9had

Der f 21 dust mite allergen with computationally designed DerF21_b10 binder

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 86.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9had
沉积日期 deposition_date	2024-11-03
结构标题 title	Der f 21 dust mite allergen with computationally designed DerF21_b10 binder
关键词 keywords	dust mite, allergen, Der f 21, computational, de novo, binder, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.02 Å
零角强度 I(0) i0	44844900.00
分子量 molecular_weight	53045.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66948 Å³
包络体积 envelope_volume	84779 Å³
水化壳体积 shell_volume	26870 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.4 Å
壳层 Rg shell_rg	33.10 Å
包络 Rg envelope_rg	27.13 Å
形状 Rg shape_rg	27.02 Å
总 Rg total_rg	27.69 Å
总原子数 total_atoms	3715
残基数 n_residues	444
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.4 Å
Rg (实空间) rg_real	27.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7660e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	44840000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9081
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.289
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.564
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8893000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.930

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Mite allergen Der f 21.0101
分子量 formula_weight	14843.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3729

LVPRGSEDKWRNAFDHMLMEEFEEKMDQIEHGLLMLSEQYKELEKTKSKELKEQILRELTIAENYLRGALKFMQQEAKRTDLNMFERYNFETAVSTIEILVKDLAELAKKVKAVKSDDGSHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Dermatophagoides farinae
通用名 common_name	American house dust mite
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6954
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	DerF21_binder10
分子量 formula_weight	13938.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MLPDEEKLKLLDTLLTMVEWVKELLEESVEKNSRMRHIRAVMWAEYMLEIARSLEDEKILEIAEKLEKALPEKSKMFTKEEYEKLMEVLEELEEVLEEKKEEVEERIEGSHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	52.580 Å
晶胞边长 b length_b	65.440 Å
晶胞边长 c length_c	72.225 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.86 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	46.980 Å
R 因子 r_factor	0.2178
R_work r_work	0.2150
R_free r_free	0.2672

fit	/app/data/saxs_computation/ha/9had/9had.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ha/9had/9had.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ha/9had/9had.dat

Der f 21 dust mite allergen with computationally designed DerF21_b10 binder

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)