9i5i

PR1 phage heterodimeric DNA ligase in complex with 21-mer nicked DNA (random sequence)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 126.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9i5i
沉积日期 deposition_date	2025-01-28
最后修订 last_revision	2026-02-18
结构标题 title	PR1 phage heterodimeric DNA ligase in complex with 21-mer nicked DNA (random sequence)
关键词 keywords	DNA ligation, NAD+-dependent, PR1 bacteriophage, BRCT, split DNA ligase, nicked genome, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.32 Å
零角强度 I(0) i0	398451000.00
分子量 molecular_weight	144230.0 kDa
排除体积 excluded_volume	172690 Å³
包络体积 envelope_volume	235040 Å³
水化壳体积 shell_volume	51849 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.2 Å
壳层 Rg shell_rg	43.66 Å
包络 Rg envelope_rg	37.58 Å
形状 Rg shape_rg	38.33 Å
总 Rg total_rg	38.56 Å
总原子数 total_atoms	18896
残基数 n_residues	1143
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.0 Å
Rg (实空间) rg_real	38.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.15 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9850e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7390e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	398400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8145
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.341
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.577
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	61650000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA ligase (NAD(+))
分子量 formula_weight	37681.3 kDa
EC 编号 ec_number	6.5.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	18909

GNSGDPMVLAIKNYIRDCQDAYYNGDPIISDEQYDKLIAKYPDAEDQIGTIGDVPHMFRMYSLRKYYPSRGDELPEGFDIETPKLDGCAVEHLYIDGVYVSSTTRGNGKLGKDCTHNLSMLVPKNINGIIRSPVPRVIQIRGEVVVSKPEGLENVRNYASGKVNLKDSTEFAQAVEEGGLMFIAYGVNSNNHEGYTEWYDKDMELLSTFGFFTCLDKTIKIATDDGDILTDGLVRRVNSNSEYEKLGFTDKFPRGAYAIKEDEEGEVTTLREVQWQVGKSGKVTPVGIFDTVIIDDAQISKATLNNAGFIEAMELTIGCQIRVIRSGGVIPKIVEKVED

来源 Source

来源生物 organism	Providencia phage vB_PreS_PR1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1931407
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	DNA ligase subunit B
分子量 formula_weight	27212.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MKIQIPTHCPICGSVLERVNSQLFCRNKDNCSAQSSKSLESFCKKMKLKGFGEKTLEKLELTSVPELFYIDSSFLEEILGEKIGNKLSAELDRMRTSVEMSTLLASLSIPLVGTVAAEKAVAGATSLADTKLSGKAGESLEVWKHSDLGKEIMALPWNFTKVTQVVNETESLGIAVCVTGSVEGHTRTSITKHLESLGFTVKKSVTKDVKYLICEDESKRSSSSYLKALENGVEIGSLTKLILKYKRK

来源 Source

来源生物 organism	Providencia phage vB_PreS_PR1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1931407
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	DNA nicked strand
分子量 formula_weight	6378.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,H

CGCAGTCCAGCACACCATCGG

Entity 4 polymer

描述 description	DNA intact strand
分子量 formula_weight	6511.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,G

CCGATGGTGTGCTGGACTGCG

Entity 5 non-polymer

描述 description	BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	335.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	VANADATE ION
分子量 formula_weight	114.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.700 Å
晶胞边长 b length_b	110.250 Å
晶胞边长 c length_c	115.520 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.91 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	62.670 Å
R 因子 r_factor	0.2211
R_work r_work	0.2189
R_free r_free	0.2642

fit	/app/data/saxs_computation/i5/9i5i/9i5i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i5/9i5i/9i5i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i5/9i5i/9i5i.dat

PR1 phage heterodimeric DNA ligase in complex with 21-mer nicked DNA (random sequence)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)