9i4i

High resolution Cryo-EM structure of human complex I in mitochondria

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 218.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9i4i
沉积日期 deposition_date	2025-01-24
结构标题 title	High resolution Cryo-EM structure of human complex I in mitochondria
关键词 keywords	Human mitochondria, respirasome complex, complex I, NADH dehydrogenase, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	81.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	81.44 Å
零角强度 I(0) i0	11707800000.00
分子量 molecular_weight	963700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1223200 Å³
包络体积 envelope_volume	1786800 Å³
水化壳体积 shell_volume	185500 Å³
包络直径 envelope_diameter	297.1 Å
壳层 Rg shell_rg	75.88 Å
包络 Rg envelope_rg	80.78 Å
形状 Rg shape_rg	81.46 Å
总 Rg total_rg	81.30 Å
总原子数 total_atoms	136372
残基数 n_residues	8242
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	218.6 Å
Rg (实空间) rg_real	78.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1370e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0600e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	79.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11640000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8862
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	80.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.326
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.714
角度范围 angular_range	— – 0.0950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.1067
最高正则化参数 α highest_alpha	686000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	20
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 0.980; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (56)

Entity 1 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
分子量 formula_weight	52626.6 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q
原子数 atom_count	136393

MAALRALCGFRGVAAQVLRPGAGVRLPIQPSRGVRQWQPDVEWAQQFGGAVMYPSKETAHWKPPPWNDVDPPKDTIVKNITLNFGPQHPAAHGVLRLVMELSGEMVRKCDPHIGLLHRGTEKLIEYKTYLQALPYFDRLDYVSMMCNEQAYSLAVEKLLNIRPPPRAQWIRVLFGEITRLLNHIMAVTTHALDLGAMTPFFWLFEEREKMFEFYERVSGARMHAAYIRPGGVHQDLPLGLMDDIYQFSKNFSLRLDELEELLTNNRIWRNRTIDIGVVTAEEALNYGFSGVMLRGSGIQWDLRKTQPYDVYDQVEFDVPVGSRGDCYDRYLCRVEEMRQSLRIIAQCLNKMPPGEIKVDDAKVSPPKRAEMKTSMESLIHHFKLYTEGYQVPPGATYTAIEAPKGEFGVYLVSDGSSRPYRCKIKAPGFAHLAGLDKMSKGHMLADVVAIIGTQDIVFGEVDR

Entity 2 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
分子量 formula_weight	8084.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MWFEILPGLSVMGVCLLIPGLATAYIHRFTNGGKEKRVAHFGYHWSLMERDRRISGVDRYYVSKGLENID

Entity 3 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
分子量 formula_weight	9287.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MAARVGAFLKNAWDKEPVLVVSFVVGGLAVILPPLSPYFKYSVMINKATPYNYPVPVRDDGNMPDVPSHPQDPQGPSLEWLKKL

Entity 4 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
分子量 formula_weight	14868.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

MAPKVFRQYWDIPDGTDCHRKAYSTTSIASVAGLTAAAYRVTLNPPGTFLEGVAKVGQYTFTAAAVGAVFGLTTCISAHVREKPDDPLNYFLGGCAGGLTLGARTHNYGIGAAACVYFGIAASLVKMGRLEGWEVFAKPKV

Entity 5 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
分子量 formula_weight	16721.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

MAASKVKQDMPPPGGYGPIDYKRNLPRRGLSGYSMLAIGIGTLIYGHWSIMKWNRERRRLQIEDFEARIALLPLLQAETDRRTLQMLRENLEEEAIIMKDVPDWKVGESVFHTTRWVPPLIGELYGLRTTEEALHASHGFMWYT

Entity 6 polymer

描述 description	Acyl carrier protein, mitochondrial
分子量 formula_weight	17434.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,H

MASRVLSAYVSRLPAAFAPLPRVRMLAVARPLSTALCSAGTQTRLGTLQPALVLAQVPGRVTQLCRQYSDMPPLTLEGIQDRVLYVLKLYDKIDPEKLSVNSHFMKDLGLDSLDQVEIIMAMEDEFGFEIPDIDAEKLMCPQEIVDYIADKKDVYE

Entity 7 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial
分子量 formula_weight	12072.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MSALTRLASFARVGGRLFRSGCARTAGDGGVRHAGGGVHIEPRYRQFPQLTRSQVFQSEFFSGLMWFWILWRFWHDSEEVLGHFPYPDPSQWTDEELGIPPDDED

Entity 8 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
分子量 formula_weight	11425.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MAHEHGHEHGHHKMELPDYRQWKIEGTPLETIQKKLAAKGLRDPWGRNEAWRYMGGFAKSVSFSDVFFKGFKWGFAAFVVAVGAEYYLESLNKDKKHH

Entity 9 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
分子量 formula_weight	21784.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MAAMSLLRRVSVTAVAALSGRPLGTRLGFGGFLTRGFPKAAAPVRHSGDHGKRLFVIRPSRFYDRRFLKLLRFYIALTGIPVAIFITLVNVFIGQAELAEIPEGYVPEHWEYYKHPISRWIARNFYDSPEKIYERTMAVLQIEAEKAELRVKELEVRKLMHVRGDGPWYYYETIDKELIDHSPKATPDN

Entity 10 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
分子量 formula_weight	15517.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

MTGYTPDEKLRLQQLRELRRRWLKDQELSPREPVLPPQKMGPMEKFWNKFLENKSPWRKMVHGVYKKSIFVFTHVLVPVWIIHYYMKYHVSEKPYGIVEKKSRIFPGDTILETGEVIPPMKEFPDQHH

Entity 11 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
分子量 formula_weight	21791.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

MAVARAGVLGVQWLQRASRNVMPLGARTASHMTKDMFPGPYPRTPEERAAAAKKYNMRVEDYEPYPDDGMGYGDYPKLPDRSQHERDPWYSWDQPGLRLNWGEPMHWHLDMYNRNRVDTSPTPVSWHVMCMQLFGFLAFMIFMCWVGDVYPVYQPVGPKQYPYNNLYLERGGDPSKEPERVVHYEI

Entity 12 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
分子量 formula_weight	20808.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

MPDSWDKDVYPEPPRRTPVQPNPIVYMMKAFDLIVDRPVTLVREFIERQHAKNRYYYYHRQYRRVPDITECKEEDIMCMYEAEMQWKRDYKVDQEIINIMQDRLKACQQREGQNYQQNCIKEVEQFTQVAKAYQDRYQDLGAYSSARKCLAKQRQRMLQERKAAKEAAAATS

Entity 13 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
分子量 formula_weight	17336.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e

MAAGLFGLSARRLLAAAATRGLPAARVRWESSFSRTVVAPSAVAGKRPPEPTTPWQEDPEPEDENLYEKNPDSHGYDKDPVLDVWNMRLVFFFGVSIILVLGSTFVAYLPDYRMKEWSRREAERLVKYREANGLPIMESNCFDPSKIQLPEDE

Entity 14 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
分子量 formula_weight	8747.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f

MAPSALLRPLSRLLAPARLPSGPSVRSKFYVREPPNAKPDWLKVGFTLGTTVFLWIYLIKQHNEDILEYKRRNGLE

Entity 15 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
分子量 formula_weight	14209.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g

MIARRNPEPLRFLPDEARSLPPPKLTDPRLLYIGFLGYCSGLIDNLIRRRPIATAGLHRQLLYITAFFFAGYYLVKREDYLYAVRDREMFGYMKLHPEDFPEEDKKTYGEIFEKFHPIR

Entity 16 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
分子量 formula_weight	12542.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	h

MPFLDIQKRFGLNIDRWLTIQSGEQPYKMAGRCHAFEKEWIECAHGIGYTRAEKECKIEYDDFVECLLRQKTMRRAGTIRKQRDKLIKEGKYTPPPHHIGKGEPRP

Entity 17 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
分子量 formula_weight	38980.6 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	i

MNPLAQPVIYSTIFAGTLITALSSHWFFTWVGLEMNMLAFIPVLTKKMNPRSTEAAIKYFLTQATASMILLMAILFNNMLSGQWTMTNTTNQYSSLMIMMAMAMKLGMAPFHFWVPEVTQGTPLTSGLLLLTWQKLAPISIMYQISPSLNVSLLLTLSILSIMAGSWGGLNQTQLRKILAYSSITHMGWMMAVLPYNPNMTILNLTIYIILTTTAFLLLNLNSSTTTLLLSRTWNKLTWLTPLIPSTLLSLGGLPPLTGFLPKWAIIEEFTKNNSLIIPTIMATITLLNLYFYLRLIYSTSITLLPMSNNVKMKWQFEHTKPTPFLPTLIALTTLLLPISPFMLMIL

Entity 18 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
分子量 formula_weight	13190.0 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	j

MNFALILMINTLLALLLMIITFWLPQLNGYMEKSTPYECGFDPMSPARVPFSMKFFLVAITFLLFDLEIALLLPLPWALQTTNLPLMVMSSLLLIIILALSLAYEWLQKGLDWTE

Entity 19 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
分子量 formula_weight	10745.1 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	k

MPLIYMNIMLAFTISLLGMLVYRSHLMSSLLCLEGMMLSLFIMATLMTLNTHSLLANIVPIAMLVFAACEAAVGLALLVSISNTYGLDYVHNLNLLQC

Entity 20 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
分子量 formula_weight	67068.9 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	l

MTMHTTMTTLTLTSLIPPILTTLVNPNKKNSYPHYVKSIVASTFIISLFPTTMFMCLDQEVIISNWHWATTQTTQLSLSFKLDYFSMMFIPVALFVTWSIMEFSLWYMNSDPNINQFFKYLLIFLITMLILVTANNLFQLFIGWEGVGIMSFLLISWWYARADANTAAIQAILYNRIGDIGFILALAWFILHSNSWDPQQMALLNANPSLTPLLGLLLAAAGKSAQLGLHPWLPSAMEGPTPVSALLHSSTMVVAGIFLLIRFHPLAENSPLIQTLTLCLGAITTLFAAVCALTQNDIKKIVAFSTSSQLGLMMVTIGINQPHLAFLHICTHAFFKAMLFMCSGSIIHNLNNEQDIRKMGGLLKTMPLTSTSLTIGSLALAGMPFLTGFYSKDHIIETANMSYTNAWALSITLIATSLTSAYSTRMILLTLTGQPRFPTLTNINENNPTLLNPIKRLAAGSLFAGFLITNNISPASPFQTTIPLYLKLTALAVTFLGLLTALDLNYLTNKLKMKSPLCTFYFSNMLGFYPSITHRTIPYLGLLTSQNLPLLLLDLTWLEKLLPKTISQHQISTSIITSTQKGMIKLYFLSFFFPLILTLLLIT

Entity 21 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
分子量 formula_weight	18627.0 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m

MMYALFLLSVGLVMGFVGFSSKPSPIYGGLVLIVSGVVGCVIILNFGGGYMGLMVFLIYLGGMMVVFGYTTAMAIEEYPEAWGSGVEVLVSVLVGLAMEVGLVLWVKEYDGVVVVVNFNSVGSWMIYEGEGSGLIREDPIGAGALYDYGRWLVVVTGWTLFVGVYIVIEIARGN

Entity 22 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
分子量 formula_weight	6972.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	n

MVNLLQIVRDHWVHVLVPMGFVIGCYLDRKSDERLTAFRNKSMLFKRELQPSEEVTWK

Entity 23 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
分子量 formula_weight	15231.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	o

MSFPKYKPSSLRTLPETLDPAEYNISPETRRAQAERLAIRAQLKREYLLQYNDPNRRGLIENPALLRWAYARTINVYPNFRPTPKNSLMGALCGFGPLIFIYYIIKTERDRKEKLIQEGKLDRTFHLSY

Entity 24 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
分子量 formula_weight	21867.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	p

MAFLASGPYLTHQQKVLRLYKRALRHLESWCVQRDKYRYFACLMRARFEEHKNEKDMAKATQLLKEAEEEFWYRQHPQPYIFPDSPGGTSYERYDCYKVPEWCLDDWHPSEKAMYPDYFAKREQWKKLRRESWEREVKQLQEETPPGGPLTEALPPARKEGDLPPLWWYIVTRPRERPM

Entity 25 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
分子量 formula_weight	51613.5 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	r

MLKLIVPTIMLLPLTWLSKKHMIWINTTTHSLIISIIPLLFFNQINNNLFSCSPTFSSDPLTTPLLMLTTWLLPLTIMASQRHLSSEPLSRKKLYLSMLISLQISLIMTFTATELIMFYIFFETTLIPTLAIITRWGNQPERLNAGTYFLFYTLVGSLPLLIALIYTHNTLGSLNILLLTLTAQELSNSWANNLMWLAYTMAFMVKMPLYGLHLWLPKAHVEAPIAGSMVLAAVLLKLGGYGMMRLTLILNPLTKHMAYPFLVLSLWGMIMTSSICLRQTDLKSLIAYSSISHMALVVTAILIQTPWSFTGAVILMIAHGLTSSLLFCLANSNYERTHSRIMILSQGLQTLLPLMAFWWLLASLANLALPPTINLLGELSVLVTTFSWSNITLLLTGLNMLVTALYSLYMFTTTQWGSLTHHINNMKPSFTRENTLMFMHLSPILLLSLNPDIITGFSS

Entity 26 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
分子量 formula_weight	35676.3 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	s

MPMANLLLLIVPILIAMAFLMLTERKILGYMQLRKGPNVVGPYGLLQPFADAMKLFTKEPLKPATSTITLYITAPTLALTIALLLWTPLPMPNPLVNLNLGLLFILATSSLAVYSILWSGWASNSNYALIGALRAVAQTISYEVTLAIILLSTLLMSGSFNLSTLITTQEHLWLLLPSWPLAMMWFISTLAETNRTPFDLAEGESELVSGFNIEYAAGPFALFFMAEYTNIIMMNTLTTTIFLGTTYDALSPELYTTYFVTKTLLLTSLFLWIRTAYPRFRYDQLMHLLWKNFLPLTLALLMWYVSMPITISSIPPQT

Entity 27 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
分子量 formula_weight	20139.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	u

MPGIVELPTLEELKVDEVKISSAVLKAAAHHYGAQCDKPNKEFMLCRWEEKDPRRCLEEGKLVNKCALDFFRQIKRHCAEPFTEYWTCIDYTGQQLFRHCRKQQAKFDECVLDKLGWVRPDLGELSKVTKVKTDRPLPENPYHSRPRPDPSPEIEGDLQPATHGSRFYFWTK

Entity 28 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
分子量 formula_weight	16435.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	v

MGAHLVRRYLGDASVEPDPLQMPTFPPDYGFPERKEREMVATQQEMMDAQLRLQLRDYCAHHLIRLLKCKRDSFPNFLACKQERHDWDYCEHRDYVMRMKEFERERRLLQRKKRREKKAAELAKGQGPGEVDPKVAL

Entity 29 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
分子量 formula_weight	40810.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	w

MALRLLKLAATSASARVVAAGAQRVRGIHSSVQCKLRYGMWHFLLGDKASKRLTERSRVITVDGNICTGKGKLAKEIAEKLGFKHFPEAGIHYPDSTTGDGKPLATDYNGNCSLEKFYDDPRSNDGNSYRLQSWLYSSRLLQYSDALEHLLTTGQGVVLERSIFSDFVFLEAMYNQGFIRKQCVDHYNEVKSVTICDYLPPHLVIYIDVPVPEVQRRIQKKGDPHEMKITSAYLQDIENAYKKTFLPEMSEKCEVLQYSAREAQDSKKVVEDIEYLKFDKGPWLKQDNRTLYHLRLLVQDKFEVLNYTSIPIFLPEVTIGAHQTDRVLHQFRELPGRKYSPGYNTEVGDKWIWLK

Entity 30 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
分子量 formula_weight	50886.0 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MLATRRLLGWSLPARVSVRFSGDTTAPKKTSFGSLKDEDRIFTNLYGRHDWRLKGSLSRGDWYKTKEILLKGPDWILGEIKTSGLRGRGGAGFPTGLKWSFMNKPSDGRPKYLVVNADEGEPGTCKDREILRHDPHKLLEGCLVGGRAMGARAAYIYIRGEFYNEASNLQVAIREAYEAGLIGKNACGSGYDFDVFVVRGAGAYICGEETALIESIEGKQGKPRLKPPFPADVGVFGCPTTVANVETVAVSPTICRRGGTWFAGFGRERNSGTKLFNISGHVNHPCTVEEEMSVPLKELIEKHAGGVTGGWDNLLAVIPGGSSTPLIPKSVCETVLMDFDALVQAQTGLGTAAVIVMDRSTDIVKAIARLIEFYKHESCGQCTPCREGVDWMNKVMARFVRGDARPAEIDSLWEISKQIEGHTICALGDGAAWPVQGLIRHFRPELEERMQRFAQQHQARQAAS

Entity 31 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
分子量 formula_weight	23734.1 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MRCLTTPMLLRALAQAARAGPPGGRSLHSSAVAATYKYVNMQDPEMDMKSVTDRAARTLLWTELFRGLGMTLSYLFREPATINYPFEKGPLSPRFRGEHALRRYPSGEERCIACKLCEAICPAQAITIEAEPRADGSRRTTRYDIDMTKCIYCGFCQEACPVDAIVEGPNFEFSTETHEELLYNKEKLLNNGDKWEAEIAANIQADYLYR

Entity 32 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
分子量 formula_weight	23675.5 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MAVLSAPGLRGFRILGLRSSVGPAVQARGVHQSVATDGPSSTQPALPKARAVAPKPSSRGEYVVAKLDDLVNWARRSSLWPMTFGLACCAVEMMHMAAPRYDMDRFGVVFRASPRQSDVMIVAGTLTNKMAPALRKVYDQMPEPRYVVSMGSCANGGGYYHYSYSVVRGCDRIVPVDIYIPGCPPTAEALLYGILQLQRKIKRERRLQIWYRR

Entity 33 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
分子量 formula_weight	15165.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MAGSGVRQATSTASTFVKPIFSRDMNEAKRRVRELYRAWYREVPNTVHQFQLDITVKMGRDKVREMFMKNAHVTDPRVVDLLVIKGKIELEETIKVWKQRTHVMRFFHETEAPRPKDFLSKFYVGHDP

Entity 34 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
分子量 formula_weight	10937.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MAAAAASRGVGAKLGLREIRIHLCQRSPGSQGVRDFIEKRYVELKKANPDLPILIRECSDVQPKLWARYAFGQETNVPLNNFSADQVTRALENVLSGKA

Entity 35 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
分子量 formula_weight	13477.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MAGVLKKTTGLVGLAVCNTPHERLRILYTKILDVLEEIPKNAAYRKYTEQITNEKLAMVKAEPDVKKLEDQLQGGQLEEVILQAEHELNLARKMREWKLWEPLVEEPPADQWKWPI

Entity 36 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
分子量 formula_weight	42575.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MAAAAQSRVVRVLSMSRSAITAIATSVCHGPPCRQLHHALMPHGKGGRSSVSGIVATVFGATGFLGRYVVNHLGRMGSQVIIPYRCDKYDIMHLRPMGDLGQLLFLEWDARDKDSIRRVVQHSNVVINLIGRDWETKNFDFEDVFVKIPQAIAQLSKEAGVEKFIHVSHLNANIKSSSRYLRNKAVGEKVVRDAFPEAIIVKPSDIFGREDRFLNSFASMHRFGPIPLGSLGWKTVKQPVYVVDVSKGIVNAVKDPDANGKSFAFVGPSRYLLFHLVKYIFAVAHRLFLPFPLPLFAYRWVARVFEISPFEPWITRDKVERMHITDMKLPHLPGLEDLGIQATPLELKAIEVLRRHRTYRWLSAEIEDVKPAKTVNI

Entity 37 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial
分子量 formula_weight	11958.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MAAPCLLRQGRAGALKTMLQEAQVFRGLASTVSLSAESGKSEKGQPQNSKKQSPPKKPAPVPAEPFDNTTYKNLQHHDYSTYTFLDLNLELSKFRMPQPSSGRESPRH

Entity 38 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
分子量 formula_weight	20139.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MAAVSMSVVLRQTLWRRRAVAVAALSVSRVPTRSLRTSTWRLAQDQTQDTQLITVDEKLDITTLTGVPEEHIKTRKVRIFVPARNNMQSGVNNTKKWKMEFDTRERWENPLMGWASTADPLSNMVLTFSTKEDAVSFAEKNGWSYDIEERKVPKPKSKSYGANFSWNKRTRVSTK

Entity 39 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
分子量 formula_weight	79557.4 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MLRIPVRKALVGLSKSPKGCVRTTATAASNLIEVFVDGQSVMVEPGTTVLQACEKVGMQIPRFCYHERLSVAGNCRMCLVEIEKAPKVVAACAMPVMKGWNILTNSEKSKKAREGVMEFLLANHPLDCPICDQGGECDLQDQSMMFGNDRSRFLEGKRAVEDKNIGPLVKTIMTRCIQCTRCIRFASEIAGVDDLGTTGRGNDMQVGTYIEKMFMSELSGNIIDICPVGALTSKPYAFTARPWETRKTESIDVMDAVGSNIVVSTRTGEVMRILPRMHEDINEEWISDKTRFAYDGLKRQRLTEPMVRNEKGLLTYTSWEDALSRVAGMLQSFQGKDVAAIAGGLVDAEALVALKDLLNRVDSDTLCTEEVFPTAGAGTDLRSNYLLNTTIAGVEEADVVLLVGTNPRFEAPLFNARIRKSWLHNDLKVALIGSPVDLTYTYDHLGDSPKILQDIASGSHPFSQVLKEAKKPMVVLGSSALQRNDGAAILAAVSSIAQKIRMTSGVTGDWKVMNILHRIASQVAALDLGYKPGVEAIRKNPPKVLFLLGADGGCITRQDLPKDCFIIYQGHHGDVGAPIADVILPGAAYTEKSATYVNTEGRAQQTKVAVTPPGLAREDWKIIRALSEIAGMTLPYDTLDQVRNRLEEVSPNLVRYDDIEGANYFQQANELSKLVNQQLLADPLVPPQLTIKDFYMTDSISRASQTMAKCVKAVTEGAQAVEEPSIC

Entity 40 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
分子量 formula_weight	17140.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MELVQVLKRGLQQITGHGGLRGYLRVFFRTNDAKVGTLVGEDKYGNKYYEDNKQFFGRHRWVVYTTEMNGKNTFWDVDGSMVPPEWHRWLHSMTDDPPTTKPLTARKFIWTNHKFNVTGTPEQYVPYSTTRKKIQEWIPPSTPYK

Entity 41 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
分子量 formula_weight	27425.6 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MFFSAALRARAAGLTAHWGRHVRNLHKTVMQNGAGGALFVHRDTPENNPDTPFDFTPENYKRIEAIVKNYPEGHKAAAVLPVLDLAQRQNGWLPISAMNKVAEVLQVPPMRVYEVATFYTMYNRKPVGKYHIQVCTTTPCMLRNSDSILEAIQKKLGIKVGETTPDKLFTLIEVECLGACVNAPMVQINDNYYEDLTAKDIEEIIDELKAGKIPKPGPRSGRFSCEPAGGLTSLTEPPKGPGFGVQAGL

Entity 42 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
分子量 formula_weight	30281.5 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MAAAAVARLWWRGILGASALTRGTGRPSVLLLPVRRESAGADTRPTVRPRNDVAHKQLSAFGEYVAEILPKYVQQVQVSCFNELEVCIHPDGVIPVLTFLRDHTNAQFKSLVDLTAVDVPTRQNRFEIVYNLLSLRFNSRIRVKTYTDELTPIESAVSVFKAANWYEREIWDMFGVFFANHPDLRRILTDYGFEGHPFRKDFPLSGYVELRYDDEVKRVVAEPVELAQEFRKFDLNSPWEAFPVYRQPPESLKLEAGDKKPDAK

Entity 43 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
分子量 formula_weight	13733.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MAAAMTFCRLLNRCGEAARSLPLGARCFGVRVSPTGEKVTHTGQVYDDKDYRRIRFVGRQKEVNENFAIDLIAEQPVSEVETRVIACDGGGGALGHPKVYINLDKETKTGTCGYCGLQFRQHHH

Entity 44 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
分子量 formula_weight	12571.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	t

MASATRLIQRLRNWASGHDLQGKLQLRYQEISKRTQPPPKLPVGPSHKLSNNYYCTRDGRRESVPPSIIMSSQKALVSGKPAESSAVAATEKKAVTPAPPIKRWELSSDQPYL

Entity 45 non-polymer

描述 description	1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
分子量 formula_weight	744.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 46 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 47 non-polymer

描述 description	S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate
分子量 formula_weight	540.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 48 non-polymer

描述 description	;(9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL ;
分子量 formula_weight	767.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 49 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 50 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 51 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 52 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 53 non-polymer

描述 description	NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	745.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 54 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 55 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 56 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.63 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	168805

fit	/app/data/saxs_computation/i4/9i4i/9i4i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i4/9i4i/9i4i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i4/9i4i/9i4i.dat

High resolution Cryo-EM structure of human complex I in mitochondria

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (56)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 polymer

聚合体 Polymer

Entity 19 polymer

聚合体 Polymer

Entity 20 polymer

聚合体 Polymer

Entity 21 polymer

聚合体 Polymer

Entity 22 polymer

聚合体 Polymer

Entity 23 polymer

聚合体 Polymer

Entity 24 polymer

聚合体 Polymer

Entity 25 polymer

聚合体 Polymer

Entity 26 polymer

聚合体 Polymer

Entity 27 polymer

聚合体 Polymer

Entity 28 polymer

聚合体 Polymer

Entity 29 polymer

聚合体 Polymer

Entity 30 polymer

聚合体 Polymer

Entity 31 polymer

聚合体 Polymer

Entity 32 polymer

聚合体 Polymer

Entity 33 polymer

聚合体 Polymer

Entity 34 polymer

聚合体 Polymer

Entity 35 polymer