9i24

Coagulation factor Xa complex with a2-loop peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 65.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9i24
沉积日期 deposition_date	2025-01-17
结构标题 title	Coagulation factor Xa complex with a2-loop peptide
关键词 keywords	protease, enzyme, complex, BLOOD CLOTTING; BLOOD CLOTTING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.48 Å
零角强度 I(0) i0	35865500.00
分子量 molecular_weight	30459.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29146 Å³
包络体积 envelope_volume	45821 Å³
水化壳体积 shell_volume	20387 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.2 Å
壳层 Rg shell_rg	25.20 Å
包络 Rg envelope_rg	18.92 Å
形状 Rg shape_rg	18.44 Å
总 Rg total_rg	19.20 Å
总原子数 total_atoms	2282
残基数 n_residues	289
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.6 Å
Rg (实空间) rg_real	19.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	35870000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8723
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.191
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.364
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10880000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.783; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.990

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Activated factor Xa heavy chain
分子量 formula_weight	28538.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	2754

IVGGQECKDGECPWQALLINEENEGFCGGTILSEFYILTAAHCLYQAKRFKVRVGDRNTEQEEGGEAVHEVEVVIKHNRFTKETYDFDIAVLRLKTPITFRMNVAPACLPERDWAESTLMTQKTGIVSGFGRTHEKGRQSTRLKMLEVPYVDRNSCKLSSSFIITQNMFCAGYDTKQEDACQGDSGGPHVTRFKDTYFVTGIVSWGEGCARKGKYGIYTKVTAFLKWIDRSMKTKTRGLPKAKSHAPEVITSSP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Factor X light chain
分子量 formula_weight	6034.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MRKLCSLDNGDCDQFCHEEQNSVVCSCARGYTLADNGKACIPTGPYPCGKQTLER

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Coagulation factor V heavy chain
分子量 formula_weight	1866.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

CIPDDDEDSYEIFEP

Entity 4 polymer

描述 description	GLU-GLY-ARG-chloromethyl ketone inhibitor (EGRCK)
分子量 formula_weight	361.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

EGR

Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide
分子量 formula_weight	395.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	295

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.473 Å
晶胞边长 b length_b	72.419 Å
晶胞边长 c length_c	82.335 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.200 Å
最低分辨率 resolution_low	54.378 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1413
R_free r_free	0.1718

fit	/app/data/saxs_computation/i2/9i24/9i24.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i2/9i24/9i24.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i2/9i24/9i24.dat

Coagulation factor Xa complex with a2-loop peptide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)