9hin

;Crystal structure of human TRIM7 PRYSPRY domain bound to ((S)-2-(6-(6-methoxypyridin-3-yl)-1-oxoisoindolin-2-yl)-3-phenylpropanoyl)-L-glutamine ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 54.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hin
沉积日期 deposition_date	2024-11-26
最后修订 last_revision	2025-01-15
结构标题 title	;Crystal structure of human TRIM7 PRYSPRY domain bound to ((S)-2-(6-(6-methoxypyridin-3-yl)-1-oxoisoindolin-2-yl)-3-phenylpropanoyl)-L-glutamine ;
关键词 keywords	TRIM7, PRYSPRY, E3 Ligase, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.88 Å
零角强度 I(0) i0	13206800.00
分子量 molecular_weight	18171.0 kDa
排除体积 excluded_volume	17543 Å³
包络体积 envelope_volume	26676 Å³
水化壳体积 shell_volume	14822 Å³
包络直径 envelope_diameter	50.4 Å
壳层 Rg shell_rg	21.15 Å
包络 Rg envelope_rg	15.17 Å
形状 Rg shape_rg	14.83 Å
总 Rg total_rg	15.80 Å
总原子数 total_atoms	1379
残基数 n_residues	170
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.1 Å
Rg (实空间) rg_real	15.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13210000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7005
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.087
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.428
角度范围 angular_range	— – 0.4950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4419000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.732; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.302; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 1.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM7
分子量 formula_weight	19746.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1476

GKEEKVELTLDPDTANPRLILSLDLKGVRLGERAQDLPNHPCRFDTNTRVLASCGFSSGRHHWEVEVGSKDGWAFGVARESVRRKGLTPFTPEEGVWALQLNGGQYWAVTSPERSPLSCGHLSRVRVALDLEVGAVSFYAVEDMRHLYTFRVNFQERVFPLFSVCSTGTYLRIWP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	L(+)-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	((S)-2-(6-(6-methoxypyridin-3-yl)-1-oxoisoindolin-2-yl)-3-phenylpropanoyl)-L-glutamine
分子量 formula_weight	516.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	88

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	91.784 Å
晶胞边长 b length_b	44.154 Å
晶胞边长 c length_c	57.343 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.54 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	54.680 Å
R 因子 r_factor	0.1842
R_work r_work	0.1823
R_free r_free	0.2187

fit	/app/data/saxs_computation/hi/9hin/9hin.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hi/9hin/9hin.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hi/9hin/9hin.dat

;Crystal structure of human TRIM7 PRYSPRY domain bound to ((S)-2-(6-(6-methoxypyridin-3-yl)-1-oxoisoindolin-2-yl)-3-phenylpropanoyl)-L-glutamine ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction