9hqk

Bacteroides fragilis lipoprotein XusB bound to ferrichrome

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 122.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hqk
沉积日期 deposition_date	2024-12-16
最后修订 last_revision	2025-09-17
结构标题 title	Bacteroides fragilis lipoprotein XusB bound to ferrichrome
关键词 keywords	Bacteroides, lipoprotein, xenosiderophore, iron, METAL TRANSPORT; METAL TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.33 Å
零角强度 I(0) i0	426361000.00
分子量 molecular_weight	167670.0 kDa
排除体积 excluded_volume	208970 Å³
包络体积 envelope_volume	268800 Å³
水化壳体积 shell_volume	57088 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.9 Å
壳层 Rg shell_rg	45.34 Å
包络 Rg envelope_rg	37.82 Å
形状 Rg shape_rg	38.33 Å
总 Rg total_rg	38.74 Å
总原子数 total_atoms	11810
残基数 n_residues	1509
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.8 Å
Rg (实空间) rg_real	38.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8770e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	426400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9006
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	56.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.093
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.629
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	161700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.923; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.939

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	XusB
分子量 formula_weight	45484.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11810

MITMYRIYMYLLAACLLLGVTACEEEGLGNEETPFAPYVLSLGINSNGTTTYYVVTAPELMSGTINAVAKGIEQNGYRDYEQAGQTVFSIGGLGLTSATGIVRDANGYLTERGDFVFNSSLNAFTQMDGQNMIGLELPANKESGDQMTLYTVNISDVSITSQVKAPVFPLNQLEWPSITGMCYSEGNVYVTYFPMNPSTFETLYTDTTFVAVYSYPDMQFKTLMKDTRTGPAGSWNAFNGIFKVESGDMYIMSNSAIANGFSQSTKNAAFLRIPKGETHFDDYYFDFETVSGGLKPAHIKYIGNGLVFAEVSTISPQTSADRWGDKSLKCCIIDLNNKTVRDIKEIPVHNGDGGRRFAALVDGGYVYRPVTASEGTYIYQVDPQAATAVRGAKVSTTFVGGFFRLDLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides fragilis NCTC 9343
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272559
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	FERRICHROME
分子量 formula_weight	740.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	57.195 Å
晶胞边长 b length_b	155.972 Å
晶胞边长 c length_c	89.624 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.56 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.320 Å
最低分辨率 resolution_low	58.710 Å
R 因子 r_factor	0.2509
R_work r_work	0.2485
R_free r_free	0.2962

fit	/app/data/saxs_computation/hq/9hqk/9hqk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hq/9hqk/9hqk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hq/9hqk/9hqk.dat

Bacteroides fragilis lipoprotein XusB bound to ferrichrome

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction