9i0f

Revisited AvNifEN crystal structure

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 160.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9i0f
沉积日期 deposition_date	2025-01-15
结构标题 title	Revisited AvNifEN crystal structure
关键词 keywords	NITROGENASE COFACTOR MATURATION, PROTEIN BINDING, Metalloenzyme, Iron-Sulfur Cluster, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.09 Å
零角强度 I(0) i0	2557090000.00
分子量 molecular_weight	414060.0 kDa
排除体积 excluded_volume	514860 Å³
包络体积 envelope_volume	677400 Å³
水化壳体积 shell_volume	110530 Å³
包络直径 envelope_diameter	168.0 Å
壳层 Rg shell_rg	56.98 Å
包络 Rg envelope_rg	47.84 Å
形状 Rg shape_rg	49.06 Å
总 Rg total_rg	49.40 Å
总原子数 total_atoms	28827
残基数 n_residues	3661
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	160.8 Å
Rg (实空间) rg_real	49.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5570e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4500e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2558000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8852
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	70.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.127
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.489
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	1151000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.890

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	Nitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein NifE
分子量 formula_weight	53046.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	29802

MHHHHHHHMKAKDIAELLDEPACSHNKKEKSGCAKPKPGATDGGCSFDGAQIALLPVADVAHIVHGPIACAGSSWDNRGTRSSGPDLYRIGMTTDLTENDVIMGRAEKRLFHAIRQAVESYSPPAVFVYNTCVPALIGDDVDAVCKAAAERFGTPVIPVDSAGFYGTKNLGNRIAGEAMLKYVIGTREPDPLPVGSERPGIRVHDVNLIGEYNIAGEFWHVLPLLDELGLRVLCTLAGDARYREVQTMHRAEVNMMVCSKAMLNVARKLQETYGTPWFEGSFYGITDTSQALRDFARLLDDPDLTARTEALIAREEAKVRAALEPWRARLEGKRVLLYTGGVKSWSVVSALQDLGMKVVATGTKKSTEEDKARIRELMGDDVKMLDEGNARVLLKTVDEYQADILIAGGRNMYTALKGRVPFLDINQEREFGYAGYDGMLELVRQLCITLECPVWEAVRRPAPWDIPASQDAAPSAPARSANA

来源 Source

来源生物 organism	Azotobacter vinelandii DJ
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	322710
宿主生物 host_organism	Azotobacter vinelandii

Entity 2 polymer

描述 description	Nitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis protein NifN
分子量 formula_weight	49302.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

MAEIINRNKALAVSPLKASQTMGAALAILGLARSMPLFHGSQGCTAFAKVFFVRHFREPVPLQTTAMDQVSSVMGADENVVEALKTICERQNPSVIGLLTTGLSETQGCDLHTALHEFRTQYEEYKDVPIVPVNTPDFSGCFESGFAAAVKAIVETLVPERRDQVGKRPRQVNVLCSANLTPGDLEYIAESIESFGLRPLLIPDLSGSLDGHLDENRFNALTTGGLSVAELATAGQSVATLVVGQSLAGAADALAERTGVPDRRFGMLYGLDAVDAWLMALAEISGNPVPDRYKRQRAQLQDAMLDTHFMLSSARTAIAADPDLLLGFDALLRSMGAHTVAAVVPARAAALVDSPLPSVRVGDLEDLEHAARAGQAQLVIGNSHALASARRLGVPLLRAGFPQYDLLGGFQRCWSGYRGSSQVLFDLANLLVEHHQGIQPYHSIYAQKPATEQPQWRH

来源 Source

来源生物 organism	Azotobacter vinelandii DJ
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	322710
宿主生物 host_organism	Azotobacter vinelandii

Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	FeFe cofactor
分子量 formula_weight	747.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	27

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	118

Entity 7 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 9 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 10 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	975

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	146.070 Å
晶胞边长 b length_b	95.220 Å
晶胞边长 c length_c	149.980 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.50 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	39.830 Å
R 因子 r_factor	0.2542
R_work r_work	0.2487
R_free r_free	0.3045

fit	/app/data/saxs_computation/i0/9i0f/9i0f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i0/9i0f/9i0f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i0/9i0f/9i0f.dat

Revisited AvNifEN crystal structure

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 water

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)