9hp8

PAM-bound Cas9-Cas1-Cas2-Csn2 supercomplex in the docked conformation, Streptococcus thermophilus DGCC 7710 CRISPR3 system

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 168.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hp8
沉积日期 deposition_date	2024-12-12
结构标题 title	PAM-bound Cas9-Cas1-Cas2-Csn2 supercomplex in the docked conformation, Streptococcus thermophilus DGCC 7710 CRISPR3 system
关键词 keywords	CIRSPR-Cas, spacer acquisition, Csn2, Cas1, Cas2, CRISPR integrase, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.42 Å
零角强度 I(0) i0	1940120000.00
分子量 molecular_weight	329700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	396370 Å³
包络体积 envelope_volume	629110 Å³
水化壳体积 shell_volume	101480 Å³
包络直径 envelope_diameter	172.4 Å
壳层 Rg shell_rg	55.17 Å
包络 Rg envelope_rg	50.42 Å
形状 Rg shape_rg	51.45 Å
总 Rg total_rg	51.45 Å
总原子数 total_atoms	23089
残基数 n_residues	2901
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	168.8 Å
Rg (实空间) rg_real	52.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9400e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4950e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1941000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8865
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.223
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.558
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	155100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.932; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.739

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas9
分子量 formula_weight	162498.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	23089

MTKPYSIGLDIGTNSVGWAVITDNYKVPSKKMKVLGNTSKKYIKKNLLGVLLFDSGITAEGRRLKRTARRRYTRRRNRILYLQEIFSTEMATLDDAFFQRLDDSFLVPDDKRDSKYPIFGNLVEEKVYHDEFPTIYHLRKYLADSTKKADLRLVYLALAHMIKYRGHFLIEGEFNSKNNDIQKNFQDFLDTYNAIFESDLSLENSKQLEEIVKDKISKLEKKDRILKLFPGEKNSGIFSEFLKLIVGNQADFRKCFNLDEKASLHFSKESYDEDLETLLGYIGDDYSDVFLKAKKLYDAILLSGFLTVTDNETEAPLSSAMIKRYNEHKEDLALLKEYIRNISLKTYNEVFKDDTKNGYAGYIDGKTNQEDFYVYLKNLLAEFEGADYFLEKIDREDFLRKQRTFDNGSIPYQIHLQEMRAILDKQAKFYPFLAKNKERIEKILTFRIPYYVGPLARGNSDFAWSIRKRNEKITPWNFEDVIDKESSAEAFINRMTSFDLYLPEEKVLPKHSLLYETFNVYNELTKVRFIAESMRDYQFLDSKQKKDIVRLYFKDKRKVTDKDIIEYLHAIYGYDGIELKGIEKQFNSSLSTYHDLLNIINDKEFLDDSSNEAIIEEIIHTLTIFEDREMIKQRLSKFENIFDKSVLKKLSRRHYTGWGKLSAKLINGIRDEKSGNTILDYLIDDGISNRNFMQLIHDDALSFKKKIQKAQIIGDEDKGNIKEVVKSLPGSPAIKKGILQSIKIVDELVKVMGGRKPESIVVEMARENQYTNQGKSNSQQRLKRLEKSLKELGSKILKENIPAKLSKIDNNALQNDRLYLYYLQNGKDMYTGDDLDIDRLSNYDIDHIIPQAFLKDNSIDNKVLVSSASNRGKSDDFPSLEVVKKRKTFWYQLLKSKLISQRKFDNLTKAERGGLLPEDKAGFIQRQLVETRQITKHVARLLDEKFNNKKDENNRAVRTVKIITLKSTLVSQFRKDFELYKVREINDFHHAHDAYLNAVIASALLKKYPKLEPEFVYGDYPKYNSFRERKSATEKVYFYSNIMNIFKKSISLADGRVIERPLIEVNEETGESVWNKESDLATVRRVLSYPQVNVVKKVEEQNHGLDRGKPKGLFNANLSSKPKPNSNENLVGAKEYLDPKKYGGYAGISNSFAVLVKGTIEKGAKKKITNVLEFQGISILDRINYRKDKLNFLLEKGYKDIELIIELPKYSLFELSDGSRRMLASILSTNNKRGEIHKGNQIFLSQKFVKLLYHAKRISNTINENHRKYVENHKKEFEELFYYILEFNENYVGAKKNGKLLNSAFQSWQNHSIDELCSSFIGPTGSERKGLFELTSRGSAADFEFLGVKIPRYRDYTPSSLLKDATLIHQSVTGLYETRIDLAKLGEGLEGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus DGCC 7710
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1268061
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Cas9 crRNA
分子量 formula_weight	13609.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

CGCUAAAGAGGAAGAGGACAGUUUUAGAGCUGUGUUGUUUCG

Entity 3 polymer

描述 description	Cas9 tracrRNA
分子量 formula_weight	24119.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CGAAACAACACAGCGAGUUAAAAUAAGGCUUAGUCCGUACUCAACUUGAAAAGGUGGCACCGAUUCGGUGUUUUU

Entity 4 polymer

描述 description	DNA (43-MER)
分子量 formula_weight	15003.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GATGTCTTCCAATTTACTACTCGTTCTGGTGTTTCTCGAGGCGTCAGCC

Entity 5 polymer

描述 description	DNA (43-MER)
分子量 formula_weight	15182.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GGCTGACGCCTCGAGAAACACCAGAACGAGTAGTAAATTGGAAGACATC

Entity 6 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas1
分子量 formula_weight	34854.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G

MAGWRTVVVNIHSKLSYKNNHLIFRNSYKTEMIHLSEIDILLLETTDIVLTTMLVKRLVDENILVIFCDDKRLPTAFLTPYYARHDSSLQIARQIAWKENVKCEVWTAIIAQKILNQSYYLGECSFFEKSQSIMELYHGLERFDPSNREGHSARIYFNTLFGNDFTRESDNDINAALDYGYTLLLSMFAREVVVCGCMTQIGLKHANQFNQFNLASDIMEPFRPIIDRIVYQNRHNNFVKIKKELFSIFSETYLYNGKEMYLSNIVSDYTKKVIKALNQLGEEIPEFRMSGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus DGCC 7710
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1268061
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 7 polymer

描述 description	CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
分子量 formula_weight	13431.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MSYRYMRMILMFDMPTDTAEERKAYRKFRKFLLSEGFIMHQFSVYSKLLLNHTANTAMVGRLKANNPKKGNITILTVTEKQFARMIYLYGDKNTSIANSEERLVFLGDNYCDED

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus DGCC 7710
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1268061
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 8 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein Csn2
分子量 formula_weight	27459.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,L,N,M

MGHHHHHHENLYFQGGMKINFSLLDEPMEVNLGTVLVIEDVSVFAQLVKEFYQYDEQSNLTIFDSKIRSIRSSELLLITDILGYDINTSQVLKLLHTDIVSQLNDKPEVRSEIDSLVSLITDIIMAECIENELDIEYDEITLLELIKALGVRIETKSCTVFEKIFEILQIFKYLVKKRILVFVNSLSYFSKDEIYQILEYTKLSQADVLFLEPRQIEGIQQFILDKDYILMPYNN

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus DGCC 7710
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1268061
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 9 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	26925

fit	/app/data/saxs_computation/hp/9hp8/9hp8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hp/9hp8/9hp8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hp/9hp8/9hp8.dat

PAM-bound Cas9-Cas1-Cas2-Csn2 supercomplex in the docked conformation, Streptococcus thermophilus DGCC 7710 CRISPR3 system

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)