9hmm

Crystal structure of mouse ADAT2/ADAT3 tRNA deamination complex A180V mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 97.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hmm
沉积日期 deposition_date	2024-12-09
结构标题 title	Crystal structure of mouse ADAT2/ADAT3 tRNA deamination complex A180V mutant
关键词 keywords	TRNA MODIFICATION, WOBBLE ADENINE, INOSINE, ADAT, INTELLECTUAL DISABILITY, NEUROLOGICAL DISORDERS, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.02 Å
零角强度 I(0) i0	41379800.00
分子量 molecular_weight	48697.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60342 Å³
包络体积 envelope_volume	76255 Å³
水化壳体积 shell_volume	24700 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.1 Å
壳层 Rg shell_rg	32.59 Å
包络 Rg envelope_rg	28.55 Å
形状 Rg shape_rg	28.07 Å
总 Rg total_rg	28.31 Å
总原子数 total_atoms	3395
残基数 n_residues	442
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.7 Å
Rg (实空间) rg_real	28.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	41380000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5861
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.617
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.216
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9518000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.640; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.075; Positv: 1.000; Valcen: 0.637; Smooth: 0.831

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	tRNA-specific adenosine deaminase 2
分子量 formula_weight	21333.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.4.33
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3395

MEEKVESTTTPDGPCVVSVQETEKWMEEAMRMAKEALENIEVPVGCLMVYNNEVVGKGRNEVNQTKNATRHAEMVAIDQVLDWCHQHGQSPSTVFEHTVLYVTVEPCIMCAAALRLMKIPLVVYGCQNERFGGCGSVLNIASADLPNTGRPFQCIPGYRAEEAVELLKTFYKQENPNAPKSKVRKKDCQKS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Probable inactive tRNA-specific adenosine deaminase-like protein 3
分子量 formula_weight	34544.3 kDa
突变 mutation	A180V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPHMEPTSGFAEQPGPVKAESEEQEPAQWQALPVLSEQQSGAVELILAYAAPVLDKRQTSRLLREVSAVYPLPAQPHLKRVRPSRSAGGAQSSDLLLCLAGPSAGPRSLAELLPRPAVDPRGLGTPFLVPVPARPPLTRSQFEEARAHWPTSFHEDKQVTSALAGQLFSTQERAAMQTHMERVVCAAQRAAAQGLRAVGAVVVDPASDRVLATGHDCSSVASPLLHAVMVCIDLVAQGQGEDSLPYVCTGYDLYVTREPCVMCAMALVHARIQRVFYGAPSPDGALGTLFRVHARPDLNHRFQVFRGILEDQCRQLDPDP

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	BROMIDE ION
分子量 formula_weight	79.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.903 Å
晶胞边长 b length_b	106.398 Å
晶胞边长 c length_c	129.199 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	49.190 Å
R 因子 r_factor	0.1978
R_work r_work	0.1953
R_free r_free	0.2448

fit	/app/data/saxs_computation/hm/9hmm/9hmm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hm/9hmm/9hmm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hm/9hmm/9hmm.dat

Crystal structure of mouse ADAT2/ADAT3 tRNA deamination complex A180V mutant

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)