9hnc

Crystal structure of potassium-independent L-asparaginase from Phaseolus vulgaris (PvAIII, PvAspG2)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 252.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hnc
沉积日期 deposition_date	2024-12-10
最后修订 last_revision	2025-05-14
结构标题 title	Crystal structure of potassium-independent L-asparaginase from Phaseolus vulgaris (PvAIII, PvAspG2)
关键词 keywords	L-asparaginase, beta-aspartylpeptidase, common bean, potassium-idenpendent enzyme, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	87.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	89.80 Å
零角强度 I(0) i0	3612950000.00
分子量 molecular_weight	490810.0 kDa
排除体积 excluded_volume	608370 Å³
包络体积 envelope_volume	1014700 Å³
水化壳体积 shell_volume	112270 Å³
包络直径 envelope_diameter	322.4 Å
壳层 Rg shell_rg	60.62 Å
包络 Rg envelope_rg	88.45 Å
形状 Rg shape_rg	89.82 Å
总 Rg total_rg	89.25 Å
总原子数 total_atoms	34240
残基数 n_residues	4635
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	252.0 Å
Rg (实空间) rg_real	82.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4970e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6820e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	82.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3554000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9247
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	112.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.439
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.336
角度范围 angular_range	— – 0.0900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.2522
最高正则化参数 α highest_alpha	41580000.0000
实空间数据点数 n_real_points	19
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 0.949; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.676

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	beta-aspartyl-peptidase
分子量 formula_weight	33983.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AAA,BBB,CCC,DDD,EEE,FFF,GGG,HHH,III,JJJ,KKK,LLL,MMM,NNN,OOO,PPP
原子数 atom_count	36793

MGWAIALHGGAGDIPLSLPPERRHPREEALRHCLQIGVEALKAKLPPLDVVERVVRELENIPQFNAGKGSVLTSNGTVEMEASIMDGTTMDCGAVSGLTTVVNAISLARLVMEKTPHIYLAFDGAEEFARQQGVETLDSSHFITAENIERLKQAKEANRVQIDYTQPIQNDTKKETAIANGDSQIGTVGCVAVDGNGNLASATSTGGLVNKMVGRIGDTPLIGAGTYADARCAVSATGKGEAIIRGTVARDVAALMEFKGLSLEEAATCVVHERTPKGTLGLIAVSAKGEVAMPYNTTGMFRACATEDGYSEVAIWPSAKID

来源 Source

来源生物 organism	Phaseolus vulgaris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3885
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	33

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	25

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	29

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2466

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	123.764 Å
晶胞边长 b length_b	123.645 Å
晶胞边长 c length_c	187.679 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	3
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.879 Å
最低分辨率 resolution_low	47.688 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1824
R_free r_free	0.2111

fit	/app/data/saxs_computation/hn/9hnc/9hnc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hn/9hnc/9hnc.pr.out
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