9hra

Crystal Structure of the Coxiella burnetii 2-methylisocitrate lyase Bound to Products Succinic and Pyruvic Acid

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 154.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hra
沉积日期 deposition_date	2024-12-17
最后修订 last_revision	2025-08-13
结构标题 title	Crystal Structure of the Coxiella burnetii 2-methylisocitrate lyase Bound to Products Succinic and Pyruvic Acid
关键词 keywords	PrpB, methylisocitrate lyase, carbon-carbon lyase, EC 4.1.3.30, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.23 Å
零角强度 I(0) i0	896486000.00
分子量 molecular_weight	248780.0 kDa
排除体积 excluded_volume	311890 Å³
包络体积 envelope_volume	398840 Å³
水化壳体积 shell_volume	73387 Å³
包络直径 envelope_diameter	164.9 Å
壳层 Rg shell_rg	49.66 Å
包络 Rg envelope_rg	44.71 Å
形状 Rg shape_rg	45.23 Å
总 Rg total_rg	45.42 Å
总原子数 total_atoms	17420
残基数 n_residues	2243
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	154.6 Å
Rg (实空间) rg_real	45.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.9650e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6700e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	896300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8545
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.462
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.325
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	156200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.929; Smooth: 0.780

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	2-methylisocitrate lyase
分子量 formula_weight	31526.2 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.3.30
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,F,G,I,J,L
原子数 atom_count	17963

QSMSPGKLFRQAVANEHPLQIVGAINAYCALLAENVGFKAIYLSGGGVANTLGLPDLGITDLHDVLEDARRITAATHLPLLVDIDTGFGGAFTIARAIKEMERAQVAAVHMEDQVAQKRCGHRPGKELVNTNEMVDRIKAAVDVKSNDFVLIARTDAYAVEGLKATIDRACTYVEAGADMIFAEALENINDYPTFCKAVKVPVLANMTEFGKTPLYTAAQLADHGVKMVLYPRSADRAMSKAALAVYEDIKKHGVQTASLPFMQTREALYEVLNYHAYEDKLNQLFKR

来源 Source

来源生物 organism	Coxiella burnetii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	777
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	SUCCINIC ACID
分子量 formula_weight	118.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	PYRUVIC ACID
分子量 formula_weight	88.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	23

Entity 7 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	543

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	105.199 Å
晶胞边长 b length_b	101.203 Å
晶胞边长 c length_c	115.683 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.15 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.480 Å
最低分辨率 resolution_low	52.590 Å
R 因子 r_factor	0.2109
R_work r_work	0.2084
R_free r_free	0.2570

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pddf	/app/data/pr_computation/hr/9hra/9hra.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hr/9hra/9hra.dat