9ibe

;D-2-hydroxyacid dehydrogenase (D2HDH) from Haloferax mediterranei in complex with potassium, 2-ketohexanoic acid, NADP+ and chloride ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 114.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ibe
沉积日期 deposition_date	2025-02-12
最后修订 last_revision	2025-08-20
结构标题 title	;D-2-hydroxyacid dehydrogenase (D2HDH) from Haloferax mediterranei in complex with potassium, 2-ketohexanoic acid, NADP+ and chloride ;
关键词 keywords	Halophile, halophilic adaptation, potassium binding, complex, substrate specificity, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.45 Å
零角强度 I(0) i0	306685000.00
分子量 molecular_weight	138070.0 kDa
排除体积 excluded_volume	170630 Å³
包络体积 envelope_volume	218160 Å³
水化壳体积 shell_volume	50241 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.1 Å
壳层 Rg shell_rg	42.90 Å
包络 Rg envelope_rg	34.78 Å
形状 Rg shape_rg	35.47 Å
总 Rg total_rg	35.88 Å
总原子数 total_atoms	9664
残基数 n_residues	1232
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.0 Å
Rg (实空间) rg_real	36.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	306700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9018
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.132
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.539
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	64930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.914

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	D-2-hydroxyacid dehydrogenase
分子量 formula_weight	33368.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11390

MHIERLAVDESVGRAMPPQRFIEALSDLGVPVEFAGEDEQFGPGDAVASFGHRDAFLDADWVHCIRAGYDEFPVGVYEEAGTYLTNSTGIHGTTVGETVAGYMLTFARRLHAYRDAQHDHAWDLPRYEEPFTLAGERVCVVGLGTLGRGVVDRAAALGMEVVGVRRSGDPVDNVSTVYTPDRLHEAIADARFVVLATPLTDETEGMVAAPEFETMREDASLVNVARGPVVVESDLVAALDSGDIAGAALDVFSEEPLPEDSPLWDFEDVLITPHVSAATSKYHEDVAALIRENIEKIATGDELTNRVV

来源 Source

来源生物 organism	Haloferax mediterranei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2252
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-Ketohexanoic acid
分子量 formula_weight	130.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	23

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1569

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	66.633 Å
晶胞边长 b length_b	75.340 Å
晶胞边长 c length_c	78.234 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	108.84 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.08 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	95.53 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.260 Å
最低分辨率 resolution_low	52.276 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1518
R_free r_free	0.1876

fit	/app/data/saxs_computation/ib/9ibe/9ibe.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ib/9ibe/9ibe.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ib/9ibe/9ibe.dat