9hdg

The structure of the catalytic domain of AfAA11B from the filamentous fungus Aspergillus fumigatus

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 52.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hdg
沉积日期 deposition_date	2024-11-12
最后修订 last_revision	2025-07-09
结构标题 title	The structure of the catalytic domain of AfAA11B from the filamentous fungus Aspergillus fumigatus
关键词 keywords	;Lytic Polysaccharide Monooxygenase, Chitin, Tetraacetyl-Chitotetraose, Auxillary Activity family, AA11, Aspergillus Fumigatus, LPMO, OXIDOREDUCTASE ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.63 Å
零角强度 I(0) i0	10528300.00
分子量 molecular_weight	22202.0 kDa
排除体积 excluded_volume	26911 Å³
包络体积 envelope_volume	30425 Å³
水化壳体积 shell_volume	15999 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.4 Å
壳层 Rg shell_rg	22.00 Å
包络 Rg envelope_rg	16.00 Å
形状 Rg shape_rg	15.60 Å
总 Rg total_rg	16.70 Å
总原子数 total_atoms	1562
残基数 n_residues	198
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.9 Å
Rg (实空间) rg_real	16.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0530e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2780e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10530000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8104
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	21.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.129
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.406
角度范围 angular_range	— – 0.4700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3159000.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	AA11 family lytic polysaccharide monooxygenase B
分子量 formula_weight	23407.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.99.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1850

HMKMRQPTPYSDSSLNNSPLAADGSDFPCKLRDNAFVPPSQETIAQIGEVMPLTFTGSATHGGGSCQVSLTTDLKPSKDSKWMVIKSIEGGCPANVDGNMSGGADVPDPFEFNYTIPAGIEPGKYTLAWTWFNRIGNREMYMNCAPITVTAGSSKRDAAPVAEKVEVEKRSANFPAMFVANINGCTTKEGVDIRFPDPGDVVEYDGNPSNLQPAGEAAC

来源 Source

来源生物 organism	Aspergillus fumigatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	746128
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 2 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	ASCORBIC ACID
分子量 formula_weight	176.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	214

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	46.332 Å
晶胞边长 b length_b	53.655 Å
晶胞边长 c length_c	70.929 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.260 Å
最低分辨率 resolution_low	35.460 Å
R 因子 r_factor	0.1659
R_work r_work	0.1645
R_free r_free	0.1959

fit	/app/data/saxs_computation/hd/9hdg/9hdg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hd/9hdg/9hdg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hd/9hdg/9hdg.dat