9i4x

Toxoplasma gondii cytochrome bc1 complex from the respiratory supercomplex III2-IV inhibited by atovaquone and ELQ-300

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 180.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9i4x
沉积日期 deposition_date	2025-01-27
结构标题 title	Toxoplasma gondii cytochrome bc1 complex from the respiratory supercomplex III2-IV inhibited by atovaquone and ELQ-300
关键词 keywords	mitochondria, electron transport chain, complex III, Toxoplasma gondii, atovaquone, ELQ-300, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.90 Å
零角强度 I(0) i0	4547640000.00
分子量 molecular_weight	606580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	773110 Å³
包络体积 envelope_volume	1080700 Å³
水化壳体积 shell_volume	152670 Å³
包络直径 envelope_diameter	176.9 Å
壳层 Rg shell_rg	64.91 Å
包络 Rg envelope_rg	54.42 Å
形状 Rg shape_rg	54.78 Å
总 Rg total_rg	55.62 Å
总原子数 total_atoms	85452
残基数 n_residues	5062
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	180.9 Å
Rg (实空间) rg_real	56.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5480e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.2870e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4551000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6453
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	71.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.152
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.466
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	597700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.003; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.807

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (21)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome b
分子量 formula_weight	41683.5 kDa
突变 mutation	S9F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,a
原子数 atom_count	85458

MVSRTLSLFMSLFRAHLVFYRCALNLNSSYNFGFLVAMTFVLQIITGITLAFRYTSEASCAFASVQHLVREVAAGWEFRMLHATTASFVFLCILIHMTRGLYNWSYSYLTTAWMSGLVLYLLTIATAFLGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSPIPYLVPWLLGGYYVSDVTLKRFFVLHFILPFIGCIIIVLHIFYLHLNGSSNPAGIDTALKVAFYPHMLMTDAKCLSYLIGLIFLQAAFGLMELSHPDNSIPVNRFVTPLHIVPEWYFLAYYAVLKVIPSKTGGLLVFMSSLINLGLLSEIRALNTRMLIRQQFMTRNVVSGWVIIWVYSMIFLIIIGSAIPQATYILYGRLATILYLTTGLVLCLY

来源 Source

来源生物 organism	Toxoplasma gondii GT1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	507601
宿主生物 host_organism	Toxoplasma gondii GT1

Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome c1, heme protein
分子量 formula_weight	46025.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,b

MGGGGGGALNKLFPGYKDKIWMKVPVQWRQQMIQHWNKSYEKQVYSESVALNRTFQARNQLVLDRLKPSGAYRLPAVDYKRQLSRGTLVEGADFYLPTAQEQQRLARHFEPYSEQEQEERRKFRFQSISVYLAVALGASFVHDYFYQRRPVAWCLEKEPPHPPSYPFWFKSLFHSHDIPSVRRGYEVYRKVCATCHSMEQLHFRHLVGEVLPEKRVKQIAAEYDVTDGPNDQGEMYTRPGILGDAFPSPYPNEEAARYANGGAYPPDLSLITAARHFGPDYLMALLGGYRDPPEGVELRPGLYWNVWFPGNAIAMPPPLMDEMIDYEDGTPCNISQMSKDVVNFLTWATEPTADERKLYGLKCVSAIAIGTVLMTLWWRFYWAMYATRRIDFGKLKYL

来源 Source

来源生物 organism	Toxoplasma gondii GT1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	507601
宿主生物 host_organism	Toxoplasma gondii GT1

Entity 3 polymer

描述 description	Putative ubiquinol cytochrome c oxidoreductase
分子量 formula_weight	54869.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.2.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,c

MRHLARCASRRAVKWTERDSPVANFLRSSSCCPFQLLQASRAKIQRLRTSERFRLRSAQKLAPTRFPPFTHGPLFFSLPSRLTVPSSLRSLSAFSAPLSLPFRGTMAFLSSPLFAAKASLAARVHALGCSTTSLTSPLAARALAASSLSLFSVSPRRHFSVHSHNIRPDKHELPASEVPLYYNRFDQADHPSLWQLEEEQQRKHLDQEVTDVSQLVEPVSSPHQTEGWFKRLRYWHYKETAEPTFPRTPDLSKGELAAGATVTRTSVWHDPNEPAIVSVSRFAPDNFRAVGFAENVPNPESTNSDSHPDFREYRLGPGSVDRRPFVYFMSASYFFITASMMRSFLCKWVHYWWVSRDMLAAGTTEVDLRPIQEGMTAVFKWRGKPVFVRHRTAEDIAKAQADDALIGTMKDPQLDSERCPRPQWLINIGVCTHLGCIPTDGGNYGGWFCPCHGSHYDTSGRIRLGPAPSNLELPPTVFLDDHTVKLG

来源 Source

来源生物 organism	Toxoplasma gondii GT1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	507601
宿主生物 host_organism	Toxoplasma gondii GT1

Entity 4 polymer

描述 description	Putative peptidase M16 family potein
分子量 formula_weight	56986.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.64
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,d

MMFRFLPRVASGASSLSVSQRRLRASFSSSLQSRGFFSAAPAAATAGVSPLARSVDAAIPEEAFNQPPTLTTTLPNGIRVATQRLPFHQTATVGVWIDSGSRYDTKETNGAAHFLEHMTFKGTKRRSRIQLEQEIENMGAHLNAYTSREQTVYYAKAFKKDIPQCVDILSDILLNSTIDEEAVQMEKHVILREMEEVERQTEEVIFDRLHTTAFRDSPLGYTILGPEENIRNMTREHILEYINRNYTSDRMVVAAAGDVDHKELTALVEKHFAGLPQPKRSKIILPTEKPFFCGSELLHRNDDMGPTAHVAVGFEGVPWKSPDAVTFMLMQAIVGSYRKHDEGIVPGKVSANATVRNVCNKMTVGCADMFSAFNTCYSDTGLFGFYAQCDEVALEHCVMEIMFGITSLSYAVTDEEVERAKAQLKTQLLGHLDSTTAVAEDIGRQMLAYGRRMPLAEFLKRLEVIDAEEVKRVAWKYLHDAEVAVAGLGPLFGMPQLINLRRATFWLRY

来源 Source

来源生物 organism	Toxoplasma gondii GT1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	507601
宿主生物 host_organism	Toxoplasma gondii GT1

Entity 5 polymer

描述 description	Alpha-MPP
分子量 formula_weight	62238.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,e

MNASILFRRNAPGVSTCLRRRCLRPAALAAASASGVSTPASGVWTPAFQRTEKRFLSGAALQPKAGPAPEYRRVPFVKEDMEKVMEEVPEFKYYYVGKENTKGNVYEGIPLDQSILEPADLRDYVPPHSNIQYSKLDNGLRIASMDRGGLTASLGLFVHAGTRFEDVTNFGVTHMIQNLAFASTAHLSLLRTVKTIEVLGANAGCVVGREHLVYSAECLRSHMPLLVPMLTGNVLFPRFLPWELKACKEKLIMARKRLEHMPDQMVSELLHTTAWHNNTLGHKLHCTERSLGHYNPDVIRHYMLQHFSPENMVFVGVNVNHDELCTWLMRAFVDYNAIPPSKRTVASPVYTGGDVRLETPSPHAHMAIAFETPGGWNGGDLVAYSVLQTILGGGGAFSTGGPGKGMYTRLYLNVLNQNEWVESAMAFNTQYTDSGIFGLYMLADPTKSANAVKVMAEQFGKMGSVTKEELQRAKNSLKSSIFMNLECRGIVMEDVGRQLLMSNRVISPQEFCTAIDAVTEADIKRVVDAMYKKPPTVVAYGDVSTVPHYEEVRAALRAAGVGK

来源 Source

来源生物 organism	Toxoplasma gondii GT1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	507601
宿主生物 host_organism	Toxoplasma gondii GT1

Entity 6 polymer

描述 description	Putative ubiquinol-cytochrome c reductase hinge protein
分子量 formula_weight	10509.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,f

MSYPYYCEFFVKFPNYIPPKDPAERLVDPRQKLEPGCTARCSLWVNEYDACTKRVRARTDNKGNCSGQYEELHVCIDRCVAKDIFKYLK

来源 Source

来源生物 organism	Toxoplasma gondii GT1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	507601
宿主生物 host_organism	Toxoplasma gondii GT1

Entity 7 polymer

描述 description	Ubiquinol-cytochrome c reductase
分子量 formula_weight	26777.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,g

MAQFHREIGKLFASYSNKITANSPVQYVPSPPTKGKVRRALSSALMPVWFKFFRGPLDRWNLAVMAKYLRDHGLMYDDLYSDKEPVFARALELLPPDIQAARFRRLMRGTYLNHLRLYLPVHEQNYDPFIPYMAPYVEEAKFQLQEEEELLGYHMWEGVWYSGGVTGFGDKEPGEHFLVALPNLYGAGGSPMQAGGKHFSSHAASAARARLATLAQKRLEEAMQQRERQSVSQN

来源 Source

来源生物 organism	Toxoplasma gondii GT1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	507601
宿主生物 host_organism	Toxoplasma gondii GT1

Entity 8 polymer

描述 description	QCR8, TGGT1_227910
分子量 formula_weight	14391.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,h

MAASRLCQYLAGRGQTGLLSLSAPRLGAPKFERKMLGSYPVSPEFEMVWRDRLTAHGGYIQQTISPYQLKFIYPFWHTFFARCWCKCSAYAWPWVWPGLITFGLVKKMNHDVEEDIRDHYWY

来源 Source

来源生物 organism	Toxoplasma gondii GT1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	507601
宿主生物 host_organism	Toxoplasma gondii GT1

Entity 9 polymer

描述 description	Ubiquinol-cytochrome C family reductase UQCRX/QCR9-like protein
分子量 formula_weight	15290.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,i

MHFSGVFLRTSRVFLASESSAAGSKVAKSLPGIRFGNPWRDDYPEWIWKSLRVSRKDKDMFAPFFKLLNATKLYEYCLKDNRRYCMFVMGVGLVSSWMWSEWWNSVWRRINKGKLYNDVPYVYPEEDE

来源 Source

来源生物 organism	Toxoplasma gondii GT1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	507601
宿主生物 host_organism	Toxoplasma gondii GT1

Entity 10 polymer

描述 description	Transmembrane protein
分子量 formula_weight	9455.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,j

MSRAVYAKLWASTAQYTQRRHYAWYQIWSRVIPWSVPWGIFAMWMVFPAMPVEYRQALTFGIWQKPNIGTHGPDPADAKK

来源 Source

来源生物 organism	Toxoplasma gondii GT1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	507601
宿主生物 host_organism	Toxoplasma gondii GT1

Entity 11 polymer

描述 description	Transmembrane protein
分子量 formula_weight	15250.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,k

MATHNCLRQTAAQMLGQNANVFRFFSKSAPSRPSGNVALESVKNAAVAETETFAGRANVAAGTGKLEGSLLPPPHIPGIRRAPREPASPKMAGMEGRMPVRLPPEGSRFRQYVDPRADVYFPLTAVLVTLGPLYMFSKAFF

来源 Source

来源生物 organism	Toxoplasma gondii GT1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	507601
宿主生物 host_organism	Toxoplasma gondii GT1

Entity 12 polymer

描述 description	Transmembrane protein
分子量 formula_weight	11723.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,l

MNCPNLPAPEEFVVPVFSAGPPVGKNCFHCGIRLRRGHSSPTYSFPPYCVTMSYGNGTVLMPIVRRVFIGALVGIYAYAATDVVLIPGYAQLMQKWKKGSSTPAHGGGH

来源 Source

来源生物 organism	Toxoplasma gondii GT1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	507601
宿主生物 host_organism	Toxoplasma gondii GT1

Entity 13 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 14 non-polymer

描述 description	2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione
分子量 formula_weight	366.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 15 non-polymer

描述 description	6-chloranyl-7-methoxy-2-methyl-3-[4-[4-(trifluoromethyloxy)phenoxy]phenyl]-1~{H}-quinolin-4-one
分子量 formula_weight	475.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 16 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 17 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 18 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 19 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	790.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 20 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 21 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.79 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	432000

fit	/app/data/saxs_computation/i4/9i4x/9i4x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i4/9i4x/9i4x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i4/9i4x/9i4x.dat

Toxoplasma gondii cytochrome bc1 complex from the respiratory supercomplex III2-IV inhibited by atovaquone and ELQ-300

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (21)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)