9huq

Structure of WT E.coli ribosome with complexed filament nascent chain at length 47, with P-site tRNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 260.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9huq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9huq
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9huq
沉积日期 deposition_date2024-12-23
结构标题 titleStructure of WT E.coli ribosome with complexed filament nascent chain at length 47, with P-site tRNA
关键词 keywordsribosome, exit tunnel, folded nascent chain, intermediate nascent chain, stalling, dynamics; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier70.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron70.53
零角强度 I(0) i062505000000.00
分子量 molecular_weight1353600.0 kDa
排除体积 excluded_volume1373300 ų
包络体积 envelope_volume2310100 ų
水化壳体积 shell_volume251070 ų
包络直径 envelope_diameter231.3
壳层 Rg shell_rg83.12
包络 Rg envelope_rg69.95
形状 Rg shape_rg70.55
总 Rg total_rg70.58
总原子数 total_atoms90828
残基数 n_residues6223
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax260.8
Rg (实空间) rg_real72.96
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.52
I(0) (实空间) i0_real6.2510e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2590e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal70.71
I(0) (倒空间) i0_reciprocal62600000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8788
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary83.0
偏度 Skewness skewness0.545
峰度 Kurtosis kurtosis0.409
角度范围 angular_range— – 0.1100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.9480
最高正则化参数 α highest_alpha7101000000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.635; Stabil: 0.895; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.935; Smooth: 0.918

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (32)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)