9i9s

Room temperature structure of PBP2a at the LCLS

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 131.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9i9s
沉积日期 deposition_date	2025-02-07
最后修订 last_revision	2026-02-18
结构标题 title	Room temperature structure of PBP2a at the LCLS
关键词 keywords	Transpeptidase, Class B PBP Fold, Allosteric Regulation, beta-Lactam Resistance, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.85 Å
零角强度 I(0) i0	330480000.00
分子量 molecular_weight	147170.0 kDa
排除体积 excluded_volume	183670 Å³
包络体积 envelope_volume	242400 Å³
水化壳体积 shell_volume	51378 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.1 Å
壳层 Rg shell_rg	44.36 Å
包络 Rg envelope_rg	39.60 Å
形状 Rg shape_rg	39.86 Å
总 Rg total_rg	40.06 Å
总原子数 total_atoms	10301
残基数 n_residues	1281
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.8 Å
Rg (实空间) rg_real	40.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3050e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	330500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8253
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.263
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.592
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	63450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.923; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	MecA
分子量 formula_weight	73487.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10400

KDKEINNTIDAIEDKNFKQVYKDSSYISKSDNGEVEMTERPIKIYNSLGVKDINIQDRKIKKVSKNKKRVDAQYKIKTNYGNIDRNVQFNFVKEDGMWKLDWDHSVIIPGMQKDQSIHIENLKSERGKILDRNNVELANTGTAYEIGIVPKNVSKKDYKAIAKELSISEDYIKQQMDQNWVQDDTFVPLKTVKKMDEYLSDFAKKFHLTTNETESRNYPLEKATSHLLGYVGPINSEELKQKEYKGYKDDAVIGKKGLEKLYDKKLQHEDGYRVTIVDDNSNTIAHTLIEKKKKDGKDIQLTIDAKVQKSIYNNMKNDYGSGTAIHPQTGELLALVSTPSYDVYPFMYGMSNEEYNKLTEDKKEPLLNKFQITTSPGSTQKILTAMIGLNNKTLDDKTSYKIDGKGWQKDKSWGGYNVTRYEVVNGNIDLKQAIESSDNIFFARVALELGSKKFEKGMKKLGVGEDIPSDYPFYNAQISNKNLDNEILLADSGYGQGEILINPVQILSIYSALENNGNINAPHLLKDTKNKVWKKNIISKENINLLTDGMQQVVNKTHKEDIYRSYANLIGKSGTAELKMKQGETGRQIGWFISYDKDNPNMMMAINVKDVQDKGMASYNAKISGKVYDELYENGNKKYDIDE

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	82

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	81.400 Å
晶胞边长 b length_b	107.700 Å
晶胞边长 c length_c	185.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	35.270 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2200
R_free r_free	0.2900

fit	/app/data/saxs_computation/i9/9i9s/9i9s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i9/9i9s/9i9s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i9/9i9s/9i9s.dat

Room temperature structure of PBP2a at the LCLS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction