SAXSdb — 9hw6

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hw6
沉积日期 deposition_date	2025-01-03
结构标题 title	Toxoplasma gondii GSK3b bound to LY2090314 and disulphide bonded through the C223 residue
关键词 keywords	GSK3b Cell signalling kinase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.66 Å
零角强度 I(0) i0	674621000.00
分子量 molecular_weight	141790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	137440 Å³
包络体积 envelope_volume	246090 Å³
水化壳体积 shell_volume	54547 Å³
包络直径 envelope_diameter	123.7 Å
壳层 Rg shell_rg	43.72 Å
包络 Rg envelope_rg	36.94 Å
形状 Rg shape_rg	37.68 Å
总 Rg total_rg	37.90 Å
总原子数 total_atoms	10736
残基数 n_residues	1312
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.6 Å
Rg (实空间) rg_real	37.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2290e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	674700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9044
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.231
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.599
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	75800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.953

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Putative cell-cycle-associated protein kinase GSK
分子量 formula_weight	42734.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.26
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	10736

MGSQRTTAVKGERQSRVHTGNPHPTLTYDIGRVLGNGSFGVVTEARCVDTGEVVAIKKVLQDPRYKNRELDIMKELKHPNVVKLIDYFYTEMGERDSNDHNRFLNVVMEHIPETVYRVMKSFLRANQQVPFILIKLYTYQMCRALGYLHALGICHRDIKPQNLLVDSRTHVLKLCDFGSAKRLVPGEQSVSYICSRFYRAPELMLGASEYTTAIDVWSIGCVLGELLLGRPLFAGETSVDQLVKIIQILGTPSRRQMSTMNPNYTEFRFPDVKPREWKSIFASHIASTETNDPSWDQALDLLTKFLRYEPGERLLPLEALAHDFFDELRLPSTRLPSGGPLPELFTFSQLELQNMSPAAQVKCIPKGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Toxoplasma gondii RH
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	383379
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Putative cell-cycle-associated protein kinase GSK
分子量 formula_weight	42654.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.26
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MGSQRTTAVKGERQSRVHTGNPHPTLTYDIGRVLGNGSFGVVTEARCVDTGEVVAIKKVLQDPRYKNRELDIMKELKHPNVVKLIDYFYTEMGERDSNDHNRFLNVVMEHIPETVYRVMKSFLRANQQVPFILIKLYTYQMCRALGYLHALGICHRDIKPQNLLVDSRTHVLKLCDFGSAKRLVPGEQSVSYICSRFYRAPELMLGASEYTTAIDVWSIGCVLGELLLGRPLFAGETSVDQLVKIIQILGTPSRRQMSTMNPNYTEFRFPDVKPREWKSIFASHIASTETNDPSWDQALDLLTKFLRYEPGERLLPLEALAHDFFDELRLPSTRLPSGGPLPELFTFSQLELQNMSPAAQVKCIPKGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Toxoplasma gondii RH
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	383379
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 non-polymer

描述 description	LY-2090314
分子量 formula_weight	512.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.910 Å
晶胞边长 b length_b	161.730 Å
晶胞边长 c length_c	83.280 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.21 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	45.480 Å
R 因子 r_factor	0.2068
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2603

fit	/app/data/saxs_computation/hw/9hw6/9hw6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hw/9hw6/9hw6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hw/9hw6/9hw6.dat

Toxoplasma gondii GSK3b bound to LY2090314 and disulphide bonded through the C223 residue

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)