9hab

Crystal structure of a chimeric PPM1H phosphatase with the flap domain of PPM1J

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 76.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hab
沉积日期 deposition_date	2024-11-02
最后修订 last_revision	2025-11-12
结构标题 title	Crystal structure of a chimeric PPM1H phosphatase with the flap domain of PPM1J
关键词 keywords	;phosphatase, phospho-Rab hydrolase, enzyme, membrane trafficking, Parkinson's disease LRRK2 kinase, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.32 Å
零角强度 I(0) i0	31770300.00
分子量 molecular_weight	43303.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54201 Å³
包络体积 envelope_volume	64058 Å³
水化壳体积 shell_volume	24099 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.5 Å
壳层 Rg shell_rg	29.10 Å
包络 Rg envelope_rg	22.74 Å
形状 Rg shape_rg	22.32 Å
总 Rg total_rg	23.14 Å
总原子数 total_atoms	6051
残基数 n_residues	385
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.0 Å
Rg (实空间) rg_real	22.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1770e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3570e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	31770000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8911
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.313
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.315
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6639000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.983

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	PPM1H metal-dependent Ser/Thr phosphatase
分子量 formula_weight	50182.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.16
突变 mutation	chimera of FLAP domain of PPM1J
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6054

GSHMSDLPLRFPYGRPEFLGLSQDEVECSADHIARPILILKETRRLPWATGYAEVINAGKSTHNEDQASCEVLTVKKKAGAVTSTPNRNSSKRRSSLPNGEGLQLKENSESEGVSCHYWSLFDGHAGSGAAVVASRLLQHHITEQLQDIVDILKNSAVLGSGSTRFFTEKKIPHECLVIGALESAFKEMDLQIERERSSYNISGGCTALIVICLLGKLYVANAGDSRAIIIRNGEIIPMSREFTPETERQRLQLLGFLKPELLGSEFTHLEFPRRVLPKELGQRMLYRDQNMTGWAYKKIELEDLRFPLVCGEGKKARVMATIGVTRGLGDHSLKVCSSTLPIKPFLSCFPEVRIYDLSKYDHGSDDVLILATDGLWDVLSNEEVAEAITQFLPNCDPDDPHRYTLAAQDLVMRARGVLKDRGWRISNDRLGSGDDISVYVIPLIHGNKLS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	110.093 Å
晶胞边长 b length_b	110.093 Å
晶胞边长 c length_c	87.597 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.860 Å
最低分辨率 resolution_low	77.850 Å
R 因子 r_factor	0.2439
R_work r_work	0.2422
R_free r_free	0.2756

fit	/app/data/saxs_computation/ha/9hab/9hab.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ha/9hab/9hab.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ha/9hab/9hab.dat

Crystal structure of a chimeric PPM1H phosphatase with the flap domain of PPM1J

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction