9i9l

Structure of Far-Red Photosystem I from C. thermalis PCC 7203

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 187.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9i9l
沉积日期 deposition_date	2025-02-06
结构标题 title	Structure of Far-Red Photosystem I from C. thermalis PCC 7203
关键词 keywords	Chlorophyll f, Photosystem I, Far-red, cyanobacteria, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	68.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	68.07 Å
零角强度 I(0) i0	9182530000.00
分子量 molecular_weight	1060800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1417700 Å³
包络体积 envelope_volume	1626600 Å³
水化壳体积 shell_volume	185530 Å³
包络直径 envelope_diameter	205.2 Å
壳层 Rg shell_rg	74.76 Å
包络 Rg envelope_rg	67.90 Å
形状 Rg shape_rg	68.07 Å
总 Rg total_rg	68.19 Å
总原子数 total_atoms	75549
残基数 n_residues	6924
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	187.7 Å
Rg (实空间) rg_real	68.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1820e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5640e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	69.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9194000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8451
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	73.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.112
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.710
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1764000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 1.000; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (24)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	86382.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,N,a
原子数 atom_count	75954

MTITPEREQKVRVVVDNDPVPTSPELWAKPGHFDRTLARGPKTTTWIWNLHANAHDFDTHTSDLEDISRKIFAAHFGHLAVIFIWLSGMYFHGAKFSNFEAWMANPTGVKPSAQVVWSLVGQDILNADVGGGFHGIQITSGLFQLWRAAGITNTFQLYCTAIGGLVMAAIMLFAGWFHYHKRAPKLEWFQNWEAMMNHHLAGLLGLGCLGWAGHQIHVALPVNKLLDAGVAIKDIPLPHEFILNTSLMAELYPSFAKGLVPFFTLQWGQYADFLTFKGGLNPVTGGLWLSDTAHHHLALAVLFIVAGHFYRTNWGIGHSFKEMLDDAKSPNMLPFLNFIGPVGHEGLDKIFETSWHANLSIHLVQFGTASLLVAHHMYAMPPYPYLATDYATALSLFTHHVWIAGFCIVGGAAHAAIFMVRDYDPAHHVNNILDRTLRHRDVIISHLAWVCQFLGFHSFAMYCHNDTMRAFGRPQDMFSDTGIQLQPIFAQWIQHIHTAAVGAAQVAQPLGDVFGGVRGIELSGLGTTAPGIGAPVSYAWGGGMVAVGGKVAMMPIALGTADFLIHHIHAFTIHVTVLVLFKGVLFARGSRLVPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQVSAWDHVFLGLFWMYNSLSMVVFHFSWKMQSDVWGTVDSDGIVTHLTGGNFATSSITNNGWLRDFLWAQSAQVIQSYNSSLSAYGLMFLAGHFIFGFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLKVAPAIQPRALSIVHGRAVGVAHYLLGGIVTTWAFFLARMSAIG

来源 Source

来源生物 organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	251229
宿主生物 host_organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203

Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	83304.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,O,b

MATKFPKFSQDLAQDPTTRRIWYAMATAHDFELHDGMTEENLYQKIFASHFGHLAIIFLWASGVLFHVAWQGNFEQWIKDPLNVRPIAHAIWDAQFGPPAIEAFTRAGATNPVDICYSGVYHWWYTIGMRTNNELYVGAIFLLLLAALFLFAGWLHLQPRYRPTLGWFKSAEPRLNHHLAGLFGVSSLAWAAHLIHVAIPESRGQHVGWDNFLFTPPHPAGLGAFFTGNWSAYAQNPDTAQHVFNSSQGAGTAILTFLGGFHPQTQSLWLTDMAHHHVAIAVLFIIAGHMYRTNWGIGHSIKEMLNSKSFFGAKVEGPFNLPHQGLYDTINNSLHFQLSFALAALGVASSLTAQHMYSMPPYAFIGQDFTTQAALYTHHQYIAGFLMVGAFSHAGIFWIRDYDPEQNKGNVLDRMLRHKEAIISHLSWVSLFLGFHTLGLYVHNDVEVAFGAAEKQVLIEPVFAQFIQAAHGKALYGFNTLLSNPDSIASTAWPNHANVWLPGWLDAVNNTTNSLFLTIGPGDFYVHHAIALGLHVTTLVLVKGALDARGSKLMPDKKDFGYAFPCDGPGRGGTCDISAWDASYLAVFWMLNTLGWVTFYWHWKHLAIWEGNIAQFNESSTYLMGWFRDYLWLHSAQLINGYNPYGTNSLAIWSWMFLWGHLAWAVSFMFLITWRGYWQELIETLVWAHEKTPLSFGYWRDKPVALSIVQARLVGLTHFTVGYIATYGAFLIASTAGKFG

来源 Source

来源生物 organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	251229
宿主生物 host_organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203

Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	8839.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,P,c

MSHTVKIYDTCIGCTQCVRACPTDVLEMVPWDGCKAAQIASSPRTEDCVGCKRCETACPTDFLSIRVYLGAETTRSMGLAY

来源 Source

来源生物 organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	251229
宿主生物 host_organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203

Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit II
分子量 formula_weight	15798.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,Q,d

MAETLEGQTPIFGGGTGGLLTKAEREEKYVITWTSPKEQVFEMPTGGSAIMRQGKNKLEIARKEYGIALGGQQLRAKFKINDYKIYRVYPNGETQMIHPADGVFPEKVNQGRPKVRYVDRNIGSNPSPAKLKFSGVQPYDAP

来源 Source

来源生物 organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	251229
宿主生物 host_organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203

Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IV
分子量 formula_weight	7634.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,R,e

MVERGSKVRILRRESYWYQDVGLVASVDKSGIKYPVIVRFDKVNYAGVNTNNFADFELLEIEKPKA

来源 Source

来源生物 organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	251229
宿主生物 host_organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203

Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit III
分子量 formula_weight	17859.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,S,f

MRRLLFTLAIAFVIWGSTIPTASAANSTLVPCSKSPAFQARMKNAPDTYYFNKPFKAYAKYELCGTDGLPHLPLDRLDRATDVLVPIGLFLYVAGFIGWSGRSYLRATKSASDPEMKEIFIDLPLALQSISKAVLWPLLALQEFLSGDLTARDEEIPISPR

来源 Source

来源生物 organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	251229
宿主生物 host_organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	5879.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,T,g

MVDMTQLTGSYAASWLPWIMIPLIFYILPFPVFALIFIWIEKEAGTADEEV

来源 Source

来源生物 organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	251229
宿主生物 host_organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	5297.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,U,h

MQHVFKYLTLAPVMATFTMVALSVVLIMLQIWFPGLQYGTYFKPTP

来源 Source

来源生物 organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	251229
宿主生物 host_organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit PsaK
分子量 formula_weight	8201.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,V,i

MTVPNTISWSPQVALIISASSLLILLIASRSIKYPQVGAKLPVNLPVLGSPSVGTFVASMAFGHVVGAGIVLGLSNLGWL

来源 Source

来源生物 organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	251229
宿主生物 host_organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XI
分子量 formula_weight	19726.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,W,j

MTNTANPSVESKLNYRLDTDPVQPYKGDPFNSNFSTAITDSPLARAFINNLPAYRKGLTPFMRGLEIGMAHGYFLVGPEVVVGPLRETAHGANLSGLITAIYIAVSACLGISIFAITTFQGDPRGAYGSTSKDSLRPLRNRDEWYQLNGGIFLGAMGGAVFAYLLLENFDALDSILRGGVNVN

来源 Source

来源生物 organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	251229
宿主生物 host_organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XII
分子量 formula_weight	3540.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,Y,k

MMNISDTQVFVALVVALLPGLLAFRLATELYK

来源 Source

来源生物 organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	251229
宿主生物 host_organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203

Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem one PsaX
分子量 formula_weight	3199.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,Z,l

APFPFRTIVSLILLAGNILVAAIYFHIIN

来源 Source

来源生物 organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	251229
宿主生物 host_organism	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203

Entity 13 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A ISOMER
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 14 non-polymer

描述 description	Chlorophyll F
分子量 formula_weight	905.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 15 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	246

Entity 16 non-polymer

描述 description	PHYLLOQUINONE
分子量 formula_weight	450.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 17 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 18 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	66

Entity 19 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 20 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 21 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 22 non-polymer

描述 description	EICOSANE
分子量 formula_weight	282.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 23 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 24 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	405

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	1.89 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	300000

fit	/app/data/saxs_computation/i9/9i9l/9i9l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i9/9i9l/9i9l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i9/9i9l/9i9l.dat

Structure of Far-Red Photosystem I from C. thermalis PCC 7203

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (24)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 water

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)