9i9h

Structure of FAB-fragment GB11 in complex with Sialyl Lewis A

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 145.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9i9h
沉积日期 deposition_date	2025-02-06
结构标题 title	Structure of FAB-fragment GB11 in complex with Sialyl Lewis A
关键词 keywords	Fab fragment, Carbohydrate, complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.76 Å
零角强度 I(0) i0	551564000.00
分子量 molecular_weight	191690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	238160 Å³
包络体积 envelope_volume	336830 Å³
水化壳体积 shell_volume	58391 Å³
包络直径 envelope_diameter	146.2 Å
壳层 Rg shell_rg	54.04 Å
包络 Rg envelope_rg	44.95 Å
形状 Rg shape_rg	46.77 Å
总 Rg total_rg	47.00 Å
总原子数 total_atoms	26493
残基数 n_residues	1716
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	145.1 Å
Rg (实空间) rg_real	47.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.7490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	551700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6329
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	57.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.055
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.745
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20950000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.006; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.363

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	IgG antibody FAB fragment
分子量 formula_weight	23304.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,H,C,E
原子数 atom_count	26531

EVKLEESGGGLVQPGGSMKLSCAASGFTFSDAWMDWVRQSPEKGLEWVAEIGNYAINHATYYAESVKGRFAISRDDSKSSVYLQMNSLRPEDTGIYFCTVRFAYWGQGTLVTVSAAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDC

Entity 2 polymer

描述 description	IgG antibody Fab fragment
分子量 formula_weight	23742.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,L,D,F

DIKMTQSPSSMYASLGERVTFTCRASQDINSYLSWFQQKPGKSPKTLIYRANRLVDGVPSRFSGSGSGQDYSLTISSLEYEDMGIYFCLQYDEFPRTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRN

Entity 3 branched

描述 description	beta-D-galactopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	529.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 branched

描述 description	;N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	820.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	N-acetyl-alpha-neuraminic acid
分子量 formula_weight	309.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 8 non-polymer

描述 description	beta-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	39.838 Å
晶胞边长 b length_b	108.697 Å
晶胞边长 c length_c	108.920 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.60 °
晶胞夹角 β angle_beta	87.34 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.25 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.960 Å
最低分辨率 resolution_low	26.696 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2097
R_free r_free	0.2479

fit	/app/data/saxs_computation/i9/9i9h/9i9h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i9/9i9h/9i9h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i9/9i9h/9i9h.dat

Structure of FAB-fragment GB11 in complex with Sialyl Lewis A

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 branched

Entity 4 branched

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)