9i1r

Structure of the bicylindrical allophycocyanin core expressed during far-red light photoacclimation (FaRLiP)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 240.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9i1r
沉积日期 deposition_date	2025-01-16
最后修订 last_revision	2025-07-02
结构标题 title	Structure of the bicylindrical allophycocyanin core expressed during far-red light photoacclimation (FaRLiP)
关键词 keywords	Phycobilisome, Allophycocyanin, Complex, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	68.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	68.61 Å
零角强度 I(0) i0	14194600000.00
分子量 molecular_weight	1015400.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1272100 Å³
包络体积 envelope_volume	1671100 Å³
水化壳体积 shell_volume	192220 Å³
包络直径 envelope_diameter	232.8 Å
壳层 Rg shell_rg	75.36 Å
包络 Rg envelope_rg	67.74 Å
形状 Rg shape_rg	68.60 Å
总 Rg total_rg	68.73 Å
总原子数 total_atoms	71342
残基数 n_residues	8816
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	240.2 Å
Rg (实空间) rg_real	68.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.16 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4190e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0700e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	68.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14200000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8607
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	73.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.315
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.488
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2871000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.788; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.821

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Phycocyanin
分子量 formula_weight	18117.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,G,M,O,Q,T,V,X,a,e,g,m,o,q,t,v,x
原子数 atom_count	71362

MSIVTELILNADSESRYPAPKEIQVYQNFVKTGEQRIRIAKILAENEQRIVQNGSARFWERVPNTPSNSGNERKTASCQRDQGWYIRLIAYSVLAGSEKPLEEIGTIGIKEMYNNLEIPLRNIVECMRCLKEEALSLMSEEDALEVSAYFDYVMRSLS

来源 Source

来源生物 organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	251229
宿主生物 host_organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203

Entity 2 polymer

描述 description	Allophycocyanin beta subunit apoprotein
分子量 formula_weight	17495.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	22

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,L,N,P,R,U,W,Y,b,d,f,h,l,n,p,r,u,w,y

MQDAITALINSSDVQGRYLDPSSLDKLQNYFQSGDMRAKTAIAVSANAKNIVTKTVAKSLLYTDITAPGGNMYTCRRYAACVRDLDYFLRYATYAMLAGDTSILDERILNGLRETYNSLGVPIGATIRSVQAMKEVVTSLVGADAGREMGVYFDHIAAGLS

来源 Source

来源生物 organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	251229
宿主生物 host_organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203

Entity 3 polymer

描述 description	Phycocyanin
分子量 formula_weight	19978.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,c

MSIVKQMILNADEEVRYLTPGEIHALQNFYRSGTERIRLAKVLAQNEKKIVERATQKFWKICPRTPSNSGNARKTEAAMRDIGWYIRLVSYCLLAGNEKPLEEIGLIGMKELYNSVGIPLENVRQYMLCVKAEVSAMLTPEDAAEVIPYFDLILQVISSPGAPYFQNNGRTDWQR

来源 Source

来源生物 organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	251229
宿主生物 host_organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203

Entity 4 polymer

描述 description	Phycocyanin
分子量 formula_weight	18261.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,i

MSIITKAIASADREARYLSPGELRTIRDFYNGGENRLRIATTLIENRKEIVERGSLKFWECCPDTPSNSGNRTYRASCLRDQDWYIRLIAYTVIVGDVEPLKDIGIVGVKEMYESLEIPLRNWVECIRCLKEVTLDLLSREDAAEVTPYFDCLIQGMIP

来源 Source

来源生物 organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	251229
宿主生物 host_organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203

Entity 5 polymer

描述 description	Allophycocyanin beta-18 subunit apoprotein
分子量 formula_weight	18777.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,j

MQDKLTSVAKNCDLTGSSLNREVVETLKEFLADGEKRVQVAGVIGSNAAEIVKTAVSLLFQEYPELVSPGGNAYTTRRYNMYVRDMNYFLRYCSYAIVAGDASVLDERLLAGLRDTFNSLGIPLGPTARSIQLMKNIVKEKLVTAGMTNITFVDEPFDYVVREISETEI

来源 Source

来源生物 organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	251229
宿主生物 host_organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203

Entity 6 polymer

描述 description	Phycobiliprotein ApcE
分子量 formula_weight	88103.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,k

MSVKASGGSPVTQPQRYHTVPVAVISHAVQQDRCLKNTELQELADFFSSGVKLLEIANTLTQHADEIVLAGANRIFVGGSPMAYLEKPKEKIGLPGSGYYVGEDFLTAARRKAGAVMVKEALKIQEVAYYSNPLSGWLQRFRDLFNNQDPLPGGFRFINVSRYGAVRMKRSMRDLAWFLRYITYAIVAGDGSILSANVRGLRGVIPEDVTEATIVALRAMRRQSLDYFLEDAEATQLVKGYFDLLIAEYLTDKPSNQVRIGVSNDQQGLQLPQSYSMSAEVRPKFVFKQAATLTQKQEAIAAIYRHVFERDVTDTYGFTQKAELESQLIGGNISVKEFVRRLGKSRLYRRLFYEPFTISRAIELAARHFLGRGLSSREEFQTYFDVMTKGGLPALVDAFVDSAEYSDYFGEETVPYLRGLGQEAQECRNWGPQLDLFKYSAPVRKVPQFITLFGSYQKPLPEQHPYGCGNDPLEIQFGAIFPQETRNPHPQPAFFNKDTRRILIGSGAGSPDKLNGNALGKVPGSLGTRVLKLEPLHHANGKSNGVTQAGHQSPSVNLLHHSSPAFIEGAYRQVFGRSLYEGQRQPLSSTESKLLGGEISVREFVRQLAKSKVFRSLYWDSLYVTKAIEYIHRRLMGRPTYGRQEMNRYYDICATRGFYALIDAIIDSPEYLECFGENTVPYERYVTARGYLMRSPRHENQLRREQAAETVPDKYNPRKANWAALTEFVEQPILNQITSDGRSNRATEMRHAEIVGDRSNSPEESLEESYEYSQANDSER

来源 Source

来源生物 organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	251229
宿主生物 host_organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203

Entity 7 polymer

描述 description	Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
分子量 formula_weight	7848.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,s

MRMFKVTACVPSQTRIRTQRELQNTYFTKLVPYDNWFREQQRIMKMGGKIVKVQLATGKPGMNTGLL

来源 Source

来源生物 organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	251229
宿主生物 host_organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203

Entity 8 non-polymer

描述 description	PHYCOCYANOBILIN
分子量 formula_weight	588.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	48

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.510 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.51 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	36300

fit	/app/data/saxs_computation/i1/9i1r/9i1r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i1/9i1r/9i1r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i1/9i1r/9i1r.dat

Structure of the bicylindrical allophycocyanin core expressed during far-red light photoacclimation (FaRLiP)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)