9hft

Cryo-EM structure of human CDADC1 inactive mutant (E400A): hexamer with 5mdCTP bound in the active site

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 114.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hft
沉积日期 deposition_date	2024-11-18
结构标题 title	Cryo-EM structure of human CDADC1 inactive mutant (E400A): hexamer with 5mdCTP bound in the active site
关键词 keywords	Human dCTP deaminase, trimer, Zinc-dependent, Nucleotide metabolism, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.24 Å
零角强度 I(0) i0	2029790000.00
分子量 molecular_weight	246260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	237630 Å³
包络体积 envelope_volume	411090 Å³
水化壳体积 shell_volume	83510 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.6 Å
壳层 Rg shell_rg	48.68 Å
包络 Rg envelope_rg	37.40 Å
形状 Rg shape_rg	38.25 Å
总 Rg total_rg	38.62 Å
总原子数 total_atoms	18510
残基数 n_residues	2358
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.2 Å
Rg (实空间) rg_real	38.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0300e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8900e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2030000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6919
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	55.7 Å
偏度 Skewness skewness	-0.053
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.548
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	458900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.132; Positv: 1.000; Valcen: 0.950; Smooth: 0.912

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytidine and dCMP deaminase domain-containing protein 1
分子量 formula_weight	60652.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.4.5
突变 mutation	E400A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	18516

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMKEAGQMQNLESARAGRSVSTQTGSMTGQIPRLSKVNLFTLLSLWMELFPAEAQRQKSQKNEEGKHGPLGDNEERTRVSTDKRQVKRTGLVVVKNMKIVGLHCSSEDLHAGQIALIKHGSRLKNCDLYFSRKPCSACLKMIVNAGVNRISYWPADPEISLLTEASSSEDAKLDAKAVERLKSNSRAHVCVLLQPLVCYMVQFVEETSYKCDFIQKITKTLPDANTDFYYECKQERIKEYEMLFLVSNEEMHKQILMTIGLENLCENPYFSNLRQNMKDLILLLATVASSVPNFKHFGFYRSNPEQINEIHNQSLPQEIARHCMVQARLLAYRTEDHKTGVGAVIWAEGKSRSCDGTGAMYFVGCGYNAFPVGSEYADFPHMDDKQKDREIRKFRYIIHAAQNALTFRCQEIKPEERSMIFVTKCPCDECVPLIKGAGIKQIYAGDVDVGKKKADISYMRFGELEGVSKFTWQLNPSGAYGLEQNEPERRENGVLRPVPQKEEQHQDKKLRLGIH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 3 non-polymer

描述 description	;[[(2~{R},3~{S},5~{R})-5-(4-azanyl-5-methyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate ;
分子量 formula_weight	481.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	112912

fit	/app/data/saxs_computation/hf/9hft/9hft.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hf/9hft/9hft.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hf/9hft/9hft.dat