v

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9h9v
沉积日期 deposition_date	2024-10-31
最后修订 last_revision	2025-10-08
结构标题 title	BabyBass soluble domain
关键词 keywords	amyloid signaling protein, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.81 Å
零角强度 I(0) i0	83251300.00
分子量 molecular_weight	75696.0 kDa
排除体积 excluded_volume	96675 Å³
包络体积 envelope_volume	131820 Å³
水化壳体积 shell_volume	37075 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.3 Å
壳层 Rg shell_rg	36.92 Å
包络 Rg envelope_rg	29.16 Å
形状 Rg shape_rg	29.80 Å
总 Rg total_rg	30.62 Å
总原子数 total_atoms	5345
残基数 n_residues	668
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.6 Å
Rg (实空间) rg_real	30.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	83260000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8988
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.051
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.458
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20270000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.956

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Babybass
分子量 formula_weight	9663.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5483

QGMDFLTSTLLSGILYDGFKNGVAITTGFLKEKLHGWIVDDTLLETLAYKVNTLELKDYGEHVIERKLNESSEIQQILKLIQPEQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 polymer

描述 description	Babybass
分子量 formula_weight	9349.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MDFLTSTLLSGILYDGFKNGVAITTGFLKEKLHGWIVDDTLLETLAYKVNTLELKDYGEHVIERKLNESSEIQQILKLIQPE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 3 polymer

描述 description	Babybass
分子量 formula_weight	9591.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MDFLTSTLLSGILYDGFKNGVAITTGFLKEKLHGWIVDDTLLETLAYKVNTLELKDYGEHVIERKLNESSEIQQILKLIQPEQN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 4 polymer

描述 description	Babybass
分子量 formula_weight	9649.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GMDFLTSTLLSGILYDGFKNGVAITTGFLKEKLHGWIVDDTLLETLAYKVNTLELKDYGEHVIERKLNESSEIQQILKLIQPEQN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 5 polymer

描述 description	Babybass
分子量 formula_weight	9406.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,H

GMDFLTSTLLSGILYDGFKNGVAITTGFLKEKLHGWIVDDTLLETLAYKVNTLELKDYGEHVIERKLNESSEIQQILKLIQPE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 6 polymer

描述 description	Babybass
分子量 formula_weight	9534.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

GMDFLTSTLLSGILYDGFKNGVAITTGFLKEKLHGWIVDDTLLETLAYKVNTLELKDYGEHVIERKLNESSEIQQILKLIQPEQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	124

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	108.041 Å
晶胞边长 b length_b	119.621 Å
晶胞边长 c length_c	64.172 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.52 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.420 Å
最低分辨率 resolution_low	21.240 Å
R 因子 r_factor	0.2674
R_work r_work	0.2642
R_free r_free	0.3274

fit	/app/data/saxs_computation/h9/9h9v/9h9v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h9/9h9v/9h9v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h9/9h9v/9h9v.dat

BabyBass soluble domain

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)