9hjm

Porphyromonas gingivalis BAM complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 172.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hjm
沉积日期 deposition_date	2024-11-29
最后修订 last_revision	2025-11-19
结构标题 title	Porphyromonas gingivalis BAM complex
关键词 keywords	Outer membrane biogenesis, beta-barrel assembly machinery, BAM, Gram-negative bacteria, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.55 Å
零角强度 I(0) i0	665275000.00
分子量 molecular_weight	216650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	272220 Å³
包络体积 envelope_volume	396230 Å³
水化壳体积 shell_volume	69343 Å³
包络直径 envelope_diameter	177.5 Å
壳层 Rg shell_rg	50.52 Å
包络 Rg envelope_rg	48.15 Å
形状 Rg shape_rg	49.54 Å
总 Rg total_rg	49.59 Å
总原子数 total_atoms	15297
残基数 n_residues	1918
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	172.6 Å
Rg (实空间) rg_real	49.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6530e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2250e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	665000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6255
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.466
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.257
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	43950000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.791; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.013; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.768

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Outer membrane protein
分子量 formula_weight	48549.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F
原子数 atom_count	15297

MYKDYKGLYASLRWCALIIGLLFAADSIQAQNNNFTESPYTRFGLGRLGERTTISGHSMGGLGVGLRQGTYVNAVNPASYSAVDSMTFIFDFGASTGITWYAENGKKDNRKMGNIEYFAMLFPISKSIAMSAGVLPYSASGYQFGSVDQVEGGSVQYTRKYLGTGNLNDLYVGIGATPFKNFSIGANASFLFGRFTHSRQVIFSTEAPYNPVHLSTLYLKAAKFDFGMQYHLPLKSDRSLVIGAVYSPRVKMHSELTQIKNQVQNGVVVESETQEYIKGMDYYTLPHTLGIGFSYEKKDKLLLGADVQYSKWKGEKFYKSDCKFQDRIRVSLGGEIMPDINAVGIWPKVRYRFGLHGENSYLKVPTKGGVYQGYHIVGAVFGIGIPLNDRRSFVNVSLEYDRLIPKEGMIKENALKLTFGLTFNESWFKKLKLN

来源 Source

来源生物 organism	Porphyromonas gingivalis ATCC 33277
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	431947
宿主生物 host_organism	Porphyromonas gingivalis ATCC 33277

Entity 2 polymer

描述 description	DUF4270 domain-containing protein
分子量 formula_weight	51849.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MKRYLLLVFSLMALLTVACDDDLSPIGGSIQPPSDPVSARVDTLEFSVKTIPMGDIYNRTNYTLLGDLTDPEYGDLKADYIMQFKSPRNFKFKYPPKDGKIDSVKLSINYDSWAGDSTSIMKVSIYKINKAIPPSYYSTQELASLLDETQIIASQTFKAGNDSAFHRVRIPLPNEIGQKIYDLSVNNPSVFDTQESFYNNVLGGLYVTTTTGTGVVLSVYNTQMAIFYSYKVAADSTATASETFVNTSESYQVNHIKNSQISHLLQENDSLSCVKSPAGVMTQLTISKEQFTDAFTSNLSSSLAWQIGEAQFNISASKPSEGLMLSPPSYLLLLPQDSVRNFFEQEQTELMQPRTAFLSTIYNIKKREYRFSNISRLLMEHIKNNTEKTPEGKPYITKDLVLVLLPVKRQVAGASNSLYTSQLNNFMFPSGVKLQLGKKNKTARIGVYSMTYTDNHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Porphyromonas gingivalis ATCC 33277
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	431947
宿主生物 host_organism	Porphyromonas gingivalis ATCC 33277

Entity 3 polymer

描述 description	DUF6242 domain-containing protein
分子量 formula_weight	50949.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MCKKHFIRYFFWTIIVFFVGAAIHSCKESKIDLEEVSIVDLQIHRFYLSSKKNPDLEKVFFSIDHAKGTIINKKYMPYGTVLDSVMMKLVTDFSAKKLRVAINDGEYKDWHNKDSLWLRDCHTLHLMVFDESGEKTKKYTVTLNRYDYQPTTFVWHMLDGVALPDINASFVDVVTHADKVYLVAATGNKTLLYSSDRKNPVHWTLLSSSGLSGACRQIAATEDGRAWILTDSGIYQSDDFTNWSLLPSEVPVTTLLGAMAWPQGSHTLALLAEKEGSLFFATNIDGIHSWQEQAPETFPVRNFSTQLYKANNHPMLRLVGGVTHTGAPATSVWITSNGNDWFGLDLAAGAIPASMEKGALVQTPSDGNLYYYATEQAEGIKRVAVAYSTDKGITWKRGAADIMLPADPFYTVGYPLPFVCAFDDGAYNIYQLGGVSSSGTFFSSIWKGILKLNENN

来源 Source

来源生物 organism	Porphyromonas gingivalis ATCC 33277
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	431947
宿主生物 host_organism	Porphyromonas gingivalis ATCC 33277

Entity 4 polymer

描述 description	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
分子量 formula_weight	20946.1 kDa
EC 编号 ec_number	5.2.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MKTKKNIIMALGLMLVNILLVFSSCEKRPNEEKQRRHDNEVAFNAYADSTNFKKVSVDGSTAYVYMRWITNGTGTEHPIATSRVEVHYQTYRLVGNIMVDGNYNSEKPARITLYRNEKDKSITGFRIALQNMVIGDECEFIVPWYLAYGSKGVPASSANLVPIPSYSALRFIVKLSGIIPEEDKK

来源 Source

来源生物 organism	Porphyromonas gingivalis ATCC 33277
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	431947
宿主生物 host_organism	Porphyromonas gingivalis ATCC 33277

Entity 5 polymer

描述 description	DUF4827 domain-containing protein
分子量 formula_weight	23531.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MKRIIMILLPVLAIGMAVLTLGSCKKSDIKSLKEMKKDERKAIESFINRMGFTIKEGHEGQSEFDPDIMYHFDNDLYMQVLDKGKEPPVLNKTKINVRMEGFMFNRERDSIYVFNSLTSGGFQESVFRYIYKYNDGDIHFELIKCTTGSNLDMFVCEGVAFPMTMLGNKARVRLIVPFRIGPESLYSRGLTGYYKEVEYVFRD

来源 Source

来源生物 organism	Porphyromonas gingivalis ATCC 33277
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	431947
宿主生物 host_organism	Porphyromonas gingivalis ATCC 33277

Entity 6 polymer

描述 description	Putative outer membrane protein
分子量 formula_weight	102003.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MYKKIIAVAALFCASIGILKGQSSDLTPQDTIYSPEISYAKPIHKTIASIEIEGMRSFDDFVLRNLSGLAVGDEVLIPGDAMSAAVNRIMRQGYFSNVRIIADKYVGNKVYLKIIVTERPRISKVTFSGVKKSEREDLEMKIGLREGIQMTRNNEDKVRQIVQKYFSEKGYRDASIRITQEPDLSKDGFVNVLISIEKKSKTKVNEIYFSGNKALSNHKLRMAMKNTNAKFSLRKHIRSSFLKLFSTHKFVEESYREDLVRLIEKYQEYGYRDAEILTDSVVKAPDGKRVDIYLNIEEGQKYYIKDVNFVGNSQYPSEYLERVLGIKSGDVYNQRRLAKRLNEDEDAVGNLYYNNGYIFAWVDPVETNVVGDSVSLDIRIAEGKQANINKVIIKGNTVVYEDVVRRELYTKPGQLFSREDIINSIRLINQLGHFDAEKSIPRPIPNPETGTVDIEYDLVPRSSDQLELSVGWSQSGLLFRGAIKFTNFSVGNLLHPSMYKKGIIPQGDGQTLSLSAQTNGKYYQQYSVTFMDPWFGGKRPDMFSFSAFYSKTTAIDSKFYNSNAGNYYNAYYNSYYNNYNSYYNGMSNYTGDLYTQASDPDRSLQMLGTSIGYGKRLTWPDNWFQIYTSLNYTYYRLRNWSYNTFQNFHHGSANDLNLELRLSRTSIDNPIYTRSGSDFMVSVAATLPYSLWDNHDYASQNLSVSDRYRYIEYHKWKFRGRVFTPLLNPATHKYTPVLMSRVEGAVLGSYNSNKKSPFGTFYMGGDGMSSYYGGYMNETIGLRGYKNGSIAGNNYDYAYAYMRLTMELRFPILFENSFNAWLLAFAEAGNAWRSIDNYNPFNLKRSAGVGLRVTLPMVGMLGIDWGYGFDRPDNSLQRGGSNVHFVLGQEF

来源 Source

来源生物 organism	Porphyromonas gingivalis ATCC 33277
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	431947
宿主生物 host_organism	Porphyromonas gingivalis ATCC 33277

Entity 7 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.24 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	86584

fit	/app/data/saxs_computation/hj/9hjm/9hjm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hj/9hjm/9hjm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hj/9hjm/9hjm.dat

Porphyromonas gingivalis BAM complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)