9hjh

Structure of compound 1 bound to SARS-CoV-2 main protease

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 83.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9hjh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9hjh
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9hjh
沉积日期 deposition_date2024-11-29
结构标题 titleStructure of compound 1 bound to SARS-CoV-2 main protease
关键词 keywordsInhibitor, docking, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.35
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.50
零角强度 I(0) i0146691000.00
分子量 molecular_weight63526.0 kDa
排除体积 excluded_volume61100 ų
包络体积 envelope_volume100580 ų
水化壳体积 shell_volume32515 ų
包络直径 envelope_diameter88.4
壳层 Rg shell_rg33.15
包络 Rg envelope_rg25.68
形状 Rg shape_rg25.51
总 Rg total_rg26.07
总原子数 total_atoms4755
残基数 n_residues608
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax83.8
Rg (实空间) rg_real26.22
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55
I(0) (实空间) i0_real1.4670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.26
I(0) (倒空间) i0_reciprocal146700000.0000
解质量估计 total_estimate0.9030
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.9
偏度 Skewness skewness0.161
峰度 Kurtosis kurtosis-0.525
角度范围 angular_range— – 0.3000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha46840000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.992

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (6)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)