9i8y

SpCas12Cas12f1 in complex with sgRNA and cognate DNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 100.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9i8y
沉积日期 deposition_date	2025-02-06
最后修订 last_revision	2025-07-23
结构标题 title	SpCas12Cas12f1 in complex with sgRNA and cognate DNA
关键词 keywords	CRISPR-Cas, Cas12, Cas12f1, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.91 Å
零角强度 I(0) i0	406853000.00
分子量 molecular_weight	128260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	145800 Å³
包络体积 envelope_volume	202560 Å³
水化壳体积 shell_volume	50870 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.5 Å
壳层 Rg shell_rg	40.55 Å
包络 Rg envelope_rg	31.77 Å
形状 Rg shape_rg	31.92 Å
总 Rg total_rg	32.41 Å
总原子数 total_atoms	8826
残基数 n_residues	950
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.5 Å
Rg (实空间) rg_real	32.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.9740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	406900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9034
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.097
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.518
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.923; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.990

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated endodeoxyribonuclease Cas12f1
分子量 formula_weight	57259.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8826

SNAMGESVKAIKLKILDMFLDPECTKQDDNWRKDLSTMSRFCAEAGNMCLRDLYNYFSMPKEDRISSKDLYNAMYHKTKLLHPELPGKVANQIVNHAKDVWKRNAKLIYRNQISMPTYKITTAPIRLQNNIYKLIKNKNKYIIDVQLYSKEYSKDSGKGTHRYFLVAVRDSSTRMIFDRIMSKDHIDSSKSYTQGQLQIKKDHQGKWYCIIPYTFPTHETVLDPDKVMGVDLGVAKAVYWAFNSSYKRGCIDGGEIEHFRKMIRARRVSIQNQIKHSGDARKGHGRKRALKPIETLSEKEKNFRDTINHRYANRIVEAAIKQGCGTIQIENLEGIADTTGSKFLKNWPYYDLQTKIVNKAKEHGITVVAINPQYTSQRCSMCGYIEKTNRSSQAVFECKQCGYGSRTICINCRHVQVSGDVCEECGGIVKKENVNADYNAAKNISTPYIDQIIMEKCLELGIPYRSITCKECGHIQASGNTCEVCGSTNILKPKKIRKAK

来源 Source

来源生物 organism	Syntrophomonas palmitatica JCM 14374
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1294023
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	DNA target strand
分子量 formula_weight	9891.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GGCGACGTTGGGTCAACTGAAATACGCTACGC

Entity 3 polymer

描述 description	DNA non-target strand
分子量 formula_weight	5795.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GCGTAGCGTATTTCTCAAC

Entity 4 polymer

描述 description	sgRNA (single-guide RNA)
分子量 formula_weight	67845.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GGGAUUUACUCUGUUUCGCGCGCCAGGGCAGUUAGGUGCCCUAAAAGAGCGAAGUGGCCGAAAGGAAAGGCUAACGCUUCUCUAACGCUACGGCGACCUUGGCGAAAUGCCAUCAAUACCACGCGGCCCGAAAGGGUUCGCGCGAAACUGAGUAAUGAAAGUCGCAUCUUGCGUAAGCGCGUGGAUUGAAACAGUUGACCCAACGUCGCC

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.89 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	462111

fit	/app/data/saxs_computation/i8/9i8y/9i8y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i8/9i8y/9i8y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i8/9i8y/9i8y.dat

SpCas12Cas12f1 in complex with sgRNA and cognate DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)