9hjy

Cathepsin L3 from Ixodes ricinus (IrCL3) inhibited by E-64

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 54.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hjy
沉积日期 deposition_date	2024-12-02
最后修订 last_revision	2025-12-17
结构标题 title	Cathepsin L3 from Ixodes ricinus (IrCL3) inhibited by E-64
关键词 keywords	Cathepsin, Cysteine Protease, Hard tick, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.35 Å
零角强度 I(0) i0	11695900.00
分子量 molecular_weight	24307.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29826 Å³
包络体积 envelope_volume	32982 Å³
水化壳体积 shell_volume	16678 Å³
包络直径 envelope_diameter	55.4 Å
壳层 Rg shell_rg	22.73 Å
包络 Rg envelope_rg	16.68 Å
形状 Rg shape_rg	16.33 Å
总 Rg total_rg	17.39 Å
总原子数 total_atoms	1706
残基数 n_residues	219
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.7 Å
Rg (实空间) rg_real	17.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1240e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8194
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	21.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.172
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.394
角度范围 angular_range	— – 0.4550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2666000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Late digestive cathepsin L
分子量 formula_weight	24178.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1885

FPQTVDWRKKGAVTPVKNQEQCGSCWAFSATGSLEGQHFLNTGKLVSLSEQNLVDCSDDFGNIGCSGGLMDNAFQYIKANGGIDTEKSYPYTGEDGQCVFDKSNVGAADTGFVDVQTGDETQLMKAVASVGPISVAIDASHISFQFYAQGVYDEPACSSEMLDHGVLAVGYGTLNGKDYWLVKNSWGADWGQEGYILMSRNKNNQCGIASNASYPLVGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Ixodes ricinus
通用名 common_name	castor bean tick
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34613
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE
分子量 formula_weight	360.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	126

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	37.967 Å
晶胞边长 b length_b	76.911 Å
晶胞边长 c length_c	152.347 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	42.380 Å
R 因子 r_factor	0.1782
R_work r_work	0.1774
R_free r_free	0.1922

fit	/app/data/saxs_computation/hj/9hjy/9hjy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hj/9hjy/9hjy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hj/9hjy/9hjy.dat

Cathepsin L3 from Ixodes ricinus (IrCL3) inhibited by E-64

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction