9hh5

Crystal Structure of nsp15 Endoribonuclease from SARS CoV-2 in Complex with Sepantronium (YM-155)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 108.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hh5
沉积日期 deposition_date	2024-11-21
最后修订 last_revision	2025-05-28
结构标题 title	Crystal Structure of nsp15 Endoribonuclease from SARS CoV-2 in Complex with Sepantronium (YM-155)
关键词 keywords	Uridylate-specific endoribonuclease, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.76 Å
零角强度 I(0) i0	72724800.00
分子量 molecular_weight	69186.0 kDa
排除体积 excluded_volume	87472 Å³
包络体积 envelope_volume	117750 Å³
水化壳体积 shell_volume	32790 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.6 Å
壳层 Rg shell_rg	36.71 Å
包络 Rg envelope_rg	30.44 Å
形状 Rg shape_rg	30.78 Å
总 Rg total_rg	31.28 Å
总原子数 total_atoms	4876
残基数 n_residues	614
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.0 Å
Rg (实空间) rg_real	31.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1370e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	72720000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6647
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.390
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.173
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14970000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.810; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.115; Positv: 1.000; Valcen: 0.924; Smooth: 0.936

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Replicase polyprotein 1ab
分子量 formula_weight	38856.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5222

MSLENVAFNVVNKGHFDGQQGEVPVSIINNTVYTKVDGVDVELFENKTTLPVNVAFELWAKRNIKPVPEVKILNNLGVDIAANTVIWDYKRDAPAHISTIGVCSMTDIAKKPTETICAPLTVFFDGRVDGQVDLFRNARNGVLITEGSVKGLQPSVGPKQASLNGVTLIGEAVKTQFNYYKKVDGVVQQLPETYFTQSRNLQEFKPRSQMEIDFLELAMDEFIERYKLEGYAFEHIVYGDFSHSQLGGLHLLIGLAKRFKESPFELEDFIPMDSTVKNYFITDAQTGSSKCVCSVIDLLLDDFVEIIKSQDLSVVSKVVKVTIDYTEISFMLWCKDGHVETFYPKL

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Nsp15 - Uridylate-specific endoribonuclease
分子量 formula_weight	29810.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSLENVAFNVVNKGHFDGQQGEVPVSIINNTVYTKVDGVDVELFENKTTLPVNVAFELWAKRNIKPVPEVKILNNLGVDIAANTVIWDYKRDAPAHISTIGVCSMTDIAKKPTETICAPLTVFFDGRVDGQVDLFRNARNGVLITEGSVKGLQPSVGPKQASLNGVTLIGEAVKTQFNYYKKVDGVVQQLPETYFTQSRNLQEFKPRSQMEIDFLELEDFIPMDSTVKNYFITDAQTGSSKCVCSVIDLLLDDFVEVKVTIDYTEISF

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1-(2-methoxyethyl)-2-methyl-3-(pyrazin-2-ylmethyl)benzo[f]benzimidazol-3-ium-4,9-dione
分子量 formula_weight	363.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	286

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	151.408 Å
晶胞边长 b length_b	151.408 Å
晶胞边长 c length_c	109.302 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 63
空间群编号 int_tables_number	173
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.080 Å
最低分辨率 resolution_low	45.140 Å
R 因子 r_factor	0.1920
R_work r_work	0.1913
R_free r_free	0.2053

fit	/app/data/saxs_computation/hh/9hh5/9hh5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hh/9hh5/9hh5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hh/9hh5/9hh5.dat

Crystal Structure of nsp15 Endoribonuclease from SARS CoV-2 in Complex with Sepantronium (YM-155)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)