9i6q

Structure of Fab-Fragment GB11 agains tumour associated carbohydrate antigens.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 78.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9i6q
沉积日期 deposition_date	2025-01-31
结构标题 title	Structure of Fab-Fragment GB11 agains tumour associated carbohydrate antigens.
关键词 keywords	Antibody, FAB fragment, apo, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.19 Å
零角强度 I(0) i0	40416800.00
分子量 molecular_weight	49035.0 kDa
排除体积 excluded_volume	61259 Å³
包络体积 envelope_volume	74597 Å³
水化壳体积 shell_volume	25815 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.7 Å
壳层 Rg shell_rg	31.11 Å
包络 Rg envelope_rg	24.02 Å
形状 Rg shape_rg	24.17 Å
总 Rg total_rg	25.03 Å
总原子数 total_atoms	6809
残基数 n_residues	429
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.4 Å
Rg (实空间) rg_real	25.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	40420000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9093
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.276
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.504
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7979000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.961; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.943

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Heavy chain
分子量 formula_weight	29539.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	7011

EVKLEESGGGLVQPGGSMKLSCAASGFTFSDAWMDWVRQSPEKGLEWVAEIGNYAINHATYYAESVKGRFAISRDDSKSSVYLQMNSLRPEDTGIYFCTVRFAYWGQGTLVTVSAAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDCSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSPRPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDCGC

Entity 2 polymer

描述 description	Fab fragment variable chain
分子量 formula_weight	23974.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIKMTQSPSSMYASLGERVTFTCRASQDINSYLSWFQQKPGKSPKTLIYRANRLVDGVPSRFSGSGSGQDYSLTISSLEYEDMGIYFCLQYDEFPRTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 4 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	202

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	109.160 Å
晶胞边长 b length_b	109.160 Å
晶胞边长 c length_c	40.268 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 4
空间群编号 int_tables_number	75
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.860 Å
最低分辨率 resolution_low	48.866 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2004
R_free r_free	0.2387

fit	/app/data/saxs_computation/i6/9i6q/9i6q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i6/9i6q/9i6q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i6/9i6q/9i6q.dat

Structure of Fab-Fragment GB11 agains tumour associated carbohydrate antigens.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)