9hgz

Crystal structure of recombinant swine butyrylcholinesterase

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 173.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hgz
沉积日期 deposition_date	2024-11-20
结构标题 title	Crystal structure of recombinant swine butyrylcholinesterase
关键词 keywords	Butyrylcholinesterase, swine, recombinant, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.51 Å
零角强度 I(0) i0	795323000.00
分子量 molecular_weight	239270.0 kDa
排除体积 excluded_volume	301270 Å³
包络体积 envelope_volume	408980 Å³
水化壳体积 shell_volume	71049 Å³
包络直径 envelope_diameter	172.1 Å
壳层 Rg shell_rg	51.00 Å
包络 Rg envelope_rg	48.47 Å
形状 Rg shape_rg	49.50 Å
总 Rg total_rg	49.61 Å
总原子数 total_atoms	16878
残基数 n_residues	2051
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	173.2 Å
Rg (实空间) rg_real	49.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.9530e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5440e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	794900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8453
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.420
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.533
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	84190000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.765; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.869; Smooth: 0.819

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	Carboxylic ester hydrolase
分子量 formula_weight	59877.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	17356

EEDIIVTTKNGKVRGMNLPVLGGTVTAFLGIPYAQPPLGRLRFKKPQSMTKWPDIWNATKYANSCYQNTDQSFPGFVGSEMWNPNTELSEDCLYLNVWIPAPKPKNATVMIWIYGGGFQTGTSSLHVYDGKFLSRVERVIVVSMNYRVGALGFLALPGNPEAPGNMGLFDQQLALQWVQKNIAAFGGNPKSVTLFGESAGAVSVSLHLLSPRSHPLFARAILQSGSSNAPWAVTSLYEARNRTLTLAKFIGCSRENETEIIKCLRNKDPQEILQNEVFVVPNHMLLSVNFGPTVDGDFLTDLPDTLLQLGQFKKTQILVGVNKDEGTAFLVYGAPGFSKDNNSIITRKEFEEGLKIFFPGVSEFGKESILFHYMDWTDDQRAENYRDALDDVVGDYDIICPALEFTKKFSEMGNNAFFYYFEHRSSKLPWPEWMGVMHGYEIEFVFGLPLERRANYTKAEEILSRSIMKRWANFAKYGNPNGTQNNSTRWPVFKSNEQKYLTLNAESPRVYTKLRAQQCRFWTLFFPKV

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	894.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 8 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 10 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 11 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	464

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	124.553 Å
晶胞边长 b length_b	124.553 Å
晶胞边长 c length_c	175.706 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.460 Å
最低分辨率 resolution_low	124.550 Å
R 因子 r_factor	0.2049
R_work r_work	0.2033
R_free r_free	0.2346

fit	/app/data/saxs_computation/hg/9hgz/9hgz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hg/9hgz/9hgz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hg/9hgz/9hgz.dat