9haf

Dust mite allergen Der f 7 with computationally designed DerF7_b2 binder

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9haf
沉积日期 deposition_date	2024-11-03
结构标题 title	Dust mite allergen Der f 7 with computationally designed DerF7_b2 binder
关键词 keywords	dust mite, allergen, der f 7, computational, de novo, binder, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.58 Å
零角强度 I(0) i0	126550000.00
分子量 molecular_weight	91364.0 kDa
排除体积 excluded_volume	115540 Å³
包络体积 envelope_volume	157970 Å³
水化壳体积 shell_volume	41491 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.9 Å
壳层 Rg shell_rg	38.80 Å
包络 Rg envelope_rg	30.90 Å
形状 Rg shape_rg	31.55 Å
总 Rg total_rg	32.34 Å
总原子数 total_atoms	6427
残基数 n_residues	788
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.1 Å
Rg (实空间) rg_real	32.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	126600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8179
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.146
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.395
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22440000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Mite allergen Der f 7
分子量 formula_weight	22889.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	6427

HHHHHHGSDPIHYDKITEEINKAIDDAIAAIEQSETIDPMKVPDHADKFERHVGILDFKGELAMRNIEARGLKQMKRQGDANVKGEEGIVKAHLLIGVHDDIVSMEYDLAYKLGDLHPTTHVISDIQDFVVALSLEIPDEGNITMTSFEVRQFANVVNHIGGLSILDPIFGVLSDVLTAIFQDTVRKEMTKVLAPAFKRELEKN

来源 Source

来源生物 organism	Dermatophagoides farinae
通用名 common_name	American house dust mite
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6954
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	DerF7_binder2
分子量 formula_weight	11979.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

HHHHHHGSSPKEEKFKKKLEEELKKIRERLLMVFDEERVEEYMKIMKEVIEKILENRKKGSKEKVEIPPGMEWFYENFLRYYDYEEEKLEKEEKE

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	118.810 Å
晶胞边长 b length_b	95.880 Å
晶胞边长 c length_c	87.310 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.50 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.990 Å
最低分辨率 resolution_low	59.610 Å
R 因子 r_factor	0.2229
R_work r_work	0.2203
R_free r_free	0.2732

fit	/app/data/saxs_computation/ha/9haf/9haf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ha/9haf/9haf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ha/9haf/9haf.dat

Dust mite allergen Der f 7 with computationally designed DerF7_b2 binder

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)