SAXSdb — 9haq

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9haq
沉积日期 deposition_date	2024-11-04
最后修订 last_revision	2025-11-12
结构标题 title	Crystal structure of methionine gamma-lyase from Brevibacterium sandarakinum in complex with PLP and norleucine at pH 8.5
关键词 keywords	Complex, inhibitor, lyase, methionine, PLP; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	60.89 Å
零角强度 I(0) i0	6035790000.00
分子量 molecular_weight	642340.0 kDa
排除体积 excluded_volume	798780 Å³
包络体积 envelope_volume	1056100 Å³
水化壳体积 shell_volume	142120 Å³
包络直径 envelope_diameter	214.1 Å
壳层 Rg shell_rg	63.66 Å
包络 Rg envelope_rg	59.93 Å
形状 Rg shape_rg	60.91 Å
总 Rg total_rg	60.88 Å
总原子数 total_atoms	89740
残基数 n_residues	6136
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	214.5 Å
Rg (实空间) rg_real	61.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.0360e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4140e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	61.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6035000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8574
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	74.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.353
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.286
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	819300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.793; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.778

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Cystathionine gamma-synthase
分子量 formula_weight	43131.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,F,H,I,J,L,P
原子数 atom_count	89962

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMNSMHPETLMVHGGMDGLTEAGVHVPAIDLSTTNPVNDVATGGDSYEWLATGHALKDGDSAVYQRLWQPGVARFETALAELEHADEAVAFATGMAAMTAALLAAVNAGTPHIVAVRPLYGGSDHLLETGLLGTTVTWAKEAEIASAIQDDTGLVIVETPANPSLDLVDLDSVVAAAGTVPVLVDNTFCTPVLQQPIRHGAALVLHSATKYLGGHGDAMGGIIATNSDWAMRLRQVRAITGALLHPMGAYLLHRGLRTLAVRMRAAQTTAGELAERLAAHPAITAVHYPGLNGQDPRGLLGRQMSGGGAMIALELAGGFDAARSFVEHCSLVVHAVSLGGADTLIQHPASLTHRPVAATAKPGDGLIRLSVGLEHVDDLEDDLIAALDASRAAA

来源 Source

来源生物 organism	Brevibacterium sandarakinum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	629680
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Cystathionine gamma-synthase
分子量 formula_weight	42903.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,E,G,K,M,N,O

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMNSMHPETLMVHGGMDGLTEAGVHVPAIDLSTTNPVNDVATGGDSYEWLATGHALKDGDSAVYQRLWQPGVARFETALAELEHADEAVAFATGMAAMTAALLAAVNAGTPHIVAVRPLYGGSDHLLETGLLGTTVTWAKEAEIASAIQDDTGLVIVETPANPSLDLVDLDSVVAAAGTVPVLVDNTFCTPVLQQPIRHGAALVLHSATKYLGGHGDAMGGIIATNSDWAMRLRQVRAITGALLHPMGAYLLHRGLRTLAVRMRAAQTTAGELAERLAAHPAITAVHYPGLNGQDPRGLLGRQMSGGGAMIALELAGGFDAARSFVEHCSLVVHAVSLGGADTLIQHPASLTHRPVAATAKPGDGLIRLSVGLEHVDDLEDDLIAALDASRAAA

来源 Source

来源生物 organism	Brevibacterium sandarakinum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	629680
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	NORLEUCINE
分子量 formula_weight	131.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-[O-PHOSPHONOPYRIDOXYL]-AMINO-HEXANOIC ACID
分子量 formula_weight	362.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	97

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	113.832 Å
晶胞边长 b length_b	151.945 Å
晶胞边长 c length_c	316.557 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.693 Å
最低分辨率 resolution_low	136.980 Å
R 因子 r_factor	0.2591
R_work r_work	0.2581
R_free r_free	0.2782

fit	/app/data/saxs_computation/ha/9haq/9haq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ha/9haq/9haq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ha/9haq/9haq.dat

Crystal structure of methionine gamma-lyase from Brevibacterium sandarakinum in complex with PLP and norleucine at pH 8.5

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)