9hg3

Crystal structure of M. smegmatis GMP reductase in complex with GMP and GTP.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 142.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hg3
沉积日期 deposition_date	2024-11-18
结构标题 title	Crystal structure of M. smegmatis GMP reductase in complex with GMP and GTP.
关键词 keywords	GMP reductase, GuaB1, CBS domain, Mycobacterium smegmatis, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.47 Å
零角强度 I(0) i0	2317430000.00
分子量 molecular_weight	387840.0 kDa
排除体积 excluded_volume	480160 Å³
包络体积 envelope_volume	704700 Å³
水化壳体积 shell_volume	115730 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.9 Å
壳层 Rg shell_rg	59.03 Å
包络 Rg envelope_rg	45.48 Å
形状 Rg shape_rg	48.48 Å
总 Rg total_rg	48.77 Å
总原子数 total_atoms	27200
残基数 n_residues	3680
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	142.6 Å
Rg (实空间) rg_real	48.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3170e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8260e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2319000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8178
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	71.3 Å
偏度 Skewness skewness	-0.165
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.624
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	152200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.939; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	GMP reductase
分子量 formula_weight	51782.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.1.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	27456

MVRFLDGHTPAYDLTYNDVFVVPGRSDVASRFDVDLSTVDGSGTTIPVVVANMTAVAGRRMAETVARRGGIVVLPQDLPITAVSETVDFVKSRDLVVDTPVTLSPEDSVSDANALLHKRAHGAAVVVFEGRPIGLVTEANCAGVDRFARVRDIALSDFVTAPVGTDPREVFDLLEHAPIDVAVMTAPDGTLAGVLTRTGAIRAGIYTPAVDAKGRLRIAAAVGINGDVGAKAQALAEAGADLLVIDTAHGHQAKMLDAIKAVASLDLGLPLVAGNVVSAEGTRDLIEAGASIVKVGVGPGAMCTTRMMTGVGRPQFSAVVECAAAARQLGGHVWADGGVRHPRDVALALAAGASNVMIGSWFAGTYESPGDLLFDRDDRPYKESYGMASKRAVAARTAGDSSFDRARKGLFEEGISTSRMSLDPARGGVEDLLDHITSGVRSTCTYVGAANLPELHEKVVLGVQSAAGFAEGHPLPAGWTAAAKEDLEHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1772
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	363.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	113.080 Å
晶胞边长 b length_b	145.930 Å
晶胞边长 c length_c	146.320 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.93 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	112.480 Å
R 因子 r_factor	0.2508
R_work r_work	0.2496
R_free r_free	0.2739

fit	/app/data/saxs_computation/hg/9hg3/9hg3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hg/9hg3/9hg3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hg/9hg3/9hg3.dat

Crystal structure of M. smegmatis GMP reductase in complex with GMP and GTP.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction