9i16

Structure of RecQL-dsDNA-ADP-AlF4 complex from Bos taurus

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 243.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9i16
沉积日期 deposition_date	2025-01-16
最后修订 last_revision	2025-10-01
结构标题 title	Structure of RecQL-dsDNA-ADP-AlF4 complex from Bos taurus
关键词 keywords	helicase DNA G-quadruplex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	90.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	93.55 Å
零角强度 I(0) i0	2435650000.00
分子量 molecular_weight	397720.0 kDa
排除体积 excluded_volume	490080 Å³
包络体积 envelope_volume	812200 Å³
水化壳体积 shell_volume	88422 Å³
包络直径 envelope_diameter	352.1 Å
壳层 Rg shell_rg	59.53 Å
包络 Rg envelope_rg	93.97 Å
形状 Rg shape_rg	93.54 Å
总 Rg total_rg	93.05 Å
总原子数 total_atoms	27673
残基数 n_residues	3285
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	243.0 Å
Rg (实空间) rg_real	82.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3190e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0170e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	80.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2371000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8564
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	57.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.441
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.823
角度范围 angular_range	— – 0.0850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.4911
最高正则化参数 α highest_alpha	41630000.0000
实空间数据点数 n_real_points	18
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.004; Oscil: 0.799; Stabil: 0.983; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.836; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent DNA helicase
分子量 formula_weight	60555.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,E,F
原子数 atom_count	27673

MSSPASWNKEDFPWSGKVKDVLQNVFKLQKFRPLQLETINVTMSGKEVFLVMPTGGGKSLCYQLPALCSDGFTLVICPLISLMEDQLMVLKQLGISATMLNASSPKEHVKWVHAEMVNKNSKLKLIYVTPEKIAKSKMFMSRLEKAYEARRFTRIAVDEVHCCSQWGHDFRPDYKALGILKRQFPNASLIGLTATATSHVLKDAQKILCVEKCFTFTASFNRPNLYYEVRQKPSNTEDFIEDIVKLINGRYKGQSGIIYCFSQKDSEQVTISLQKLGIPAGAYHANMEPEDKTKVHRRWAANEIQVVVATVAFGMGIDKPDVRFVIHHSMSKSMENYYQESGRAGRDDMKADCILYYGFGDIFRISSMVVMENVGQQKLYEMVSYCQNINKCRRVLIAQHFDEVWSPEACNKMCDNCCKEISFERKNVTAYCRDLIKILKQAEDLNEKLTPLKLIDSWMGKGASKLRVAGLAPPTLPREDLEKIIAHFLIQQYLKEDYSFTAYATISYLKVGPKANLLNNEAHVITMRVKK

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	domestic cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 polymer

描述 description	ATP-dependent DNA helicase
分子量 formula_weight	60539.2 kDa
EC 编号 ec_number	5.6.2.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

DSSPASWNKEDFPWSGKVKDVLQNVFKLQKFRPLQLETINVTMSGKEVFLVMPTGGGKSLCYQLPALCSDGFTLVICPLISLMEDQLMVLKQLGISATMLNASSPKEHVKWVHAEMVNKNSKLKLIYVTPEKIAKSKMFMSRLEKAYEARRFTRIAVDEVHCCSQWGHDFRPDYKALGILKRQFPNASLIGLTATATSHVLKDAQKILCVEKCFTFTASFNRPNLYYEVRQKPSNTEDFIEDIVKLINGRYKGQSGIIYCFSQKDSEQVTISLQKLGIPAGAYHANMEPEDKTKVHRRWAANEIQVVVATVAFGMGIDKPDVRFVIHHSMSKSMENYYQESGRAGRDDMKADCILYYGFGDIFRISSMVVMENVGQQKLYEMVSYCQNINKCRRVLIAQHFDEVWSPEACNKMCDNCCKEISFERKNVTAYCRDLIKILKQAEDLNEKLTPLKLIDSWMGKGASKLRVAGLAPPTLPREDLEKIIAHFLIQQYLKEDYSFTAYATISYLKVGPKANLLNNEAHVITMRVKK

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	domestic cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPGPAPTPCPTPCPGPAPCPGPCPTPCPTPCPCPC)-3') ;
分子量 formula_weight	6341.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G,I,K

TGGATCTCGACGCTCTCCCTT

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPGPAPGPCPGPTPCPGPAPGPAPTPCPCPC)-3') ;
分子量 formula_weight	4619.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H,J,L

AGAGCGTCGAGATCC

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 9 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	117.559 Å
晶胞边长 b length_b	112.082 Å
晶胞边长 c length_c	181.788 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.73 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	10

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.820 Å
最低分辨率 resolution_low	29.890 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2177
R_free r_free	0.2649

fit	/app/data/saxs_computation/i1/9i16/9i16.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i1/9i16/9i16.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i1/9i16/9i16.dat

Structure of RecQL-dsDNA-ADP-AlF4 complex from Bos taurus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)