9hzk

sdAb9 in complex with PfCSP aTSR domain

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 71.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hzk
沉积日期 deposition_date	2025-01-13
结构标题 title	sdAb9 in complex with PfCSP aTSR domain
关键词 keywords	malaria, circumsporozoite protein, camelid single-domain antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.22 Å
零角强度 I(0) i0	9880990.00
分子量 molecular_weight	22255.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27418 Å³
包络体积 envelope_volume	32106 Å³
水化壳体积 shell_volume	15517 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.9 Å
壳层 Rg shell_rg	23.63 Å
包络 Rg envelope_rg	18.84 Å
形状 Rg shape_rg	18.13 Å
总 Rg total_rg	19.30 Å
总原子数 total_atoms	1555
残基数 n_residues	192
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.4 Å
Rg (实空间) rg_real	19.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.8810e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3050e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9881000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8001
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.538
峰度 Kurtosis kurtosis	0.053
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2922000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.575; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.709; Smooth: 0.963

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Circumsporozoite protein
分子量 formula_weight	10343.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	1641

MEPSDKHIKEYLNKIQNSLSTEWSPCSVTCGNGIQVRIKPGSANKPKDELDYANDIEKKICKMEKCSSVFNVVNSSENLYFQSGGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum NF54
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5843
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	sdAb9
分子量 formula_weight	15875.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

QVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCAASGRTFSSYSMGWFRQVPGKEREFVARITSSGGNTDYADSAKGRFTISRDNAKNTVYLQMSTLKPEDTAVYYCAADLWQYGRNSRAADYDYWGQGTQVTVSSAAAYPYDVPDYGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	86

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.740 Å
晶胞边长 b length_b	53.740 Å
晶胞边长 c length_c	60.840 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	3

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.070 Å
最低分辨率 resolution_low	25.460 Å
R 因子 r_factor	0.1863
R_work r_work	0.1841
R_free r_free	0.2261

fit	/app/data/saxs_computation/hz/9hzk/9hzk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hz/9hzk/9hzk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hz/9hzk/9hzk.dat

sdAb9 in complex with PfCSP aTSR domain

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)