SAXSdb — 9i8v

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9i8v
沉积日期 deposition_date	2025-02-06
结构标题 title	Cryo-EM structure of the Danio rerio tRNA ligase complex
关键词 keywords	tRNA ligase complex, RTCB, tRNA, tRNA maturation, tRNA splicing, LIGASE, RNA BINDING PROTEIN; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.39 Å
零角强度 I(0) i0	188732000.00
分子量 molecular_weight	109970.0 kDa
排除体积 excluded_volume	137690 Å³
包络体积 envelope_volume	182500 Å³
水化壳体积 shell_volume	44422 Å³
包络直径 envelope_diameter	131.7 Å
壳层 Rg shell_rg	40.45 Å
包络 Rg envelope_rg	35.07 Å
形状 Rg shape_rg	35.39 Å
总 Rg total_rg	35.76 Å
总原子数 total_atoms	7728
残基数 n_residues	1012
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	125.6 Å
Rg (实空间) rg_real	35.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2170e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	188700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8603
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.457
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.204
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	51230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.785; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.886; Smooth: 0.938

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent RNA helicase
分子量 formula_weight	5349.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	7728

RRATGGGLYKGHVDILAPTVQELANLEREAQTSFLHLGYLPNQLFKAF

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	zebrafish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Spodoptera

Entity 2 polymer

描述 description	RNA-splicing ligase RtcB homolog
分子量 formula_weight	57225.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.5.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MHHHHHHENLYFQGMSRSYNDELQYLDKIHKNCWRIKKGFVPNMLVEGVFYVNDPLEKLMFEELRNACRGGGFGGFLPAMKQIGNVAALPGIVHRSIGLPDVHSGYGFAIGNMAAFDMENPDAVVSPGGVGFDINCGVRLLRTNLDEGDVQPVKEQLAQSLFDHIPVGVGSKGVIPMGAKDLEEALEMGVDWSLREGYAWAEDKEHCEEYGRMLQADPNKVSSKAKKRGLPQLGTLGAGNHYAEIQVVDEIYNDYAAKKMGIDHKGQVCVMIHSGSRGLGHQVATDALVAMEKAMKRDRITVNDRQLACARITSEEGQDYLKGMAAAGNYAWVNRSSMTFLTRQAFSKVFSTTPDDLDMHVIYDVSHNIAKVEEHMVDGRQKTLLVHRKGSTRAFPPHHPLIPVDYQLTGQPVLIGGTMGTCSYVLTGTEQGMTETFGTTCHGAGRALSRAKSRRNLDFQDVLDKLADMGIAIRVASPKLVMEEAPESYKNVTDVVNTCHDAGISKKAIKLRPIAVIKG

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	zebrafish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Spodoptera

Entity 3 polymer

描述 description	Family with sequence similarity 98, member B
分子量 formula_weight	33196.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MESDILDILEQLGYDGPLAEEACLLAECGRGFSSSEYVNLLTWLTKQLTQFTETHTQDEIITADPLDVSRLLKDCCCPYEGLASRLANGDVKDTRDHLKIILFVSSELQSAQLLLSKTLRDAEEREMRSCSPLQDLSVICHTLTLPDPAGRDPTDTFTDIQTQVNVLLEKLPETHIGAPALQRSISAEQWEELEKINSTLSAEYECRRRMLIKRLDVTVQSFSWSDRAKVKIDQMARAYQPKRHSLSVRSSVSLAHLLAARRDICNMVKTSSGSSRQNTSCAVNRILMGRVPDRGG

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	zebrafish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Spodoptera

Entity 4 polymer

描述 description	RNA transcription, translation and transport factor protein
分子量 formula_weight	27911.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MFRRKLTALEYHNPTGFDCKDETEFRNFIVWLEDQKIRHYKIEDRGNLRNIPSSDWPKYFEKYLQDVNCPFSVQERQETVDWLLGLAVRFEYGDNVEKYRNCKPVTETNDVQKSADPLINLDSNNPDFKAGVLALANLLKIQRHDDYLVMLKAIKILVQERLTPDAIAKASQAKEGLPVTLDKHILGFDTGDATLNEAAQILRLLHIEELRELQTKINEAIVAVQAIIADPKTDHRLGKVGR

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	zebrafish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Spodoptera

Entity 5 polymer

描述 description	Ashwin
分子量 formula_weight	9706.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MASHRTDRTKNPTSNGDVSKVDLLLHPELLSQEFIQLMLQERNIAVSDPEDRDRLTGLYLQHVIPLPQRELPRSRWGKRMEKS

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	zebrafish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Spodoptera

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.33 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	179455

fit	/app/data/saxs_computation/i8/9i8v/9i8v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i8/9i8v/9i8v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i8/9i8v/9i8v.dat

Cryo-EM structure of the Danio rerio tRNA ligase complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)