9hax

F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 179.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hax
沉积日期 deposition_date	2024-11-05
最后修订 last_revision	2025-11-19
结构标题 title	F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase
关键词 keywords	glucose-6-phosphate dehydrogenase, F420, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.69 Å
零角强度 I(0) i0	3056100000.00
分子量 molecular_weight	461110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	574460 Å³
包络体积 envelope_volume	788810 Å³
水化壳体积 shell_volume	113640 Å³
包络直径 envelope_diameter	182.9 Å
壳层 Rg shell_rg	63.42 Å
包络 Rg envelope_rg	53.86 Å
形状 Rg shape_rg	55.68 Å
总 Rg total_rg	55.86 Å
总原子数 total_atoms	64219
残基数 n_residues	4079
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	179.5 Å
Rg (实空间) rg_real	56.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0560e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3720e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3058000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8666
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	70.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.159
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.477
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	191200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.543

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Luciferase family protein
分子量 formula_weight	42305.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	64926

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMTGGQQMGRGSSRLGYSASFEQFHPSDLLRWCQLAEQEGFDSVLAADHFHPWTPEQGQSGFVWAWLGALGATTRLRFGTGVTPPIGFRYHPAIVAQAAATLEAMFPGRFWLGIGAGEALNEHIVGRYWPEPAERIRMLIEAIEVIQKLFTGKVIRHEGVYFKVESAKLYTMPDVPPPIIVGTAGPYMAKKTGQLCDGLLTPGANDEKLRLLLSRFEEGARAAGKDPRRMPRMIQVHVSWAETDEQAIENALREWPNGGMAFPKGDIRNPEDFQAMARLVRPEHFQGRVLMTSDLDRHGEFLQHLIDLGFTEIYVHNVGRNQEEFIRAYGRAVIPHLRWPADAPVAQAMSPSASRAGQ

来源 Source

来源生物 organism	Thermomicrobium roseum DSM 5159
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	309801
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	35

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	19

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	320

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	104.528 Å
晶胞边长 b length_b	239.408 Å
晶胞边长 c length_c	108.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.59 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.513 Å
最低分辨率 resolution_low	49.234 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2305
R_free r_free	0.2571

fit	/app/data/saxs_computation/ha/9hax/9hax.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ha/9hax/9hax.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ha/9hax/9hax.dat

F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction