SAXSdb — 9hi4

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hi4
沉积日期 deposition_date	2024-11-24
最后修订 last_revision	2025-12-03
结构标题 title	Structure of FI6-focused design_03 scaffold in complex with FI6-Fab
关键词 keywords	scaffold, influenza, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.33 Å
零角强度 I(0) i0	301202000.00
分子量 molecular_weight	141780.0 kDa
排除体积 excluded_volume	176870 Å³
包络体积 envelope_volume	252680 Å³
水化壳体积 shell_volume	46926 Å³
包络直径 envelope_diameter	198.6 Å
壳层 Rg shell_rg	44.19 Å
包络 Rg envelope_rg	54.35 Å
形状 Rg shape_rg	53.26 Å
总 Rg total_rg	53.17 Å
总原子数 total_atoms	10006
残基数 n_residues	1305
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	187.7 Å
Rg (实空间) rg_real	53.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	300500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6820
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	37.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.742
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.076
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16980000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.395; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.469; Smooth: 0.209

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	FI6 Fab Heavy chain
分子量 formula_weight	25368.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,K
原子数 atom_count	11503

QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSTYAMHWVRQAPGKGLEWVAVISYDANYKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKDSQLRSLLYFEWLSQGYFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 2 polymer

描述 description	FI6 Fab Light chain
分子量 formula_weight	24177.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,L

NSDIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVTFNYKNYLAWYQQKPGQPPKLLIYWASTRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQHYRTPPTFGQGTVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 3 polymer

描述 description	FI6-focused design_03
分子量 formula_weight	25012.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

SDAQKQDWGNLKRYAEANKELVRKGKQKDRVVFMGNSITEGWVANDAAFFEDNGYVGRGIGGQTSSHFLLRFREDVIKLAPALVVINAGTNDLKENWGAYNEEYTFGNIVSMVELARANKIKVILTSVLPHRNARDEEDQKEATQAIINLNTRIINYAIENKIPFVDYFVEMAQSPNGDLNSSYTRDGVHPTLEGYKVMEALIKKAIDKVLSGWHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides uniformis ATCC 8492
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	411479
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	FI6-focused design_03
分子量 formula_weight	24932.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

SDAQKQDWGNLKRYAEANKELVRKGKQKDRVVFMGNSITEGWVANDAAFFEDNGYVGRGIGGQTSSHFLLRFREDVIKLAPALVVINAGTNDLKENWGAYNEEYTFGNIVSMVELARANKIKVILTSVLPHRNARDEEDQKEATQAIINLNTRIINYAIENKIPFVDYFVEMAQSPNGDLNSSYTRDGVHPTLEGYKVMEALIKKAIDKVLSGWHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides uniformis ATCC 8492
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	411479
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1385

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	91.230 Å
晶胞边长 b length_b	78.140 Å
晶胞边长 c length_c	118.720 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	44.840 Å
R 因子 r_factor	0.1711
R_work r_work	0.1698
R_free r_free	0.1960

fit	/app/data/saxs_computation/hi/9hi4/9hi4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hi/9hi4/9hi4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hi/9hi4/9hi4.dat

Structure of FI6-focused design_03 scaffold in complex with FI6-Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)