SAXSdb — 9i59

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9i59
沉积日期 deposition_date	2025-01-27
结构标题 title	RVFV GnH complexed with RVFV-379 Fab
关键词 keywords	RVFV glycoprotein Fab Complex, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.04 Å
零角强度 I(0) i0	364955000.00
分子量 molecular_weight	153890.0 kDa
排除体积 excluded_volume	191660 Å³
包络体积 envelope_volume	262270 Å³
水化壳体积 shell_volume	54572 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.9 Å
壳层 Rg shell_rg	45.43 Å
包络 Rg envelope_rg	39.82 Å
形状 Rg shape_rg	40.01 Å
总 Rg total_rg	40.42 Å
总原子数 total_atoms	10799
残基数 n_residues	1384
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	132.9 Å
Rg (实空间) rg_real	40.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6500e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1110e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	365000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8910
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	47.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.259
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.442
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.844

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Envelopment polyprotein
分子量 formula_weight	38315.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11339

EDPHLRNRPGKGHNYIDGMTQEDATCKPVTYAGACSSFDVLLEKGKFPLFQSYAHHRTLLEAVHDTIIAKADPPSCDLQSAHGNPCMKEKLVMKTHCPNDYQSAHYLNNDGKMASVKCPPKYELTEDCNFCRQMTGASLKKGSYPLQDLFCQSSEDDGSKLKTKMKGVCEVGVQALKKCDGQLSTAHEVVPFAVFKNSKKVYLDKLDLKTEENLLPDSFVCFEHKGQYKGTMDSGQTKRELKSFDISQCPKIGGHGSKKCTGDAAFCSAYECTAQYANAYCSHANGSGIVQIQVSGVWKKPLCVGYERVVVKRELSAKPIQRVEPCTTCITKCEPHGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Rift Valley fever virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11588
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Heavy chain of Fab
分子量 formula_weight	23724.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,X

QVQLQESGPGLVKPSQTLSLTCTVSGDSISGGDYYWSWIRRPAGEGLEWIGRVHTTGSTDYNPSLRTRVTISIDTSKNHFFLKMTSVTAADTAVYYCAREGDYSAWFDPWGQGALVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Light chain of Fab
分子量 formula_weight	23729.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,Y

DIQMTQSPSSLSASIGDRVTITCRASQHIESFLNWYQQKPGKAPKLLIYIASTLQGGVPSRFSGRGFGTDFTLTINSLQPEDFATYYCQQSYTISPITFGQGTRLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	540

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	118.090 Å
晶胞边长 b length_b	187.370 Å
晶胞边长 c length_c	157.880 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.090 Å
最低分辨率 resolution_low	39.470 Å
R 因子 r_factor	0.2139
R_work r_work	0.2119
R_free r_free	0.2511

fit	/app/data/saxs_computation/i5/9i59/9i59.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i5/9i59/9i59.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i5/9i59/9i59.dat

RVFV GnH complexed with RVFV-379 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)