9hd7

Cryo-EM structure of photosystem II C2S2M2L2 supercomplex from the green alga Chlorella ohadii

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 243.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hd7
沉积日期 deposition_date	2024-11-11
结构标题 title	Cryo-EM structure of photosystem II C2S2M2L2 supercomplex from the green alga Chlorella ohadii
关键词 keywords	supercomplex, photosynthesis, chlorophyll, algae, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	89.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	89.59 Å
零角强度 I(0) i0	21573100000.00
分子量 molecular_weight	1585700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	2105200 Å³
包络体积 envelope_volume	2815300 Å³
水化壳体积 shell_volume	257960 Å³
包络直径 envelope_diameter	320.6 Å
壳层 Rg shell_rg	85.37 Å
包络 Rg envelope_rg	90.00 Å
形状 Rg shape_rg	89.75 Å
总 Rg total_rg	88.76 Å
总原子数 total_atoms	112944
残基数 n_residues	10626
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	243.1 Å
Rg (实空间) rg_real	85.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0640e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3730e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	88.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21500000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9131
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	100.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.255
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.487
角度范围 angular_range	— – 0.0850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.7253
最高正则化参数 α highest_alpha	2302000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	18
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.992; Stabil: 0.967; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.001

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (50)

Entity 1 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein Lhcbm-I
分子量 formula_weight	26744.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,4,11,14,G,g
原子数 atom_count	112944

MQAALAQRLALVKPTRGARKQVTRAAVEFYGPDRAKWLGPFSEGSVPSYLKGEFPGDYGWDTAGLSADPETFARYREIEVIHARWAMLGALGCLTPELLQNNGAADFGEAAVWFKAGASIFNEDGLNYLGNPSLIHAQSIVAVLLTQLVIMGAAEAYRYSGEGPVETSGDSLYPGGFFDPLGLADDPDTLAELKVKEIKNGRLAMFSMFGFFVQGLVTGKSPLENLADHLAEPSVNNGFASATKFLPLP

Entity 2 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	26604.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2,5,12,15,N,n

MQAALSQRLAAIKPSGRATRQVTRASVEWYGPNRPQFLGPFSNPPSYLKGEFPGDYGWDTAGLSADPETFARYRELEVIHARWAMLGALGCVTPELLQRNGVANFGEAVWFKAGAQIFQEGGLDYLGNPSLIHAQSIVAILLTQLVLMGLIEGYRVNGGPAGEGLDALYPGEAFDPLGLADDPDTFAELKVKELKNGRLAMVSMLGFGVQGLITRKGPIENLADHLAAPDATNFWVDYAPKSAGIGY

Entity 3 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	27506.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3,6

MALSLKVTATFGGKTKAGTKAGTKKGTQKQATTKKAAPKKSSSGASQWYGPDRPKFLGPYSTNFVPSYLTGEFPGDYGWDTSGLSADPATFARYREIEVIHARWAMLGALGCVVPELLDGTNHIAWFKAGAEIFGDDGIQYLGIPGLINAKSIVATLIVQVVLMSYVEGYRVNGGPAGTGLDAVYPGGNFDPLGLADDPDTLAELKVKEIKNGRLAMLSMFGFFIQAIVTGEGPIKNLNDHLADASANNFYALYAKNLA

Entity 4 polymer

描述 description	Chloroplast photosystem II 10 kDa protein
分子量 formula_weight	14953.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	7,8

MQATFAGSKLQLGARVSRKSVNTTVVASSGKKIDISKQGLNSIQNETVKLNLMGKSKTMESKDWVDPQGRKGKGYGVYRFANKYGANVDGYSPIYTPDTWSESGDSYKLGTKGLIAWAGLIVVLLGVGINLVISTSALGQ

Entity 5 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	26169.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	13,16

MQAAVAQRLALVKASRATRQVTKASAEFYGPDRVKFLGPFSGNTPSYLKGEYPGDYGWDTAGLSADPETFARYRELEVIHARWAMLGALGCVTPELLQRNGAANFGEAVWFKAGAQIFQEGGLDYLGNPNLVHAQSIVAILLTQVVLMGLIEGYRVNGGPAGEVVDPIYPGEAFDPLGLADDPDTLAELKVKEIKNGRLAMVSMFGFFIQAIVTGKGPVQNLSDHLASPSTDNFYSLYAKTLA

Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem II protein D1
分子量 formula_weight	39040.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,a

MTAILERRESTSLWARFCEWVTSTENRLYIGWFGVLMIPTLLTATSVFIIAFIAAPPVDIDGIREPVSGSLLYGNNIITGAIIPTSNAIGLHFYPIWEAASLDEWLYNGGPYQLIVCHFFLGVCSYMGREWELSFRLGMRPWIAVAYSAPVAAATAVFIIYPLGQGSFSDGMPLGISGTFNFMIVFQAEHNILMHPFHMLGVAGVFGGSLFSAMHGSLVTSSLIRETTENESANEGYKFGQEEETYNIVAAHGYFGRLIFQYASFNNSRSLHFFLAAWPVVGIWFTALGISTMAFNLNGFNFNQSVVDSQGRVINTWADIINRANLGMEVMHERNAHNFPLDLAVVEAPAVNG

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem II CP47 reaction center protein
分子量 formula_weight	56199.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,b

MGLPWYRVHTVVLNDPGRLIAVHLMHTSLVSGWAGSMAFYELAVFDPSDPVLNPMWRQGMFVLPFMTRLGITQSWGGWTISGETASNPGIWSYEGVAAAHIILSGLLFAASIWHWVYWDLELFRDPRTSNPALDLPKIFGIHLFLSGLLCFGFGAFHVTGLFGPGIWVSDPYGITGTVQAVAPSWDATGFDPYNPGGISAHHIAAGILGVLAGLFHLCVRPPQRLYNGLRMGNIETVLSSSIAAVFWAAFVVSGTMWYGSAATPIELFGPTRYQWDLGFFQQEIERRVQTSLAEGKSASQAWAEIPEKLAFYDYIGNNPAKGGLFRAGAMNSGDGIAVGWLGHAVFKDKQGNELFVRRMPTFFETFPVVLLDKDGVVRADVPFRRSESKYSIEQVGVSVTFYGGELDGVTFSDPATVKKYARRAQLGEIFEFDRATLQSDGVFRTSPRGWFTFAHLCFALLFFFGHIWHGARTIFRDVFAGIDADLDEQVEFGAFLKLGDTSTRRQSV

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem II CP43 reaction center protein
分子量 formula_weight	52106.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,c

MKNLYSLRRFYHVETLFNGSLVVGGRDQESTGFAWWAGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMNLFEVAHFVPEKPMYEQGLILLPHLATLGYGVGPGGEVIDTYPYFVSGVLHLISSAVLGFGGVYHSLVGPETLEESFPFFGYVWKDKNKMTTILGIHLIVLGLGAWLLVWKAMYFGGIYDTWAPGGGDVRIITNPTVSPGVIFGYLFRSPFGGDGWIVSVDNMEDVIGGHIWIGTLCIFGGIWHILTKPWAWARRAFVWSGEAYLSYSLGAISIMGFTACCMAWFNTTAYPSEFYGPTGPEASQSQTFTFLVRDQRLGANVASAQGPTGLGKYLMRSPTGEIIFGGETMRFWDFRGPWLEPLRGPNGLDLNKLKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINAVNYVSPRSWLATSHFCLGFFFFVGHLWHAGRARAAAAGFEKGIDRDNEPVLSMRPLD

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem II D2 protein
分子量 formula_weight	39534.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,d

MTIAIGKTQEKRGWFDVVDDWLRRDRFVFVGWSGLLLFPTAYLALGGWFTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTAAVSTPANSMGHSLLFLWGPEAQGDFTRWCQLGGLWTFVALHGSFSLIGFMLRQFEIARSVKIRPYNAIAFSAPISVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMMGVAGVLGAALLCAIHGATVENTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSAIGVVGLALNLRAYDFVSQEIRAAEDPEFETFYTKNILLNEGIRAWMAAQDQPHEKLVFPEEVLPRGNAL

Entity 10 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit alpha
分子量 formula_weight	9449.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,e

MSGATGERPFSDILTSIRYWVIHSITIPSLFIAGWLFVSTGLAYDVFGSPRPNEYFTEDRQETPLITDRFNALEQVKKLSEVN

Entity 11 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit beta
分子量 formula_weight	4722.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,f

MTARKSYTYPIFTVRWLAVHALAVPTVFFLGAITAMQFIQR

Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein H
分子量 formula_weight	8576.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,h

MATGTTSKVKSEDTGISTPLGTLLKPLNSEYGKVAPGWGTTVLMGIFMALFAVFLVIILEIYNSSVLLDDVTMSWESLAK

Entity 13 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein I
分子量 formula_weight	4386.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,i

MLTLKIFVYTVVTFFVSLFIFGFLSNDPGRNPGQRELD

Entity 14 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein J
分子量 formula_weight	4246.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,j

MSNTGTTGRIPLWLVGTVAGVAVIALVGIFFYGSYVGLGSSL

Entity 15 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein K
分子量 formula_weight	4681.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,k

MLLLAKLPEAYAPFDPIVDVLPVIPVLFLLLALVWQASVSFR

Entity 16 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein L
分子量 formula_weight	4391.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,l

MAKPNPNKQSVELNRTSLYWGLLLIFVLAVLFSSYIFN

Entity 17 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein M
分子量 formula_weight	3751.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,m

MEVNILGVIATALFIIIPTSFLLILYVKTASQEQ

Entity 18 polymer

描述 description	Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 1b (PsbO)
分子量 formula_weight	31559.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,o

MLAATAPFKPAAAAAAPSAARPRGRCAAAVRCAAARPEGPQGAWVERCARGAAAFAGSLLMAQAALAGNFTFDELQAKSYLEVKGSTLANQCPILGADAQQGLGDVKPGTFQLDKFCMEPSSFKVKMPGSKEFEPSTLLTRNTYSLDQMTGSVTVKGDGSVALKQQDGIDFAPVTVKIRGGEMVPFMFTVKNLNIEGKADGLTGDFTVPSYRGATFMDPQGRGAASGWEYVKGLAAAGAQEELAAENVKSAAATVGEAAFAIASTDAATGEIAGVFVTRQLADDDLGSKDPATIEIEGIWYGQLS

Entity 19 polymer

描述 description	PWWP domain-containing protein
分子量 formula_weight	94779.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,p

METLQAELKPKSAPQTGEAAGLRLVFKGGGLKHLLGHGRKQASGPWRQGGSEQQDGDWPSPGEAAALTDSPGRPFSPSSAEASPAVPPGAPSGAAPGPRSVHGQPPGKAPYPDDRTPEAQAARAQSQPAAAAAATAAAAPGAAAAGAAAPGAAPPAAVTAEPNGAPAAAGPRSVHSQPPGKGVHPDDPAYRGPVPTGPEGPASQQQPHSSAAVQGSGGDGEGGDGSAGARSVYGQPPGKNAVQIQQIAAASTQLDQADDDEEPLSPMSAGGPPHAAPWHQPQQPAKPSGSGQRRPSSAQGAAAAGAAVAHQYKPGDIVWAKIGVYPWWPAQLQRPTADEHFKPKHATTDLFCVFYGSNDYNWLPPNQIKPFHESHPDYERHAAVKNRKLQQAIDQLALAPLCKLSEVTAAVTMQALSSSKLIASGVQAKSQQQRSARAAVVVRASAEGVDRRAALGLLAAAAAVSTAQPSEAAYGDAARVFAGNITNKSGFIPYAGEGFALLIPSKWNPSKEQDFPGVVLRYEDNGDAVNNLVVLVQKVGKNNIDELGSPDKFLQDNAYLFGESAAFTGETLSEGGFLPNKVAAASVLDVQEATDKKGKKYYKYEVLTRSADGDEGGRHQLIAATVSNGNLYLIKVQCGDKRWFKGAKREAIGAWDSFTVVSVLGRXVRALWEAKLVATGVIGEPSNEGQQVIQQQLRVGLPPGMAAMPYAAALQQQQLLAIRQQQLAAAAAAGGARGALPVGVPPHLLAQGAAGQPVHMAALHQMMQAQAQAQAAQAQAAQAQVAQAQAQAAALAAEQKRKLDAGVAEYREAKQQRTIPQQDGPADDAGEEGGGAAEEGGAAAEEEDDDDPLTEDEEGSGDEVDEAAVANVVLGQFEKVQRSKSKWKIVLKDCVLTLDNRDYLCRKVTGEMDFS

Entity 20 polymer

描述 description	Chloroplast oxygen-evolving enhancer protein 3
分子量 formula_weight	21618.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,q

MQTVAQKAFAGSAVRSAATTPRAARAAVVVRASAESRRAVLGGLVAGVAALTASSAQALDLFDDRKARQAGFDIIYEARDLDLPQGVRDGLAQARENLDVAKARIKEAEKRIDADLDAYIAKAYWTEGRNELRRQVGTLRFDLNAVADTLPKAAKKEAQAAKNEFLAAVEALDLQLRKKNGDKAAAALADTKAKLDAVIAKLA

Entity 21 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	31706.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,r

MQTVALFGSQGTKASLLDATNLLKGKGTASKTAAKPAAKPAAKPAAKPAVKKAAPSRGGTERSGGAGYRQYSGDALWLPNTERPAWLDGSLPGDRGFDPLGLSRPAEYLQIDLDELDQNAAVNKAGGVVGAFTPVADQVSTDSLAPYSEVFGLQRFRECELIHGRWAMLACLGALVQEGVTGDSWVAAQTLVYNQPQYAGIDLPFDIYTLAVLNSVLMGXVELFRNSELDPERRCYPGGAFDPLNLASDDSERTQKLREAEIKHARLAMVSFLGYTVQAWYTGEGALGSLNKFANGF

Entity 22 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	30853.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,s

MVAMAALRVQALFGKGAKAAPKKAAKSAPAPAKKGGVSRSGGWLGSDSQNINLDKWYGPDRVLYLPGGLLARDEINPVLNGTLPGDYGYDPLGLAKDAETLAKYRANELLHARWAMLAAAGAIIPEGLAANGADVKGATWFETGAAMLNGGTLNWFAVPFVNFNNPLPLFAVVAINVALMAAAENYRRTEDGPAGYAPGVGKFDESVYSNMDNLYPGGPFDPLGLADDPEVLAELKVKEIKNGRLAMVSFLGFAVQAAVTGEGPYANWSKHVADPFGYNLLTILSSEDRAAVL

Entity 23 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein T
分子量 formula_weight	3605.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,t

MEALVYTFLLVGTLGIIFFAIFFREPPRIVK

Entity 24 polymer

描述 description	Chloroplast PsbY
分子量 formula_weight	36784.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,u

MQAAACTAAPALKGCRAALPARAPRAQRAVVRAQAGKLDVQEAVAKSAALAGFSAALLSAGSANAAMEVASIAAGDNRFGTIALLAVPVLGWVGFNILNPLQNQLDAMSTGQYTGVAAGGAKKATKKRGIAAGLGLTAASLLAAQQADAAQQVADLAAGDNRFGTIALLAVPVIGWVLFNILGPLQNQLNAMSQDAPAPKKATKKRGIAAGLGLTAASLLATQSAEAAQQVADLAAGDNRFGTIALLAVPVLGWVGFNILNPLQNQLDAMSTGQYTGVAAGGAKKATKKRGIAAGLGLTAASLMATQSAEAAQQVADLAAGDNRFGTIALLAVPVIGWVLFNILGPLQNQLNAMSQEKPAAKGGKRK

Entity 25 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Psb30
分子量 formula_weight	3450.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V,v

MNLEIVLQLTALLFIVAAGPLVIVLLSSRGGNL

Entity 26 polymer

描述 description	PSII 6.1 kDa protein
分子量 formula_weight	49142.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W,w

MAHQDCRFYEQQYPEVDEVVMVQVRSIAEMGAYVSLLEYGNIEGMILLSELSRRRIRSVQKLIKVGRQEPVMVLRVDKEKGYIDLSKRRVSPEDLAKCEDRFAKSKLVHSIMRHVAETTGCNLEQLYTEVAWPLYHMYGHAYNAFATMVSDAESEAVFKRLADEAHGGNVPPVLSQAVKDGILVNIRRRLTPQPIKIRADVEMTCFAYDGVEKIKESMRAAQAAGTTACPVSMKLVAAPRYVLTTQTLDKAQGIEVLTKAVEACKAAIEGSKGRMVVKEEARAVSEKEERALEEELQAAEAANREVSGDTDEDEEFEEGMDVDVDKAGLQTALCQALRAPVASKAQTRSNAGRTVVVCRAQQQNLAAKAAAAGVSVPALLAAHPALALVDDRLAGEGTGKILGINDPSLFWAITIVFTIVWGVFYVSTREIDAASDRENDDDFGLTL

Entity 27 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein X (PsbX)
分子量 formula_weight	9831.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,x

MQAALCSSQTAFVRPTVAAKPQQRAARAARPVVCSAVKKEQVAAGVTAAAAAVLANPLAAQAAATPSLNNLIGSVVAGGLVLAAIAGAITAVSNFDSIRR

Entity 28 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	27530.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,y

MQTVAARTGVAASGATRRVTSMRRTVKAKPVKSDSVWYGPDRPKFLGPFSDGLVPAYLTGEFPGDYGWDTSGLSADPETFKKYRTIEVIHARWAMLGALGCIFPEVLEKYSGVQFGEAVWFKAGAQIFADGGLNYLGNSGLVHAQSIVATLVVQVLLMGAVEIYRANGEGPNGFGEGQDTLYPGGAFDPLGLADDPDTLAELKVKEIKNGRLAMLSMLGFFVQAIVTGKGPLDNLLQHLEEPGEFNFYALYANSLA

Entity 29 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Z
分子量 formula_weight	6727.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z,z

MLLIFQLALFAFIVVSFLLVVGVPVVLATPEGWAENKGTVFSGIGIWFLLVFLVGILNSFVV

Entity 30 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL B
分子量 formula_weight	907.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	120

Entity 31 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	264

Entity 32 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	48

Entity 33 non-polymer

描述 description	(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	42

Entity 34 non-polymer

描述 description	;(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL ;
分子量 formula_weight	600.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

Entity 35 non-polymer

描述 description	;(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL ;
分子量 formula_weight	600.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 36 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	705.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 37 non-polymer

描述 description	CA-MN4-O5 CLUSTER
分子量 formula_weight	339.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 38 non-polymer

描述 description	PHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	871.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 39 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 40 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 41 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

Entity 42 non-polymer

描述 description	;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ;
分子量 formula_weight	749.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 43 non-polymer

描述 description	ALPHA-LINOLENIC ACID
分子量 formula_weight	278.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

Entity 44 non-polymer

描述 description	STEARIC ACID
分子量 formula_weight	284.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 45 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 46 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 47 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 48 non-polymer

描述 description	BICARBONATE ION
分子量 formula_weight	61.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 49 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 50 non-polymer

描述 description	PALMITOLEIC ACID
分子量 formula_weight	254.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.95 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	225372

fit	/app/data/saxs_computation/hd/9hd7/9hd7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hd/9hd7/9hd7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hd/9hd7/9hd7.dat

Cryo-EM structure of photosystem II C2S2M2L2 supercomplex from the green alga Chlorella ohadii

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (50)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 polymer

聚合体 Polymer

Entity 19 polymer

聚合体 Polymer

Entity 20 polymer

聚合体 Polymer

Entity 21 polymer

聚合体 Polymer

Entity 22 polymer

聚合体 Polymer

Entity 23 polymer

聚合体 Polymer

Entity 24 polymer

聚合体 Polymer

Entity 25 polymer

聚合体 Polymer

Entity 26 polymer

聚合体 Polymer

Entity 27 polymer

聚合体 Polymer

Entity 28 polymer

聚合体 Polymer

Entity 29 polymer

聚合体 Polymer

Entity 30 non-polymer

Entity 31 non-polymer

Entity 32 non-polymer

Entity 33 non-polymer

Entity 34 non-polymer

Entity 35 non-polymer

Entity 36 non-polymer

Entity 37 non-polymer

Entity 38 non-polymer

Entity 39 non-polymer

Entity 40 non-polymer