9hen

;Crystal structure of the oxidized respiratory complex I subunit NuoEF from Aquifex aeolicus, double mutation V90P and V136M(NuoE), bound to NAD+ ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 116.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hen
沉积日期 deposition_date	2024-11-14
结构标题 title	;Crystal structure of the oxidized respiratory complex I subunit NuoEF from Aquifex aeolicus, double mutation V90P and V136M(NuoE), bound to NAD+ ;
关键词 keywords	Complex I, respiratory chain, cellular respiration, oxidoreductase, Fe-S-Cluster, flavoprotein; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.56 Å
零角强度 I(0) i0	260474000.00
分子量 molecular_weight	133080.0 kDa
排除体积 excluded_volume	167160 Å³
包络体积 envelope_volume	206310 Å³
水化壳体积 shell_volume	47293 Å³
包络直径 envelope_diameter	122.8 Å
壳层 Rg shell_rg	42.76 Å
包络 Rg envelope_rg	35.97 Å
形状 Rg shape_rg	36.63 Å
总 Rg total_rg	36.72 Å
总原子数 total_atoms	9317
残基数 n_residues	1152
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	116.6 Å
Rg (实空间) rg_real	36.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6050e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	260500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8645
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.383
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.563
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	51000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.936; Smooth: 0.628

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	NADH-quinone oxidoreductase subunit E
分子量 formula_weight	18603.7 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.-
突变 mutation	V90P, V136M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	10119

MFKTEFEFPEELKTKLQEHINYFPKKRQAILLCLHEIQNYYGYIPPESLKPLADMLELPLNHVEGVVAFYDMFDREDKAKYRIRVCVSIPCHLMGTNKLLKALENILGIKPGEVTPDGKFKIVPVQCLGACSEAPMFMVNDDEYKFESEVQLNEILSRYT

来源 Source

来源生物 organism	Aquifex aeolicus VF5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224324
宿主生物 host_organism	Escherichia coli B

Entity 2 polymer

描述 description	NADH-quinone oxidoreductase subunit F
分子量 formula_weight	48523.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MRSYPAIPRIYAETTLNMLLKRAKKPRVHSIDEYLKDGGYQALEKALNMSPEEIIDWVDKSTLRGRGGAGFPTGKKWKFAVQNPGPRYFICNADESEPGTFKDRIIIERDPHLLIEGIIISSYAIGANEAYIYIRGEYPAGYYILRDAIEEAKKKGFLGKNILGSGFDLEIYVARGAGAYICGEETALIESLEGKRGHPRLKPPYPVQKGLWGKPTVVNNVETIANVPFIISMGWEEYRYIGPSDYAGPKLFPVSGKVKKPGVYELPMNTTLREVIFKYAGGTLGNKKVKAVFSGALDCFSSEELDIPMDYSPLGFGGTGTVIVLTEEDDIVEAALKIAEFYEHETCGQCTPCRVGCYEQANLLEKIYKGEATEQDWEGFDFVNRNIQPTSICGLGAVAGRLIRQTLEKFPEEWEKYRKKSASLPLAGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Aquifex aeolicus VF5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224324
宿主生物 host_organism	Escherichia coli B

Entity 3 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	(R,R)-2,3-BUTANEDIOL
分子量 formula_weight	90.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	723

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	96.878 Å
晶胞边长 b length_b	64.190 Å
晶胞边长 c length_c	124.115 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.74 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.270 Å
最低分辨率 resolution_low	48.240 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1621
R_free r_free	0.1825

fit	/app/data/saxs_computation/he/9hen/9hen.fit
pddf	/app/data/pr_computation/he/9hen/9hen.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/he/9hen/9hen.dat

;Crystal structure of the oxidized respiratory complex I subunit NuoEF from Aquifex aeolicus, double mutation V90P and V136M(NuoE), bound to NAD+ ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)