9hpa

Structure of A16/G9 (vaccinia virus) in complex with VHH D07 and VHH E12

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 200.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hpa
沉积日期 deposition_date	2024-12-12
结构标题 title	Structure of A16/G9 (vaccinia virus) in complex with VHH D07 and VHH E12
关键词 keywords	poxvirus, viral fusion, vaccinia virus, mpox virus, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	64.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	66.01 Å
零角强度 I(0) i0	513113000.00
分子量 molecular_weight	180990.0 kDa
排除体积 excluded_volume	223170 Å³
包络体积 envelope_volume	347630 Å³
水化壳体积 shell_volume	51644 Å³
包络直径 envelope_diameter	212.3 Å
壳层 Rg shell_rg	49.89 Å
包络 Rg envelope_rg	65.48 Å
形状 Rg shape_rg	66.00 Å
总 Rg total_rg	65.62 Å
总原子数 total_atoms	12689
残基数 n_residues	1580
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	200.0 Å
Rg (实空间) rg_real	66.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1150e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	63.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	510400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6926
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.532
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.742
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.558; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.327; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Virion membrane protein OPG143
分子量 formula_weight	40941.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	12788

MKLCILLAVVAFVGLSLGRSAAAVTLNRIKIAPGIADIRDKYMELGFNYPEYNRAVKFAEESYTYYYETSPGEIKPKFCLIDGMSIDHCSSFIVPEFAKQYVLIHGEPCSSFKFRPGSLIYYQNEVTPEYIKDLKHATDYIASGQRCHFIKKDYLLGDSDSVAKCCSKTNTKHCPKIFNNNYKTEHCDDFMTGFCRNDPGNPNCLEWLRAKRKPAMSTYSDICSKHMDARYCSEFIRIIRPDYFTFGDTALYVFCNDHKGNRNCWCANYPKSNSGDKYLGPRVCWLHECTDESRDRKWLYYNQDVQRTRCKYVGGSGLVPRGSGGSGGSHHHHHHHHGGSGTGGLNDIFEAQKIEWHE

来源 Source

来源生物 organism	Vaccinia virus Western Reserve
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	696871
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 2 polymer

描述 description	Entry-fusion complex protein OPG094
分子量 formula_weight	37432.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MKLCILLAVVAFVGLSLGAGGVSVELPKRDPPPGVPTDEMLLNVDKMHDVIAPAKLLEYVHIGPLAKDKEDKVKKRYPEFRLVNTGPGGLSALLRQSYAGTAPNCCRTFQRTHYWKKDGKISDKYEEGAVLESCWPDVHDTGKCDVDLFDWCQGDTFDRNICHQWIGSAFNRADRTVEGQQSLINLYNKMQTLCSKDASVPICESFLHHLRAHNTEDSKEMIDYILRQQSADFKQKYMRCSYPTRDKLEESLKYAEPRECWDPECSNANVNFLLTRNYNNLGLCNIVRGSGLVPRGSLEDDDDKAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Vaccinia virus Western Reserve
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	696871
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 3 polymer

描述 description	VHH E12
分子量 formula_weight	17105.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MGEVQLVESGGGLVQAGGSLRLSCVASGSIFMIDDMGWYRRAPGNEREWVATTHSGGSTVYADSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCNAQGLTGSRQRYDVLGQGTQVTVSSLEHHHHHHHHGSGLVPRGSGLNDIFEAQKIEWHE

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	VHH D07
分子量 formula_weight	16965.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MGEVQLQASGGGLVQPGGSLRLSCAASGIVFSNNRMSWYRQAPGKQREVVATITSGGATDYQDSVEGRFTISRDMAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYFCNARRDNFATAIYWGQGTQVTVSSLEHHHHHHHHGSGLVPRGSGLNDIFEAQKIEWHE

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	99

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.204 Å
晶胞边长 b length_b	148.041 Å
晶胞边长 c length_c	185.708 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	39.330 Å
R 因子 r_factor	0.2248
R_work r_work	0.2225
R_free r_free	0.2652

fit	/app/data/saxs_computation/hp/9hpa/9hpa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hp/9hpa/9hpa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hp/9hpa/9hpa.dat

Structure of A16/G9 (vaccinia virus) in complex with VHH D07 and VHH E12

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)