9hhm

Crystal structure of phosphatidyl inositol 4-kinase II beta in complex with HH5129

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 107.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9hhm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9hhm
下载 Download

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9hhm
沉积日期 deposition_date2024-11-22
结构标题 titleCrystal structure of phosphatidyl inositol 4-kinase II beta in complex with HH5129
关键词 keywordslipid, kinase, inhibitor, PI4K2B, PI4P, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.92
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.35
零角强度 I(0) i0312111000.00
分子量 molecular_weight95642.0 kDa
排除体积 excluded_volume93035 ų
包络体积 envelope_volume166480 ų
水化壳体积 shell_volume43270 ų
包络直径 envelope_diameter110.6
壳层 Rg shell_rg38.96
包络 Rg envelope_rg32.11
形状 Rg shape_rg32.33
总 Rg total_rg32.77
总原子数 total_atoms7266
残基数 n_residues897
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax107.8
Rg (实空间) rg_real32.85
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.72
I(0) (实空间) i0_real3.1210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.8580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.88
I(0) (倒空间) i0_reciprocal312100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8781
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary42.7
偏度 Skewness skewness0.295
峰度 Kurtosis kurtosis-0.247
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha27110000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.819

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (3)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)