9hr1

Crystal structure of GH19 domain of D29-LysA (Form II)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 74.3 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hr1
沉积日期 deposition_date	2024-12-17
最后修订 last_revision	2026-04-22
结构标题 title	Crystal structure of GH19 domain of D29-LysA (Form II)
关键词 keywords	GH19, Peptidoglycan hydrolase, D29-LysA, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.67 Å
零角强度 I(0) i0	34239400.00
分子量 molecular_weight	43662.0 kDa
排除体积 excluded_volume	53990 Å³
包络体积 envelope_volume	61532 Å³
水化壳体积 shell_volume	22915 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.1 Å
壳层 Rg shell_rg	29.30 Å
包络 Rg envelope_rg	22.75 Å
形状 Rg shape_rg	22.61 Å
总 Rg total_rg	23.58 Å
总原子数 total_atoms	3076
残基数 n_residues	384
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.3 Å
Rg (实空间) rg_real	23.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4240e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34240000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9103
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.229
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.577
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5694000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.957; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.968

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Endolysin A
分子量 formula_weight	21643.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3463

GPVDAAEILARATGLAYNRAVALLPAVRDGLIQADCTNPNRIAMWLAQIGHESDDFKATAEYASGDAYDTRTDLGNTPEVDGDGRLYKGRSWIMITGKDNYRDFSRWAHGRGLVPTPDYFVVHPLELSELRWAGIGAAWYWTVERPDINALSDRRDLETVTRRINGGLTNLDDRRRRYNLALAVGDQLLTLIGD

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium phage D29
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2905674
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	ALANINE
分子量 formula_weight	89.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	355

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.606 Å
晶胞边长 b length_b	89.052 Å
晶胞边长 c length_c	113.391 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	70.040 Å
R 因子 r_factor	0.1695
R_work r_work	0.1676
R_free r_free	0.2045

fit	/app/data/saxs_computation/hr/9hr1/9hr1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hr/9hr1/9hr1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hr/9hr1/9hr1.dat