9hr0

T-Muurolol Synthase from Roseiflexus castenholzii (TmS) in complex with converted 10,11-DHFPP (compound 2+)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 85.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hr0
沉积日期 deposition_date	2024-12-17
结构标题 title	T-Muurolol Synthase from Roseiflexus castenholzii (TmS) in complex with converted 10,11-DHFPP (compound 2+)
关键词 keywords	Biosynthesis, Terpenes, Type I Cyclase, Isomerization, Carbocation Chemistry, Catalysis, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.33 Å
零角强度 I(0) i0	163063000.00
分子量 molecular_weight	66842.0 kDa
排除体积 excluded_volume	64214 Å³
包络体积 envelope_volume	105270 Å³
水化壳体积 shell_volume	33757 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.2 Å
壳层 Rg shell_rg	33.57 Å
包络 Rg envelope_rg	25.52 Å
形状 Rg shape_rg	25.30 Å
总 Rg total_rg	26.00 Å
总原子数 total_atoms	5053
残基数 n_residues	611
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.9 Å
Rg (实空间) rg_real	26.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	163100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8910
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.277
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.427
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	28310000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.993

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	(+)-T-muurolol synthase ((2E,6E)-farnesyl diphosphate cyclizing)
分子量 formula_weight	35755.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.3.98
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5465

SDQDYRARLVYPFSGAISPHADIVDQATLAWAAMFGLLTDSLRHKSRRLQYGLLAARAYPRADREMLQIAADWIAWLFFMDDQCDETGIGRDLQRMIALHERFLAILDGATPEAHDCALTYALADLRRRLALRAPDNWLRRFSEHVRLYFTANRWETVNRQRGATPNVATYCAARLFSGAVYACFDLIELAEQIELPFYARHHSIVQQLEQAANNIICWCNDVLSYPKEMQHGDRHNLVLVIQGEHQCSLPEAIDRALDLHAREVATFVRKRTCVPYFDAAVNTALEKYVTGLQFWICANRDWSLTATRYA

来源 Source

来源生物 organism	Roseiflexus castenholzii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	120962
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE 2-
分子量 formula_weight	176.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	(2~{Z},6~{E})-3,7,11-trimethyldodeca-2,6-diene
分子量 formula_weight	208.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	(R,R)-2,3-BUTANEDIOL
分子量 formula_weight	90.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	382

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	132.600 Å
晶胞边长 b length_b	132.600 Å
晶胞边长 c length_c	130.240 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1493
R_work r_work	0.1467
R_free r_free	0.1964

fit	/app/data/saxs_computation/hr/9hr0/9hr0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hr/9hr0/9hr0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hr/9hr0/9hr0.dat