9hrz

The RSL-R6 - pctx complex, H3 form

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 54.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hrz
沉积日期 deposition_date	2024-12-18
最后修订 last_revision	2025-08-20
结构标题 title	The RSL-R6 - pctx complex, H3 form
关键词 keywords	Complex, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.57 Å
零角强度 I(0) i0	5139160.00
分子量 molecular_weight	10724.0 kDa
排除体积 excluded_volume	10185 Å³
包络体积 envelope_volume	16052 Å³
水化壳体积 shell_volume	10161 Å³
包络直径 envelope_diameter	52.9 Å
壳层 Rg shell_rg	19.28 Å
包络 Rg envelope_rg	15.01 Å
形状 Rg shape_rg	14.44 Å
总 Rg total_rg	15.50 Å
总原子数 total_atoms	802
残基数 n_residues	90
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.0 Å
Rg (实空间) rg_real	15.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1390e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.9920e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5139000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8558
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.435
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.138
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	598400.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.759; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.882; Smooth: 0.962

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Fucose-binding lectin protein
分子量 formula_weight	9817.6 kDa
突变 mutation	K25R, K34R, K83R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	926

SSVQTAATSWGTVPSIRVYTANNGRITERCWDGRGWYTGAFNEPGDNVSVTSWLVGSAIHIRVYASTGTTTTEWCWDGNGWTRGAYTATN

来源 Source

来源生物 organism	Ralstonia solanacearum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	305
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	beta-D-fructopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	phosphated-cyclotrixylohydroquinoylene
分子量 formula_weight	636.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	109

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	43.569 Å
晶胞边长 b length_b	43.569 Å
晶胞边长 c length_c	122.997 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	1.490 Å
最低分辨率 resolution_low	18.650 Å
R 因子 r_factor	0.1729
R_work r_work	0.1715
R_free r_free	0.2028

fit	/app/data/saxs_computation/hr/9hrz/9hrz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hr/9hrz/9hrz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hr/9hrz/9hrz.dat

The RSL-R6 - pctx complex, H3 form

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction