9i7t

CryoEM structure of the Chaetomium thermophilum TOM holo complex at 3.8 angstrom resolution

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 137.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9i7t
沉积日期 deposition_date	2025-02-01
结构标题 title	CryoEM structure of the Chaetomium thermophilum TOM holo complex at 3.8 angstrom resolution
关键词 keywords	Mitochondria, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.53 Å
零角强度 I(0) i0	358010000.00
分子量 molecular_weight	160930.0 kDa
排除体积 excluded_volume	204720 Å³
包络体积 envelope_volume	330920 Å³
水化壳体积 shell_volume	66908 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.8 Å
壳层 Rg shell_rg	46.84 Å
包络 Rg envelope_rg	40.66 Å
形状 Rg shape_rg	41.58 Å
总 Rg total_rg	41.68 Å
总原子数 total_atoms	11338
残基数 n_residues	1358
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	137.0 Å
Rg (实空间) rg_real	42.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	358100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8845
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	51.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.264
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.246
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27360000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.859

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit tom22
分子量 formula_weight	19237.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D
原子数 atom_count	11338

MVQLVEVEDEHFTQPQPGPEEDDDEYTDTDSEISTESNFDPSEETLADRLHALRDMVPPAYRGWIYHKYEQTTSAVRKALSFAGRAAWTVSVTALLVGVPFSLAYGEDQQYAAMEQEQRMRELGGEVLTAGAPGSQGGGLTAEQVNAALGRSEAKPALGSDYKDHDGDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Thermochaetoides thermophila DSM 1495
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Thermochaetoides thermophila DSM 1495

Entity 2 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit Tom5
分子量 formula_weight	5345.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MFGGCQPPQPSPEELRAAEAEAASTIQRAIATAAVLYLAPFIVDAVYKMF

Entity 3 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit tom6
分子量 formula_weight	9008.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

MPPKRVSYNSRRSLNPITGAYNALFVSENASIVRSVVAFGLAVTFLASGWAEAILSCVPSPLVSSRQQQPPLTDLQKPCVNGLI

Entity 4 polymer

描述 description	Import receptor subunit-like protein
分子量 formula_weight	8110.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

MLALSEESKVRRGPSLRTIRLGADSKQERISKLIEISRVVIHYGYLPMILYLGYTRSEPKPSIIRLLSPLS

Entity 5 polymer

描述 description	Tom20
分子量 formula_weight	20228.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L

MSSSPSPAIVATAAVATLAAGVLAYAAYFDYQRRHNAEFRRQLRRNERRQARAEKDLAEASAKAQRQRIKQAVDEAKEEGFPTSAEDKEAFFLEQVQAGEMMSADPSKHLEAALCFYKALKVYPTPGDLINIYDKTVSKPILDILAEMIAYDSSLRIGTAYTGPAGVDVADLMREMGAVPGVGLD

Entity 6 polymer

描述 description	Mitochondrial import receptor subunit (Tom40)-like protein
分子量 formula_weight	37849.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MASSTNSPLAFLRSNPVFASLSDLYDAFQERRQKLGLSNPGLVENIAKEVQRDVLTTNLMFSGLRADLTKAFSLNPLFQVSHQFAMGERLSPYTFAALYGTSKMFAQGNIDDQGNLSTTFNYRWTPSFTTKTRFQITPGATGQDMAQFEHEYSGADFTATIKALNPSFLEGGLTGIFVGQYLQSITPKLSLGLEAVWQRAGLTQGPDTAISYVGRYKTENWIASAQLQAQGALNASYWQRLGEKVQAGVDMTLSVNPGAAMMGGPTKEGITTFGAKYDFRMSTFRAQIDTKGKLSCVLEKRVAAPVMMTFAADVDHFTQQAKVGVGISIEAGGEELQDQQPAPNIPF

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	790.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 8 non-polymer

描述 description	;2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol ;
分子量 formula_weight	516.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 9 non-polymer

描述 description	DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
分子量 formula_weight	622.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.800 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	76100

fit	/app/data/saxs_computation/i7/9i7t/9i7t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i7/9i7t/9i7t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i7/9i7t/9i7t.dat

CryoEM structure of the Chaetomium thermophilum TOM holo complex at 3.8 angstrom resolution

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)