9hbn

A. vinelandii nitrogenase MoFe protein Anc1b

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 122.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hbn
沉积日期 deposition_date	2024-11-07
结构标题 title	A. vinelandii nitrogenase MoFe protein Anc1b
关键词 keywords	Nitrogen fixation, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.69 Å
零角强度 I(0) i0	812669000.00
分子量 molecular_weight	230820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	286700 Å³
包络体积 envelope_volume	330960 Å³
水化壳体积 shell_volume	69695 Å³
包络直径 envelope_diameter	126.4 Å
壳层 Rg shell_rg	46.10 Å
包络 Rg envelope_rg	37.74 Å
形状 Rg shape_rg	37.70 Å
总 Rg total_rg	38.06 Å
总原子数 total_atoms	16086
残基数 n_residues	1998
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.6 Å
Rg (实空间) rg_real	38.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3680e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	812700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8962
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.254
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.535
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	277300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.913

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	MoFe nitrogenase subunit D
分子量 formula_weight	56675.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	16994

MSAASWSHPQFEKMSRDEVEALIQEVLEVYPEKAKKDRAKHLAVNDQSVEQSKKCITSNKKSLPGVMTIRGCAYAGSKGVVWGPIKDMIHISHGPVGCGQYSRAGRRNYYIGTTGVNAFVTMNFTSDFQEKDIVFGGDKKLAKLIDEIETLFPLNKGISVQSECPIGLIGDDIEAVAKQKSAELGKTVVPVRCEGFRGVSQSLGHHIANDAVRDWVLSKRDDDDSFESTPYDVAIIGDYNIGGDAWSSRILLEEMGLRVVAQWSGDGTISEMELTPKVKLNLVHCYRSMNYISRHMEEKYGIPWMEYNFFGPTKTIESLRKIAAQFDESIQAKCEEVIAKYKPEWEAVIAKYRPRLEGKRVMLYVGGLRPRHVIGAYEDLGMEVVGTGYEFAHNDDYDRTIKEMGNATLLYDDVTGYEFEEFVKKVKPDLIGSGIKEKYIFQKMGIPFRQMHSWDYSGPYHGFDGFAIFARDMDMTLNNPCWKKLQAPWKKAESEAEAVAASA

Entity 2 polymer

描述 description	MoFe nitrogenase subunit K
分子量 formula_weight	60011.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MSQQVDNIKPSYPLFRDEEYKDMLAKKRDNFEEKHPQEKIDEVFQWTTTEEYQELNFQREALTVNPAKACQPLGAVLCALGFEKTMPYVHGSQGCVAYFRSYFNRHFKEPISCVSDSMTEDAAVFGGQQNMKDGLENCKAIYKPDMIAVSTTCMAEVIGDDLNAFINNSKKEGHIPEEFPVPFAHTPSFVGSHTTGWDNMFEGIARYFTLNYMEDKEVGSNGKINIVPGFETYLGNFRVIKRMMNEMGVDYTLLSDPEEVLDTPADGQFRMYAGGTTQDEIKDAPNALNTLLLQPWQLTKTKKFVKNTWKHEAPKLNIPMGLEWTDEFLMKVSEITGKPIPESLAKERGRLVDMMTDSHTWLHGKKFALWGDPDFVMGMTKFLLELGCEPTHILCNNANKRWKKAMEAILAESPYGANSEVHIGKDLWHMRSLVFTNKPDFMIGNSYGKFIQRDTLYKGKEFEVPLIRIGFPIFDRHHLHRQTTLGYEGAMQILTTLVNSVLERLDEETRGMQTTDYNYDLVR

Entity 3 non-polymer

描述 description	iron-sulfur-molybdenum cluster with interstitial carbon
分子量 formula_weight	787.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID
分子量 formula_weight	206.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	FE(8)-S(7) CLUSTER
分子量 formula_weight	671.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 8 non-polymer

描述 description	S-1,2-PROPANEDIOL
分子量 formula_weight	76.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	689

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	77.083 Å
晶胞边长 b length_b	128.984 Å
晶胞边长 c length_c	209.445 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.824 Å
最低分辨率 resolution_low	109.828 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2063
R_free r_free	0.2686

fit	/app/data/saxs_computation/hb/9hbn/9hbn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hb/9hbn/9hbn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hb/9hbn/9hbn.dat

A. vinelandii nitrogenase MoFe protein Anc1b

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)