9hb3

cryo-EM structure of inactive human arginine-vasopressin (AVP) V2 receptor (V2R) with Mambaquaretin1 K39A (MQK39A)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 138.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hb3
沉积日期 deposition_date	2024-11-05
最后修订 last_revision	2025-06-04
结构标题 title	cryo-EM structure of inactive human arginine-vasopressin (AVP) V2 receptor (V2R) with Mambaquaretin1 K39A (MQK39A)
关键词 keywords	GPCR, V2R, TVP, tolvaptan, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.51 Å
零角强度 I(0) i0	152784000.00
分子量 molecular_weight	101190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	126740 Å³
包络体积 envelope_volume	181720 Å³
水化壳体积 shell_volume	37213 Å³
包络直径 envelope_diameter	146.9 Å
壳层 Rg shell_rg	44.58 Å
包络 Rg envelope_rg	42.76 Å
形状 Rg shape_rg	43.51 Å
总 Rg total_rg	43.56 Å
总原子数 total_atoms	7139
残基数 n_residues	951
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.4 Å
Rg (实空间) rg_real	43.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	152700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7972
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	33.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.432
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.599
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7092000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.866; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.708; Smooth: 0.055

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Mambaquaretin-1
分子量 formula_weight	6329.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7139

RPSFCNLPVKPGPCNGFFSAFYYSQKTNKCHSFTYGGCAGNANRFSTIEKCRRTCVG

Entity 2 polymer

描述 description	Synthetic antibody, anti-BRIL Fab fragment, Heavy chain
分子量 formula_weight	24539.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EISEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNVVDFSLHWVRQAPGKGLEWVAYISSSSGSTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARWGYWPGEPWWKAFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	anti-BRIL Fab Nanobody
分子量 formula_weight	15654.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

AQPAMAQVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGRTISRYAMSWFRQAPGKEREFVAVARRSGDGAFYADSVQGRFTVSRDDAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAIDSDTFYSGSYDYWGQGTQVTVSSLEDYKDDKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia

Entity 4 polymer

描述 description	Synthetic antibody, anti-BRIL Fab fragment, Light chain
分子量 formula_weight	23541.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYYSLVTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	arginine-vasopressin (AVP) V2 receptor (V2R)-BRIL,Vasopressin V2 receptor,Vasopressin V2 receptor
分子量 formula_weight	60330.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDAWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEKLEVLQGPDYKDDDDAASTTSAVPGHPSLPSLPSQSSQERPLDTRDPLLARAELALLSIVFVAVALSNGLVLAALARRGRRGHWAPIHVFIGHLCLADLAVALFQVLPQLAWKATDRFRGPDALCRAVKYLQMVGMYASSYMILAMTLDRHRAICRPMLAYRHGSGAHWNRPVLVAWAFSLLLSLPQLFIFAQRNVEGGSGVTDCWACFAEPWGRRTYVTWIALMVFVAPTLGIAACQVLIFREIHASLVPGPSERPGGRRRGRRTGSPGEGAHVSAAVAKTVRMTLVIVVVYVLCWAPFFLVQLWAAWDPEAPLEGAPFVLLMLLASLNSCTNPWIYASFSSSVSSELRSLLCCARGRTPPSLGPQDESCTTASSSLAKDTSSARRQLADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLRARSTL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	202513

fit	/app/data/saxs_computation/hb/9hb3/9hb3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hb/9hb3/9hb3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hb/9hb3/9hb3.dat

cryo-EM structure of inactive human arginine-vasopressin (AVP) V2 receptor (V2R) with Mambaquaretin1 K39A (MQK39A)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)